More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4912 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02891  DNA topoisomerase IV subunit A  68.6 
 
 		 752 aa  1060    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.434218  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0681  DNA topoisomerase IV, A subunit  68.6 
 
 		 752 aa  1061    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0601  DNA topoisomerase IV subunit A  88.38 
 
 		 749 aa  1380    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0276  DNA topoisomerase IV subunit A  67.51 
 
 		 757 aa  1057    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4912  DNA topoisomerase IV subunit A  100 
 
 		 752 aa  1534    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0781  DNA topoisomerase IV subunit A  68.72 
 
 		 757 aa  1098    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.255419  hitchhiker  0.00000939983 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0821  DNA topoisomerase IV subunit A  67.26 
 
 		 744 aa  1022    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.508996  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2194  DNA topoisomerase IV subunit A  57.41 
 
 		 762 aa  885    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43460  DNA topoisomerase IV subunit A  84.42 
 
 		 752 aa  1315    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0560657  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0097  DNA topoisomerase IV subunit A  63.69 
 
 		 753 aa  1005    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.433032  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4171  DNA topoisomerase IV subunit A  68.89 
 
 		 769 aa  1089    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4965  DNA topoisomerase IV subunit A  98.8 
 
 		 752 aa  1517    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.414815  normal  0.944414 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3897  DNA topoisomerase IV subunit A  68.45 
 
 		 758 aa  1088    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4704  DNA topoisomerase IV subunit A  95.87 
 
 		 752 aa  1480    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0459341  normal  0.669252 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4960  DNA topoisomerase IV, A subunit  89.99 
 
 		 751 aa  1399    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0624  DNA topoisomerase IV subunit A  58.72 
 
 		 749 aa  929    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.166462  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0581  DNA topoisomerase IV subunit A  67.51 
 
 		 757 aa  1057    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5693  DNA topoisomerase IV subunit A  87.9 
 
 		 754 aa  1377    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3611  DNA topoisomerase IV subunit A  67.02 
 
 		 757 aa  1043    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3430  DNA topoisomerase IV subunit A  68.19 
 
 		 752 aa  1056    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3051  DNA topoisomerase IV subunit A  64.04 
 
 		 751 aa  1005    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2908  DNA topoisomerase IV subunit A  63.91 
 
 		 751 aa  1002    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0554  DNA topoisomerase IV subunit A  89.32 
 
 		 751 aa  1391    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4788  DNA topoisomerase IV subunit A  99.6 
 
 		 752 aa  1529    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.172576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1868  DNA topoisomerase IV subunit A  56.44 
 
 		 772 aa  890    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.198305  normal  0.864644 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0339  DNA topoisomerase IV subunit A  68.23 
 
 		 756 aa  1069    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2119  DNA topoisomerase IV subunit A  69.34 
 
 		 749 aa  1086    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.454929  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0551  DNA topoisomerase IV subunit A  68.45 
 
 		 755 aa  1075    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.243647 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3427  DNA topoisomerase IV subunit A  66.89 
 
 		 752 aa  1045    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0662  DNA topoisomerase IV subunit A  67.51 
 
 		 757 aa  1057    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.113034  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004516  topoisomerase IV subunit A  67.47 
 
 		 761 aa  1041    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2282  DNA topoisomerase IV subunit A  64.26 
 
 		 747 aa  996    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0503  DNA topoisomerase IV subunit A  87.75 
 
 		 754 aa  1371    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0668096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3424  DNA topoisomerase IV subunit A  68.19 
 
 		 752 aa  1056    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3456  DNA topoisomerase IV subunit A  68.46 
 
 		 752 aa  1060    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.765703  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2836  DNA topoisomerase IV subunit A  65.81 
 
 		 765 aa  1047    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0133106 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0332  DNA topoisomerase IV subunit A  68.1 
 
 		 756 aa  1068    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0384  DNA topoisomerase IV subunit A  61.91 
 
 		 742 aa  963    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.4801  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00876  DNA topoisomerase IV subunit A  67.87 
 
 		 762 aa  1059    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0820  DNA topoisomerase IV subunit A  68.18 
 
 		 758 aa  1085    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.241843  normal  0.177019 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2069  DNA topoisomerase IV subunit A  63.69 
 
 		 751 aa  1004    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.337992  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00492  DNA topoisomerase IV subunit A  69.87 
 
 		 761 aa  1113    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.309908  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0398  DNA topoisomerase IV subunit A  67.25 
 
 		 748 aa  1063    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.170842  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3769  DNA topoisomerase IV subunit A  67.24 
 
 		 758 aa  1055    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.874978  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3218  DNA topoisomerase IV subunit A  66.36 
 
 		 770 aa  1065    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000131393  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1982  DNA topoisomerase IV subunit A  63.92 
 
 		 750 aa  963    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0348571  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2543  DNA topoisomerase IV subunit A  67.66 
 
 		 750 aa  1013    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.644539  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0678  DNA topoisomerase IV subunit A  68.6 
 
 		 752 aa  1061    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.508953 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2157  DNA topoisomerase IV subunit A  55.41 
 
 		 771 aa  879    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4330  DNA topoisomerase IV subunit A  68.6 
 
 		 752 aa  1061    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4188  DNA topoisomerase IV subunit A  67.78 
 
 		 758 aa  1078    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.702459 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0705  DNA topoisomerase IV subunit A  58.59 
 
