114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0507 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_0443  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  99.45 
 
 		 181 aa  369  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1151  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  99.45 
 
 		 181 aa  369  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0507  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  100 
 
 		 181 aa  369  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970543  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0283  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  70.93 
 
 		 190 aa  258  3e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4365  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  72.09 
 
 		 179 aa  257  6e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.201613  normal  0.154984 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0276  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  70.35 
 
 		 190 aa  256  1e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0311412  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3579  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  69.4 
 
 		 184 aa  256  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3615  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  69.4 
 
 		 184 aa  256  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.190854 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3510  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  69.4 
 
 		 184 aa  256  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3508  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  69.4 
 
 		 184 aa  256  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3677  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  69.4 
 
 		 184 aa  256  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.148558 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3655  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  66.85 
 
 		 202 aa  253  9e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0507  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  69.19 
 
 		 185 aa  251  3e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3813  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  68.39 
 
 		 189 aa  251  3e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.277414  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3393  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  69.19 
 
 		 185 aa  251  3e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3688  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  69.19 
 
 		 185 aa  251  3e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0500  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  69.19 
 
 		 185 aa  251  3e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.850542  normal  0.391623 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3496  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  69.19 
 
 		 185 aa  251  3e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3570  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  69.19 
 
 		 185 aa  251  3e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4522  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  69.19 
 
 		 185 aa  251  3e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.599849  normal  0.710923 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03065  predicted transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  68.6 
 
 		 185 aa  248  3e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000332715  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03016  hypothetical protein  68.6 
 
 		 185 aa  248  3e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000479332  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3636  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  69.87 
 
 		 157 aa  229  1e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.34297  normal  0.130415 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1175  hypothetical protein  51.55 
 
 		 172 aa  169  1e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0500  hypothetical protein  47.27 
 
 		 166 aa  154  7e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.108043  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2107  hypothetical protein  44.24 
 
 		 179 aa  132  1.9999999999999998e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03662  hypothetical protein  41.84 
 
 		 164 aa  115  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2890  OstA family protein  39.29 
 
 		 173 aa  114  6e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.745795  normal  0.143441 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002405  LptA protein  41.13 
 
 		 164 aa  113  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.122787  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3347  OstA family protein  35.93 
 
 		 183 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00730418  normal  0.133661 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0675  OstA family protein  35.33 
 
 		 183 aa  107  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.155422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0674  OstA family protein  35.33 
 
 		 183 aa  107  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.20726  normal  0.0960529 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0717  OstA family protein  34.34 
 
 		 184 aa  102  3e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.184609  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3666  OstA family protein  34.08 
 
 		 184 aa  101  5e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000733032  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0688  cell envelope biogenesis YhbN  34.08 
 
 		 184 aa  101  5e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00274419  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0718  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  34.08 
 
 		 184 aa  101  5e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.460129 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0709  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.52 
 
 		 184 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.686411  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4238  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.25 
 
 		 196 aa  95.9  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000789736 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3309  OstA family protein  32.12 
 
 		 181 aa  93.2  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000684229  normal  0.786006 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3959  hypothetical protein  34.27 
 
 		 183 aa  92.8  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0491  OstA-like protein  35.54 
 
 		 184 aa  90.5  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.148147  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0728  OstA family protein  31.14 
 
 		 217 aa  85.5  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.201644 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3614  cell envelope biogenesis YhbN  32.54 
 
 		 179 aa  85.1  5e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0599225  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03191  OstA-like protein  33.74 
 
 		 184 aa  85.1  5e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3375  OstA family protein  34.97 
 
 		 193 aa  84  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.25365  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4541  OstA family protein  29.28 
 
 		 201 aa  80.9  0.000000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0859  OstA-like protein  33.12 
 
 		 181 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.492596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2416  cell envelope biogenesis YhbN  30.86 
 
 		 175 aa  78.6  0.00000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.972183  normal  0.0334942 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0753  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.48 
 
 		 194 aa  73.6  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.703312  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0825  cell envelope biogenesis YhbN  31.82 
 
 		 157 aa  73.6  0.000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0728  OstA-like protein  27.71 
 
