107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_2635 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_2635  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  100 
 
 		 182 aa  370  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.317916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3027  hypothetical protein  100 
 
 		 182 aa  370  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2168  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.68 
 
 		 182 aa  76.6  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0728  OstA-like protein  30.73 
 
 		 180 aa  77  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1281  OstA-like protein  32.86 
 
 		 169 aa  75.9  0.0000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000052201 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1889  hypothetical protein  29.88 
 
 		 167 aa  75.5  0.0000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0974  OstA-like protein  32.52 
 
 		 180 aa  75.5  0.0000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3579  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.49 
 
 		 184 aa  72.4  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3615  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.49 
 
 		 184 aa  72.4  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.190854 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3510  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.49 
 
 		 184 aa  72.4  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3508  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.49 
 
 		 184 aa  72.4  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3677  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.49 
 
 		 184 aa  72.4  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.148558 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0867  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.61 
 
 		 162 aa  70.9  0.000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0778662  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0396  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.14 
 
 		 170 aa  70.9  0.00000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.110787  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0507  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.95 
 
 		 185 aa  69.7  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3393  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.95 
 
 		 185 aa  69.7  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3688  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.95 
 
 		 185 aa  69.7  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0500  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.95 
 
 		 185 aa  69.7  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.850542  normal  0.391623 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3496  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.95 
 
 		 185 aa  69.7  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3570  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.95 
 
 		 185 aa  69.7  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4522  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.95 
 
 		 185 aa  69.7  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.599849  normal  0.710923 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3655  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.33 
 
 		 202 aa  70.1  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0276  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.55 
 
 		 190 aa  70.1  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0311412  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3392  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.78 
 
 		 162 aa  68.2  0.00000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3636  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.33 
 
 		 157 aa  67.8  0.00000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.34297  normal  0.130415 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03065  predicted transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  31.18 
 
 		 185 aa  67.4  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000332715  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2228  OstA family protein  30.5 
 
 		 175 aa  67.4  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0283  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  32.48 
 
 		 190 aa  67  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03016  hypothetical protein  31.18 
 
 		 185 aa  67.4  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000479332  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2890  OstA family protein  30.82 
 
 		 173 aa  66.2  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.745795  normal  0.143441 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0206  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.59 
 
 		 179 aa  65.1  0.0000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3813  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.68 
 
 		 189 aa  65.1  0.0000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.277414  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2974  OstA family protein  26.04 
 
 		 169 aa  63.5  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000275423  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4365  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.82 
 
 		 179 aa  63.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.201613  normal  0.154984 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0140  OstA-like protein  26.38 
 
 		 176 aa  63.2  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0443  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.33 
 
 		 181 aa  62.8  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1151  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.33 
 
 		 181 aa  62.8  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0507  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.33 
 
 		 181 aa  62.8  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970543  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2427  OstA family protein  29.47 
 
 		 250 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0150816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0535  OstA-like family protein  26.24 
 
 		 177 aa  62  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.872333  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0086  OstA-like protein  29.41 
 
 		 190 aa  61.6  0.000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.100502  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2107  hypothetical protein  26.95 
 
 		 179 aa  60.5  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0570  OstA family protein  30.14 
 
 		 212 aa  60.8  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1175  hypothetical protein  27.5 
 
 		 172 aa  59.7  0.00000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0758  hypothetical protein  27.85 
 
 		 176 aa  59.3  0.00000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0672  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.85 
 
 		 176 aa  59.3  0.00000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0954  hypothetical protein  30.22 
 
 		 174 aa  58.5  0.00000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1489  OstA-like protein  30.38 
 
 		 189 aa  58.9  0.00000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0428752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0972  OstA family protein  30.23 
 
 		 174 aa  58.9  0.00000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000111121  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0993  cell envelope biogenesis YhbN  30.22 
 
 		 174 aa  58.5  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2499  OstA family protein  28.65 
 
 		 242 aa  58.9  0.00000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0667889  normal  0.241313 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0961  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.22 
 
 		 174 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2722  OstA family protein  28.57 
 