 		 749 aa  929    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.965779  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0509  DNA topoisomerase IV subunit A  68.48 
 
 		 770 aa  1102    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0256564  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3571  DNA topoisomerase IV subunit A  68.18 
 
 		 758 aa  1085    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0073811  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01152  DNA topoisomerase IV subunit A  61.55 
 
 		 747 aa  966    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.335625  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3355  DNA topoisomerase IV subunit A  68.33 
 
 		 752 aa  1057    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3556  DNA topoisomerase IV subunit A  67.25 
 
 		 755 aa  1058    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4259  DNA topoisomerase IV subunit A  68.58 
 
 		 757 aa  1075    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000141448 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0598  DNA topoisomerase IV subunit A  63.36 
 
 		 748 aa  1002    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3197  DNA topoisomerase IV subunit A  68.6 
 
 		 752 aa  1061    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3229  DNA topoisomerase IV subunit A  68.32 
 
 		 758 aa  1084    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00308276  hitchhiker  0.00000104584 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0760  DNA topoisomerase IV subunit A  68.32 
 
 		 758 aa  1084    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000176508  hitchhiker  0.000384716 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0532  DNA topoisomerase IV, A subunit  67.39 
 
 		 753 aa  1024    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0775  DNA topoisomerase IV subunit A  68.45 
 
 		 758 aa  1094    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0849191  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0969  DNA topoisomerase IV subunit A  67.43 
 
 		 749 aa  1039    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.139272  normal  0.119804 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3325  DNA topoisomerase IV subunit A  67.33 
 
 		 767 aa  1080    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.846721  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2007  DNA topoisomerase IV subunit A  67.6 
 
 		 761 aa  1074    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000513735  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1284  DNA topoisomerase IV subunit A  62.48 
 
 		 747 aa  984    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.344105 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65605  DNA topoisomerase IV subunit A  87.88 
 
 		 754 aa  1377    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0554373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3487  DNA topoisomerase IV subunit A  68.6 
 
 		 752 aa  1061    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0788  DNA topoisomerase IV subunit A  68.18 
 
 		 758 aa  1085    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00268436  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3525  DNA topoisomerase IV subunit A  68.33 
 
 		 752 aa  1058    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0732  DNA topoisomerase IV subunit A  68.32 
 
 		 758 aa  1088    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.207588  decreased coverage  0.0000634577 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3360  DNA topoisomerase IV subunit A  68.06 
 
 		 752 aa  1054    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.384916  normal  0.452559 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02841  hypothetical protein  68.6 
 
 		 752 aa  1060    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.440979  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3041  DNA topoisomerase IV subunit A  69.25 
 
 		 756 aa  1093    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0864  DNA topoisomerase IV subunit A  64.57 
 
 		 759 aa  1032    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1229  DNA topoisomerase IV, A subunit  61.43 
 
 		 758 aa  944    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2787  DNA topoisomerase IV subunit A  68.92 
 
 		 768 aa  1078    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0813  DNA topoisomerase IV subunit A  68.18 
 
 		 758 aa  1085    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00825768  unclonable  0.00000000000743821 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2669  DNA topoisomerase IV subunit A  65.64 
 
 		 756 aa  1048    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00978716  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3310  DNA topoisomerase IV subunit A  68.19 
 
 		 752 aa  1055    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.31337  normal  0.0249309 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2931  DNA topoisomerase IV subunit A  44.64 
 
 		 814 aa  600  1e-170  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0940  DNA topoisomerase IV subunit A  44.21 
 
 		 791 aa  597  1e-169  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0901  DNA topoisomerase IV subunit A  43.89 
 
 		 793 aa  594  1e-168  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2123  DNA topoisomerase IV subunit A  44.82 
 
 		 773 aa  590  1e-167  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.14737 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0920  DNA topoisomerase IV subunit A  44.77 
 
 		 773 aa  579  1e-164  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0345239 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2558  DNA topoisomerase IV subunit A  44.44 
 
 		 769 aa  581  1e-164  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1206  DNA topoisomerase IV subunit A  43.48 
 
 		 774 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0930  DNA topoisomerase IV subunit A  43.35 
 
 		 784 aa  578  1.0000000000000001e-163  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0785421  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1016  DNA topoisomerase IV subunit A  43.35 
 
 		 784 aa  578  1.0000000000000001e-163  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.969284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2380  DNA topoisomerase IV subunit A  44.76 
 
 		 773 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3163  DNA topoisomerase IV subunit A  45.78 
 
 		 784 aa  574  1.0000000000000001e-162  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.960241  normal  0.258195 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1747  DNA topoisomerase IV subunit A  44.76 
 
 		 773 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2359  DNA topoisomerase IV subunit A  44.76 
 
 		 773 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5698  DNA topoisomerase IV subunit A  44.46 
 
 		 773 aa  572  1e-161  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.493333  normal  0.798094 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0941  DNA topoisomerase IV subunit A  44.53 
 
 		 772 aa  571  1e-161  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.612887  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3338  DNA topoisomerase IV subunit A  43.49 
 
 		 774 aa  568  1e-161  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.684752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2395  DNA topoisomerase IV subunit A  44.5 
 
 		 773 aa  570  1e-161  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.494092  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1146  DNA topoisomerase IV subunit A  44.53 
 
 		 772 aa  570  1e-161  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.517068  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>