More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2546 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_0990  DNA topoisomerase IV subunit A  54.9 
 
 		 748 aa  817    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.465854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2551  DNA topoisomerase IV subunit A  72.51 
 
 		 767 aa  1115    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0807  DNA topoisomerase IV subunit A  57.79 
 
 		 758 aa  890    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.407172 
 
 
-
 
NC_004310  BR0754  DNA topoisomerase IV subunit A  56.68 
 
 		 770 aa  863    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.92701  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0107  DNA topoisomerase IV subunit A  59.19 
 
 		 750 aa  861    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.697068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1208  DNA topoisomerase IV subunit A  59.4 
 
 		 744 aa  877    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0547844  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0749  DNA topoisomerase IV subunit A  56.54 
 
 		 775 aa  859    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2877  DNA topoisomerase IV subunit A  59.13 
 
 		 748 aa  901    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0187639  hitchhiker  0.0015107 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3884  DNA topoisomerase IV subunit A  60.99 
 
 		 745 aa  900    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.234242 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1108  DNA topoisomerase IV subunit A  58.71 
 
 		 751 aa  877    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.759382 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2027  DNA topoisomerase IV subunit A  56.35 
 
 		 748 aa  822    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1914  DNA topoisomerase IV subunit A  57.2 
 
 		 749 aa  860    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.473924  normal  0.583312 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1696  DNA topoisomerase IV subunit A  72.25 
 
 		 767 aa  1107    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0329  DNA topoisomerase IV subunit A  72.25 
 
 		 767 aa  1108    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.361131  normal  0.819437 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4317  DNA topoisomerase IV subunit A  57.93 
 
 		 748 aa  862    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.175098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2539  DNA topoisomerase IV subunit A  56.94 
 
 		 770 aa  867    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1848  DNA topoisomerase IV subunit A  63.28 
 
 		 743 aa  947    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.44724  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1255  DNA topoisomerase IV subunit A  57.28 
 
 		 751 aa  872    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.209338 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2620  DNA topoisomerase IV subunit A  57.18 
 
 		 753 aa  868    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.180269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2793  DNA topoisomerase IV subunit A  55.86 
 
 		 761 aa  840    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0553  DNA topoisomerase IV subunit A  70.77 
 
 		 775 aa  1086    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0221  DNA topoisomerase IV subunit A  70.28 
 
 		 777 aa  1092    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1182  DNA topoisomerase IV subunit A  55.84 
 
 		 748 aa  824    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.190032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2644  DNA topoisomerase IV subunit A  57.8 
 
 		 751 aa  873    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0441432  normal  0.463071 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3339  DNA topoisomerase IV subunit A  57.12 
 
 		 748 aa  850    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1944  DNA topoisomerase IV subunit A  58.22 
 
 		 752 aa  868    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1744  DNA topoisomerase IV subunit A  55.22 
 
 		 759 aa  827    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.629764  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2655  DNA topoisomerase IV subunit A  55.97 
 
 		 753 aa  864    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.724781  normal  0.232038 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2247  DNA topoisomerase IV subunit A  56.8 
 
 		 749 aa  858    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2432  DNA topoisomerase IV subunit A  66.2 
 
 		 782 aa  1038    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2108  DNA topoisomerase IV subunit A  57.33 
 
 		 777 aa  847    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.258471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1124  DNA topoisomerase IV subunit A  60.16 
 
 		 750 aa  900    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4667  DNA topoisomerase IV subunit A  55.51 
 
 		 750 aa  845    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1595  DNA topoisomerase IV subunit A  56.12 
 
 		 758 aa  862    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1567  DNA topoisomerase IV subunit A  54.13 
 
 		 758 aa  803    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.998235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1611  DNA topoisomerase IV subunit A  51.87 
 
 		 754 aa  733    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2546  DNA topoisomerase IV subunit A  100 
 
 		 747 aa  1514    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.101431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3350  DNA topoisomerase IV subunit A  56.76 
 
 		 743 aa  828    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.528946  normal  0.80382 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2978  DNA topoisomerase IV subunit A  55.3 
 
 		 753 aa  847    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.510766  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1052  DNA topoisomerase IV subunit A  55.7 
 
 		 748 aa  824    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0774521 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0867  DNA topoisomerase IV subunit A  55.21 
 
 		 745 aa  857    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.885573  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2127  DNA topoisomerase IV subunit A  58.09 
 
 		 750 aa  881    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.334363 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2836  DNA topoisomerase IV subunit A  42.47 
 
 		 765 aa  569  1e-161  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0133106 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0821  DNA topoisomerase IV subunit A  43.4 
 
 		 744 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.508996  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1229  DNA topoisomerase IV, A subunit  43.15 
 
 		 758 aa  559  1e-158  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1982  DNA topoisomerase IV subunit A  43.3 
 
 		 750 aa  553  1e-156  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0348571  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5693  DNA topoisomerase IV subunit A  44.05 
 
 		 754 aa  555  1e-156  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2931  DNA topoisomerase IV subunit A  44.24 
 
 		 814 aa  552  1e-156  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65605  DNA topoisomerase IV subunit A  43.91 
 
 		 754 aa  553  1e-156  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0554373  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2787  DNA topoisomerase IV subunit A  40.91 
 
 		 768 aa  553  1e-156  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2282  DNA topoisomerase IV subunit A  42.99 
 
 		 747 aa  551  1e-155  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43460  DNA topoisomerase IV subunit A  42.86 
 
