131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1889 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU1889  hypothetical protein  100 
 
 
167 aa  337  4e-92  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1281  OstA-like protein  70.2 
 
 
169 aa  221  4e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000052201 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2974  OstA family protein  58.68 
 
 
169 aa  200  7e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000275423  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2168  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  48.47 
 
 
182 aa  157  6e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3392  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  56.12 
 
 
162 aa  142  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0867  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  53.69 
 
 
162 aa  141  4e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0778662  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0972  OstA family protein  48.18 
 
 
174 aa  137  8.999999999999999e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000111121  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2071  OstA family protein  39.29 
 
 
199 aa  100  7e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0437606  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1940  hypothetical protein  40.94 
 
 
166 aa  89.7  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.946021  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0206  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.92 
 
 
179 aa  88.2  5e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1603  OstA family protein  31.82 
 
 
181 aa  82.8  0.000000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1507  OstA family protein  28.07 
 
 
196 aa  78.6  0.00000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.167722  decreased coverage  0.000611674 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0429  OstA family protein  24.73 
 
 
224 aa  73.2  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.034618 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0728  OstA-like protein  28 
 
 
180 aa  72.8  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0152  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.74 
 
 
175 aa  69.7  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.301086  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1155  OstA-like protein  29.37 
 
 
163 aa  65.5  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3336  OstA family protein  28.99 
 
 
179 aa  65.9  0.0000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2816  OstA family protein  29.37 
 
 
163 aa  65.5  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.402903  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0508  OstA family protein  31.25 
 
 
198 aa  65.1  0.0000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.346357  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3027  hypothetical protein  28.46 
 
 
182 aa  64.3  0.0000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2635  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.46 
 
 
182 aa  64.3  0.0000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.317916  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1175  hypothetical protein  26.99 
 
 
172 aa  63.2  0.000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0500  hypothetical protein  30.94 
 
 
166 aa  63.2  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.108043  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2107  hypothetical protein  29.01 
 
 
179 aa  63.2  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5469  OstA family protein  27.95 
 
 
223 aa  62.8  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12141  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0276  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.76 
 
 
190 aa  62.4  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0311412  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3586  OstA family protein  33.08 
 
 
170 aa  62.4  0.000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2791  OstA-like protein  30.81 
 
 
275 aa  61.2  0.000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127705  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0283  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.76 
 
 
190 aa  61.2  0.000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0570  OstA family protein  25.17 
 
 
212 aa  61.2  0.000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1769  hypothetical protein  24.16 
 
 
179 aa  60.8  0.000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3813  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28 
 
 
189 aa  60.8  0.000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.277414  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2499  OstA family protein  25.15 
 
 
242 aa  59.7  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0667889  normal  0.241313 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2606  OstA family protein  33.85 
 
 
161 aa  58.9  0.00000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2722  OstA family protein  24.55 
 
 
246 aa  57.8  0.00000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.475694  normal  0.0622049 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0157  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.59 
 
 
207 aa  57.4  0.00000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.503776 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0066  OstA family protein  29.53 
 
 
230 aa  57.4  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.297106  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0226  OstA-like protein  32.81 
 
 
160 aa  56.6  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3655  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.63 
 
 
202 aa  56.6  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2427  OstA family protein  25.86 
 
 
250 aa  56.2  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0150816  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0194  cell envelope biogenesis YhbN  30.43 
 
 
197 aa  55.8  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.106383  normal  0.827244 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0025  OstA-like protein  30.43 
 
 
144 aa  55.1  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00942039  normal  0.387287 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2228  OstA family protein  27.14 
 
 
175 aa  55.1  0.0000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4365  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.57 
 
 
179 aa  54.3  0.0000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.201613  normal  0.154984 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0753  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.06 
 
 
194 aa  54.3  0.0000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.703312  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3347  OstA family protein  27.95 
 
 
183 aa  53.1  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00730418  normal  0.133661 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2772  OstA family protein  27.78 
 
 
168 aa  53.9  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0017  OstA family protein  27.66 
 
 
186 aa  53.1  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000148492 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5924  OstA family protein  24.57 
 
 
239 aa  52.4  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.657817  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0674  OstA family protein  27.95 
 