 		 246 aa  57.8  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.475694  normal  0.0622049 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0899  hypothetical protein  30.19 
 
 		 169 aa  57.4  0.0000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0868  hypothetical protein  30.19 
 
 		 169 aa  57  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0925  OstA-like protein  31.33 
 
 		 189 aa  57.4  0.0000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2606  OstA family protein  30.77 
 
 		 161 aa  57.4  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0825  cell envelope biogenesis YhbN  30.58 
 
 		 157 aa  57.4  0.0000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03191  OstA-like protein  26.95 
 
 		 184 aa  57  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1603  OstA family protein  25.29 
 
 		 181 aa  55.8  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5469  OstA family protein  30.25 
 
 		 223 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0872  OstA family protein  29.45 
 
 		 181 aa  54.7  0.0000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0206259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0753  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.29 
 
 		 194 aa  53.9  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.703312  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0157  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.31 
 
 		 207 aa  53.9  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.503776 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12810  LPS transport protein LptA  31.78 
 
 		 184 aa  54.3  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57920  hypothetical protein  26.88 
 
 		 175 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002405  LptA protein  26.32 
 
 		 164 aa  52.8  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.122787  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03662  hypothetical protein  26.32 
 
 		 164 aa  53.1  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4261  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.9 
 
 		 174 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4238  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.21 
 
 		 196 aa  53.5  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000789736 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0500  hypothetical protein  26.81 
 
 		 166 aa  53.1  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.108043  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0743  hypothetical protein  29.37 
 
 		 177 aa  52.8  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0171086  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0760  hypothetical protein  28.32 
 
 		 171 aa  52.4  0.000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.879513  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1205  cell envelope biogenesis protein YhbN  28.32 
 
 		 171 aa  52.4  0.000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5924  OstA family protein  28.65 
 
 		 239 aa  52.4  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.657817  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02229  hypothetical protein  30.63 
 
 		 179 aa  52  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.70202  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5033  hypothetical protein  31.58 
 
 		 175 aa  51.6  0.000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0234887  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2224  OstA-like protein  31.16 
 
 		 174 aa  50.4  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0877  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.12 
 
 		 180 aa  49.7  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000011507  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0368  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  25.44 
 
 		 174 aa  49.3  0.00003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.166234 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3586  OstA family protein  30.77 
 
 		 170 aa  49.3  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0859  OstA-like protein  29.93 
 
 		 181 aa  48.9  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.492596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1155  OstA-like protein  29.41 
 
 		 163 aa  48.9  0.00004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2816  OstA family protein  29.41 
 
 		 163 aa  48.9  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.402903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4487  OstA-like protein  34.26 
 
 		 205 aa  48.5  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.149914 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0049  OstA family protein  27.44 
 
 		 221 aa  48.5  0.00005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.162045  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2124  OstA family protein  23.74 
 
 		 175 aa  47.4  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2791  OstA-like protein  25.61 
 
 		 275 aa  46.6  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127705  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0566  OstA-like protein  23.62 
 
 		 173 aa  46.2  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.256416  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1672  OstA family protein  37.93 
 
 		 323 aa  47  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0123  hypothetical protein  27.61 
 
 		 225 aa  46.6  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0308315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0066  OstA family protein  28.65 
 
 		 230 aa  46.6  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.297106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2772  OstA family protein  27.82 
 
 		 168 aa  46.2  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4541  OstA family protein  25.6 
 
 		 201 aa  44.7  0.0007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0335  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30 
 
 		 227 aa  44.7  0.0008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.109601  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1769  hypothetical protein  28.05 
 
 		 179 aa  44.3  0.0009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0728  OstA family protein  27.78 
 
 		 217 aa  44.3  0.0009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.201644 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0336  OstA family protein  34.29 
 
 		 362 aa  44.3  0.0009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0497543  normal  0.164761 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0491  OstA-like protein  29.51 
 
 		 184 aa  43.5  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.148147  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0176  OstA-like protein  26.23 
 
 		 221 aa  42.7  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.435721  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>