 		 752 aa  551  1e-155  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0560657  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0097  DNA topoisomerase IV subunit A  40.84 
 
 		 753 aa  549  1e-155  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.433032  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0532  DNA topoisomerase IV, A subunit  42.18 
 
 		 753 aa  549  1e-155  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0940  DNA topoisomerase IV subunit A  41.48 
 
 		 791 aa  547  1e-154  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2069  DNA topoisomerase IV subunit A  40.84 
 
 		 751 aa  548  1e-154  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.337992  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3769  DNA topoisomerase IV subunit A  41.12 
 
 		 758 aa  548  1e-154  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.874978  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4965  DNA topoisomerase IV subunit A  42.95 
 
 		 752 aa  544  1e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.414815  normal  0.944414 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2119  DNA topoisomerase IV subunit A  41.13 
 
 		 749 aa  544  1e-153  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.454929  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2007  DNA topoisomerase IV subunit A  40.19 
 
 		 761 aa  542  1e-153  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000513735  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0551  DNA topoisomerase IV subunit A  40.48 
 
 		 755 aa  543  1e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.243647 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0598  DNA topoisomerase IV subunit A  40.54 
 
 		 748 aa  545  1e-153  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01152  DNA topoisomerase IV subunit A  42.26 
 
 		 747 aa  540  9.999999999999999e-153  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.335625  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0332  DNA topoisomerase IV subunit A  42.94 
 
 		 756 aa  541  9.999999999999999e-153  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0339  DNA topoisomerase IV subunit A  43.33 
 
 		 756 aa  541  9.999999999999999e-153  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4171  DNA topoisomerase IV subunit A  39.57 
 
 		 769 aa  536  1e-151  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0581  DNA topoisomerase IV subunit A  40.29 
 
 		 757 aa  538  1e-151  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2194  DNA topoisomerase IV subunit A  39.5 
 
 		 762 aa  536  1e-151  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3427  DNA topoisomerase IV subunit A  42.71 
 
 		 752 aa  537  1e-151  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0662  DNA topoisomerase IV subunit A  40.29 
 
 		 757 aa  538  1e-151  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.113034  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0969  DNA topoisomerase IV subunit A  41.78 
 
 		 749 aa  537  1e-151  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.139272  normal  0.119804 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0276  DNA topoisomerase IV subunit A  40.29 
 
 		 757 aa  538  1e-151  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3611  DNA topoisomerase IV subunit A  41.3 
 
 		 757 aa  536  1e-151  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2669  DNA topoisomerase IV subunit A  39.41 
 
 		 756 aa  536  1e-151  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00978716  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3041  DNA topoisomerase IV subunit A  40.91 
 
 		 756 aa  536  1e-151  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4788  DNA topoisomerase IV subunit A  41.98 
 
 		 752 aa  535  1e-150  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.172576  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02891  DNA topoisomerase IV subunit A  42.71 
 
 		 752 aa  535  1e-150  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.434218  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0681  DNA topoisomerase IV, A subunit  42.71 
 
 		 752 aa  535  1e-150  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4912  DNA topoisomerase IV subunit A  42.54 
 
 		 752 aa  535  1e-150  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3487  DNA topoisomerase IV subunit A  42.71 
 
 		 752 aa  535  1e-150  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4330  DNA topoisomerase IV subunit A  42.71 
 
 		 752 aa  535  1e-150  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02841  hypothetical protein  42.71 
 
 		 752 aa  535  1e-150  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.440979  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3360  DNA topoisomerase IV subunit A  42.56 
 
 		 752 aa  533  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.384916  normal  0.452559 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3355  DNA topoisomerase IV subunit A  42.56 
 
 		 752 aa  533  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3430  DNA topoisomerase IV subunit A  42.56 
 
 		 752 aa  534  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3310  DNA topoisomerase IV subunit A  42.71 
 
 		 752 aa  533  1e-150  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.31337  normal  0.0249309 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1284  DNA topoisomerase IV subunit A  40.74 
 
 		 747 aa  533  1e-150  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.344105 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0678  DNA topoisomerase IV subunit A  42.71 
 
 		 752 aa  535  1e-150  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.508953 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4259  DNA topoisomerase IV subunit A  40.26 
 
 		 757 aa  534  1e-150  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000141448 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0601  DNA topoisomerase IV subunit A  42.18 
 
 		 749 aa  534  1e-150  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2543  DNA topoisomerase IV subunit A  41.81 
 
 		 750 aa  535  1e-150  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.644539  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3525  DNA topoisomerase IV subunit A  42.71 
 
 		 752 aa  533  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3325  DNA topoisomerase IV subunit A  39.22 
 
 		 767 aa  533  1e-150  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.846721  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3424  DNA topoisomerase IV subunit A  42.56 
 
 		 752 aa  534  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3456  DNA topoisomerase IV subunit A  42.56 
 
 		 752 aa  533  1e-150  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.765703  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3197  DNA topoisomerase IV subunit A  42.71 
 
 		 752 aa  535  1e-150  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4704  DNA topoisomerase IV subunit A  42.27 
 
 		 752 aa  529  1e-149  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0459341  normal  0.669252 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0930  DNA topoisomerase IV subunit A  42.34 
 
 		 784 aa  531  1e-149  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0785421  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1016  DNA topoisomerase IV subunit A  42.21 
 
 		 784 aa  529  1e-149  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.969284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3218  DNA topoisomerase IV subunit A  39.44 
 
 		 770 aa  526  1e-148  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000131393  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>