 
183 aa  52.4  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.20726  normal  0.0960529 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0046  OstA family protein  25.16 
 
 
211 aa  52  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.135443 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0176  OstA-like protein  27.87 
 
 
221 aa  52  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.435721  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0012  hypothetical protein  29.56 
 
 
323 aa  51.6  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.541863  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2506  OstA family protein  28.57 
 
 
164 aa  51.6  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.979072  normal  0.875661 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0675  OstA family protein  27.33 
 
 
183 aa  51.6  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.155422  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0709  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  25.62 
 
 
184 aa  51.6  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.686411  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0049  OstA family protein  26.67 
 
 
221 aa  51.6  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.162045  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0507  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.59 
 
 
185 aa  51.2  0.000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0173  OstA-like protein  27.87 
 
 
227 aa  51.2  0.000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.65593 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4522  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.59 
 
 
185 aa  51.2  0.000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.599849  normal  0.710923 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0872  OstA family protein  30.82 
 
 
181 aa  51.6  0.000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0206259  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3393  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.59 
 
 
185 aa  51.2  0.000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3688  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.59 
 
 
185 aa  51.2  0.000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0500  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.59 
 
 
185 aa  51.2  0.000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.850542  normal  0.391623 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3496  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.59 
 
 
185 aa  51.2  0.000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3570  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.59 
 
 
185 aa  51.2  0.000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0657  OstA-like protein  26.02 
 
 
219 aa  50.8  0.000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.292624 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0123  hypothetical protein  27.27 
 
 
225 aa  50.8  0.000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0308315  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4207  OstA family protein  33.56 
 
 
186 aa  50.8  0.000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.283739  normal  0.860809 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2273  OstA-like protein  38.1 
 
 
172 aa  50.8  0.000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2713  OstA family protein  28.74 
 
 
188 aa  50.1  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5033  hypothetical protein  27.54 
 
 
175 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0234887  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0396  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  24.07 
 
 
170 aa  50.1  0.00001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.110787  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12810  LPS transport protein LptA  27.71 
 
 
184 aa  49.3  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3666  OstA family protein  25.62 
 
 
184 aa  49.7  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000733032  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0688  cell envelope biogenesis YhbN  25.62 
 
 
184 aa  49.7  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00274419  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0718  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  25.62 
 
 
184 aa  49.7  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.460129 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0107  OstA family protein  28.99 
 
 
180 aa  49.3  0.00003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.587032 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03065  predicted transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.01 
 
 
185 aa  48.5  0.00004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000332715  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002405  LptA protein  24.81 
 
 
164 aa  48.5  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.122787  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0062  OstA family protein  24.07 
 
 
204 aa  48.5  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03016  hypothetical protein  27.01 
 
 
185 aa  48.5  0.00004  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000479332  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0825  cell envelope biogenesis YhbN  28.21 
 
 
157 aa  48.5  0.00004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0877  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.33 
 
 
180 aa  48.1  0.00005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000011507  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0717  OstA family protein  26.38 
 
 
184 aa  48.1  0.00006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.184609  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3579  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.12 
 
 
184 aa  48.1  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3615  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.12 
 
 
184 aa  48.1  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.190854 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3510  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.12 
 
 
184 aa  48.1  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3677  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.12 
 
 
184 aa  48.1  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.148558 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3508  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.12 
 
 
184 aa  48.1  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0140  OstA-like protein  23.84 
 
 
176 aa  47.8  0.00007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3636  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.28 
 
 
157 aa  47.8  0.00007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.34297  normal  0.130415 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03662  hypothetical protein  23.31 
 
 
164 aa  47.8  0.00007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57920  hypothetical protein  26.86 
 
 
175 aa  47.4  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0086  OstA-like protein  27.49 
 
 
190 aa  47.4  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.100502  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2120  OstA family protein  25.16 
 
 
173 aa  45.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1489  OstA-like protein  24.71 
 
 
189 aa  46.2  0.0002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0428752  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0168  OstA family protein  22.49 
 
 
216 aa  46.6  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4314  OstA family protein  23.75 
 
 
186 aa  46.6  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.257817 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2167  OstA family protein  25.16 
 
 
173 aa  45.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.15124  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>