59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0017 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0017  OstA family protein  100 
 
 		 186 aa  372  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000148492 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0406  cell envelope biogenesis protein YhbN  57.39 
 
 		 187 aa  193  1e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0062  OstA family protein  54.35 
 
 		 204 aa  192  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0046  OstA family protein  51.87 
 
 		 211 aa  186  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.135443 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3669  OstA-like protein  43.71 
 
 		 186 aa  140  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0156  hypothetical protein  42.11 
 
 		 204 aa  133  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0168  OstA family protein  41.05 
 
 		 216 aa  134  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0151  hypothetical protein  41.52 
 
 		 216 aa  131  5e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0300186  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0123  hypothetical protein  37.7 
 
 		 225 aa  102  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0308315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0173  OstA-like protein  37.5 
 
 		 227 aa  99.8  2e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.65593 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0176  OstA-like protein  36.41 
 
 		 221 aa  99.8  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.435721  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0177  OstA-like protein  34.83 
 
 		 228 aa  97.1  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0249318  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0049  OstA family protein  35.67 
 
 		 221 aa  95.1  5e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.162045  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0066  OstA family protein  34.46 
 
 		 230 aa  94  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.297106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0657  OstA-like protein  33.33 
 
 		 219 aa  92  4e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.292624 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1369  OstA family protein  33.94 
 
 		 200 aa  87.8  8e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.524769  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0194  cell envelope biogenesis YhbN  34.39 
 
 		 197 aa  85.9  3e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.106383  normal  0.827244 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0417  OstA-like protein  35.8 
 
 		 225 aa  85.1  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0107  OstA family protein  34.75 
 
 		 180 aa  80.9  0.00000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.587032 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2427  OstA family protein  35.44 
 
 		 250 aa  77  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0150816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5469  OstA family protein  36 
 
 		 223 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12141  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0226  OstA-like protein  32.37 
 
 		 160 aa  74.7  0.0000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2722  OstA family protein  32.91 
 
 		 246 aa  73.6  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.475694  normal  0.0622049 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2499  OstA family protein  33.77 
 
 		 242 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0667889  normal  0.241313 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1155  OstA-like protein  29.79 
 
 		 163 aa  71.6  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2816  OstA family protein  29.79 
 
 		 163 aa  71.6  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.402903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5924  OstA family protein  31.93 
 
 		 239 aa  71.6  0.000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.657817  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3586  OstA family protein  30.26 
 
 		 170 aa  70.9  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2905  OstA family protein  28.08 
 
 		 173 aa  70.5  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0570  OstA family protein  33.87 
 
 		 212 aa  68.6  0.00000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0025  OstA-like protein  32.21 
 
 		 144 aa  65.1  0.0000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00942039  normal  0.387287 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2772  OstA family protein  31.21 
 
 		 168 aa  63.5  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4956  OstA family protein  29.46 
 
 		 196 aa  62.8  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2606  OstA family protein  28.33 
 
 		 161 aa  62.4  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2341  OstA-like protein  27.33 
 
 		 191 aa  62  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.239355 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1281  OstA-like protein  36.45 
 
 		 169 aa  60.8  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000052201 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3249  OstA-like protein  25.62 
 
 		 184 aa  60.5  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0157  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.86 
 
 		 207 aa  57.4  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.503776 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5273  OstA family protein  46.81 
 
 		 285 aa  53.9  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.267021  normal  0.0648485 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1889  hypothetical protein  27.66 
 
 		 167 aa  53.5  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2071  OstA family protein  27.69 
 
 		 199 aa  50.4  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0437606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2791  OstA-like protein  31.82 
 
 		 275 aa  48.9  0.00004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127705  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2713  OstA family protein  24.18 
 
 		 188 aa  48.5  0.00006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0012  hypothetical protein  25.17 
 
 		 323 aa  45.8  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.541863  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0974  OstA-like protein  25 
 
 		 180 aa  45.4  0.0005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0140  OstA-like protein  22.94 
 
 		 176 aa  43.1  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0728  OstA-like protein  22.95 
 
 		 180 aa  42.7  0.003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2224  OstA-like protein  25.17 
 
 		 174 aa  42.7  0.003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0872  OstA family protein  27.92 
 
 		 181 aa  42.4  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0206259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1603  OstA family protein  24.44 
 
 		 181 aa  42  0.005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0086  OstA-like protein  28.57 
 
 		 190 aa  41.6  0.007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.100502  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0206  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  23.36 
 
 		 179 aa  41.6  0.007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0102  organic solvent tolerance protein  31.33 
 
 		 786 aa  41.2  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000015449  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0104  organic solvent tolerance protein  31.33 
 
 		 784 aa  41.2  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00372289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0099  organic solvent tolerance protein  31.33 
 
 		 786 aa  41.2  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0097442  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0098  organic solvent tolerance protein  31.33 
 
 		 786 aa  41.2  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00167743  normal  0.0233205 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2974  OstA family protein  25.56 
 
 		 169 aa  41.2  0.008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000275423  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0097  organic solvent tolerance protein  31.33 
 
 		 786 aa  41.2  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0159547  normal  0.564558 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3655  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.25 
 
 		 202 aa  41.2  0.009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>