110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0194 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_0194  cell envelope biogenesis YhbN  100 
 
 
197 aa  387  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.106383  normal  0.827244 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0176  OstA-like protein  38.89 
 
 
221 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.435721  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0049  OstA family protein  39.13 
 
 
221 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.162045  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0177  OstA-like protein  36.59 
 
 
228 aa  110  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0249318  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0657  OstA-like protein  38.69 
 
 
219 aa  107  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.292624 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0417  OstA-like protein  38.64 
 
 
225 aa  105  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0123  hypothetical protein  41.36 
 
 
225 aa  103  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0308315  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0173  OstA-like protein  37.87 
 
 
227 aa  99.4  3e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.65593 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1155  OstA-like protein  38.93 
 
 
163 aa  94  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2816  OstA family protein  38.93 
 
 
163 aa  94  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.402903  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3586  OstA family protein  42.11 
 
 
170 aa  91.7  7e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0066  OstA family protein  35.11 
 
 
230 aa  88.2  7e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.297106  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3669  OstA-like protein  36.07 
 
 
186 aa  85.9  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2772  OstA family protein  37.58 
 
 
168 aa  85.9  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0062  OstA family protein  27.87 
 
 
204 aa  85.1  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0017  OstA family protein  35.56 
 
 
186 aa  84  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000148492 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2341  OstA-like protein  41.94 
 
 
191 aa  75.9  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.239355 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0406  cell envelope biogenesis protein YhbN  31.95 
 
 
187 aa  76.3  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0156  hypothetical protein  32.39 
 
 
204 aa  75.1  0.0000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2905  OstA family protein  34.44 
 
 
173 aa  74.7  0.0000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358104  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0168  OstA family protein  31.1 
 
 
216 aa  75.1  0.0000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0046  OstA family protein  26.82 
 
 
211 aa  74.7  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.135443 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0151  hypothetical protein  31.82 
 
 
216 aa  74.7  0.0000000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0300186  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0107  OstA family protein  33.1 
 
 
180 aa  73.9  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.587032 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0025  OstA-like protein  32.82 
 
 
144 aa  73.6  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00942039  normal  0.387287 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2713  OstA family protein  32.52 
 
 
188 aa  72.4  0.000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0226  OstA-like protein  32.3 
 
 
160 aa  71.2  0.000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0140  OstA-like protein  28.49 
 
 
176 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2606  OstA family protein  34.44 
 
 
161 aa  70.1  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5469  OstA family protein  31.93 
 
 
223 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12141  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0157  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.46 
 
 
207 aa  67.8  0.00000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.503776 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3249  OstA-like protein  36.67 
 
 
184 aa  66.6  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2427  OstA family protein  30.95 
 
 
250 aa  66.6  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0150816  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2499  OstA family protein  31.1 
 
 
242 aa  66.2  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0667889  normal  0.241313 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0535  OstA-like family protein  34.42 
 
 
177 aa  65.5  0.0000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.872333  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2722  OstA family protein  30.95 
 
 
246 aa  65.5  0.0000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.475694  normal  0.0622049 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0570  OstA family protein  28.19 
 
 
212 aa  65.1  0.0000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4956  OstA family protein  30 
 
 
196 aa  63.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1889  hypothetical protein  29.78 
 
 
167 aa  63.2  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1369  OstA family protein  27.86 
 
 
200 aa  63.5  0.000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.524769  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5924  OstA family protein  29.79 
 
 
239 aa  63.9  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.657817  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0086  OstA-like protein  30.46 
 
 
190 aa  61.6  0.000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.100502  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3336  OstA family protein  27.89 
 
 
179 aa  61.2  0.00000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2107  hypothetical protein  27.63 
 
 
179 aa  60.8  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0728  OstA-like protein  25 
 
 
180 aa  58.2  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2224  OstA-like protein  31.21 
 
 
174 aa  57.8  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2974  OstA family protein  24.29 
 
 
169 aa  55.8  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000275423  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1281  OstA-like protein  31.4 
 
 
169 aa  55.1  0.0000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000052201 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03662  hypothetical protein  26.49 
 