 		 180 aa  72.4  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0140  OstA-like protein  32.47 
 
 		 176 aa  71.6  0.000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12810  LPS transport protein LptA  30.77 
 
 		 184 aa  71.6  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1489  OstA-like protein  32.12 
 
 		 189 aa  70.5  0.00000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0428752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0925  OstA-like protein  33.55 
 
 		 189 aa  69.7  0.00000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02229  hypothetical protein  30 
 
 		 179 aa  70.1  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.70202  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4261  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.09 
 
 		 174 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0954  hypothetical protein  32.59 
 
 		 174 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0993  cell envelope biogenesis YhbN  32.59 
 
 		 174 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0961  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  32.59 
 
 		 174 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0672  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.3 
 
 		 176 aa  65.9  0.0000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0872  OstA family protein  29.22 
 
 		 181 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0206259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0758  hypothetical protein  29.09 
 
 		 176 aa  65.1  0.0000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3177  alpha amylase domain-containing protein  32.17 
 
 		 179 aa  64.7  0.0000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2606  OstA family protein  33.33 
 
 		 161 aa  63.5  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3086  OstA-like protein  28.74 
 
 		 184 aa  63.9  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.431766  normal  0.101166 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0566  OstA-like protein  29.58 
 
 		 173 aa  63.2  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.256416  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0743  hypothetical protein  30.83 
 
 		 177 aa  62.8  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0171086  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3027  hypothetical protein  33.63 
 
 		 182 aa  62.4  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2635  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.63 
 
 		 182 aa  62.4  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.317916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0086  OstA-like protein  31.62 
 
 		 190 aa  62  0.000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.100502  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5033  hypothetical protein  27.78 
 
 		 175 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0234887  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0868  hypothetical protein  24.39 
 
 		 169 aa  57  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2224  OstA-like protein  28.85 
 
 		 174 aa  57.4  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0899  hypothetical protein  23.78 
 
 		 169 aa  56.6  0.0000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2713  OstA family protein  28.57 
 
 		 188 aa  56.6  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2974  OstA family protein  29.14 
 
 		 169 aa  55.8  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000275423  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57920  hypothetical protein  26.54 
 
 		 175 aa  54.7  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0396  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.55 
 
 		 170 aa  53.1  0.000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.110787  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0535  OstA-like family protein  26.62 
 
 		 177 aa  52.8  0.000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.872333  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1281  OstA-like protein  32.12 
 
 		 169 aa  52.8  0.000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000052201 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0974  OstA-like protein  27.38 
 
 		 180 aa  52.4  0.000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2791  OstA-like protein  26.32 
 
 		 275 aa  51.2  0.000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127705  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4451  ostA family protein  27.34 
 
 		 182 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.953915  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4145  OstA-like protein  27.34 
 
 		 182 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2228  OstA family protein  24.5 
 
 		 175 aa  50.1  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0877  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.93 
 
 		 180 aa  49.7  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000011507  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3421  OstA-like protein  25.29 
 
 		 200 aa  49.3  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  4.44027e-25  normal  0.738624 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0760  hypothetical protein  26.9 
 
 		 171 aa  48.5  0.00006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.879513  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1205  cell envelope biogenesis protein YhbN  26.9 
 
 		 171 aa  48.5  0.00006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0956  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  25.16 
 
 		 183 aa  48.1  0.00006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226208 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2124  OstA family protein  24.29 
 
 		 175 aa  48.1  0.00007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1889  hypothetical protein  28.74 
 
 		 167 aa  47.8  0.00008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0598  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.67 
 
 		 223 aa  47.4  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0397055 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1769  hypothetical protein  24.73 
 
 		 179 aa  46.2  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4120  hypothetical protein  27.08 
 
 		 223 aa  46.2  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0025  OstA-like protein  27.68 
 
 		 144 aa  44.7  0.0007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00942039  normal  0.387287 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1992  cell envelope biogenesis protein YhbN  31.06 
 
 		 158 aa  44.3  0.0009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4487  OstA-like protein  24.24 
 
 		 205 aa  43.9  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.149914 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3586  OstA family protein  29.58 
 
 		 170 aa  43.9  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>