 
164 aa  54.7  0.0000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2791  OstA-like protein  25 
 
 
275 aa  52.8  0.000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127705  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002405  LptA protein  26.49 
 
 
164 aa  52  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.122787  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3177  alpha amylase domain-containing protein  34.38 
 
 
179 aa  47.8  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0598  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  41.18 
 
 
223 aa  47.8  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0397055 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3392  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  34.21 
 
 
162 aa  47.4  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12810  LPS transport protein LptA  26.62 
 
 
184 aa  47.8  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0507  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  37.18 
 
 
185 aa  46.2  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3393  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  37.18 
 
 
185 aa  46.2  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3688  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  37.18 
 
 
185 aa  46.2  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0500  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  37.18 
 
 
185 aa  46.2  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.850542  normal  0.391623 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3496  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  37.18 
 
 
185 aa  46.2  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3570  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  37.18 
 
 
185 aa  46.2  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2168  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  24.24 
 
 
182 aa  46.6  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4522  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  37.18 
 
 
185 aa  46.2  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.599849  normal  0.710923 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3421  OstA-like protein  25.13 
 
 
200 aa  45.8  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  4.44027e-25  normal  0.738624 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0974  OstA-like protein  25.87 
 
 
180 aa  45.8  0.0004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0867  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  36.92 
 
 
162 aa  45.8  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0778662  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3655  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  25 
 
 
202 aa  45.4  0.0005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0488  OstA-like protein  43.14 
 
 
221 aa  45.4  0.0005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.298829  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4120  hypothetical protein  39.22 
 
 
223 aa  45.8  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0328  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  39.22 
 
 
225 aa  45.4  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.331017  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0872  OstA family protein  24.39 
 
 
181 aa  45.4  0.0006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0206259  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5033  hypothetical protein  27.38 
 
 
175 aa  45.1  0.0006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0234887  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0508  OstA family protein  26.76 
 
 
198 aa  45.4  0.0006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.346357  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5273  OstA family protein  31.25 
 
 
285 aa  45.4  0.0006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.267021  normal  0.0648485 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0767  OstA-like family protein  43.14 
 
 
221 aa  45.1  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0074  hypothetical protein  43.14 
 
 
221 aa  45.1  0.0007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1516  hypothetical protein  43.14 
 
 
221 aa  45.1  0.0007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0583  hypothetical protein  43.14 
 
 
221 aa  45.1  0.0007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0599  hypothetical protein  43.14 
 
 
221 aa  45.1  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2944  hypothetical protein  43.14 
 
 
221 aa  45.1  0.0007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1175  hypothetical protein  25.66 
 
 
172 aa  44.7  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57920  hypothetical protein  25.6 
 
 
175 aa  44.3  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0152  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  22.15 
 
 
175 aa  44.3  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.301086  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0743  OstA family protein  27.82 
 
 
435 aa  44.3  0.001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  3.8238399999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03065  predicted transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.9 
 
 
185 aa  43.5  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000332715  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4487  OstA-like protein  39.22 
 
 
205 aa  43.1  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.149914 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03016  hypothetical protein  35.9 
 
 
185 aa  43.5  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000479332  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0500  hypothetical protein  26.67 
 
 
166 aa  43.9  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.108043  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2175  OstA-like protein  42 
 
 
221 aa  43.1  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2849  OstA family protein  42 
 
 
221 aa  43.1  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258721  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2789  OstA family protein  42 
 
 
221 aa  43.1  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.156758  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0526  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  40 
 
 
221 aa  43.1  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2800  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  42 
 
 
221 aa  43.1  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.29652 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2707  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  42 
 
 
221 aa  43.1  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0137528 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6119  OstA-like protein  42 
 
 
221 aa  42  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.578391  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0443  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  43.18 
 
 
181 aa  42.4  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1151  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  43.18 
 
 
181 aa  42.4  0.005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3813  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.69 
 
 
189 aa  42  0.005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.277414  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0776  OstA-like protein  41.67 
 
 
213 aa  42  0.006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.896639  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2416  cell envelope biogenesis YhbN  25.81 
 
 
175 aa  42  0.006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.972183  normal  0.0334942 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>