More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3296 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03285  sensor histidine kinase  54.67 
 
 		 675 aa  702    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3296  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 672 aa  1382    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.593293  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5031  sensor histidine kinase  39.94 
 
 		 677 aa  422  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2399  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.65 
 
 		 694 aa  353  7e-96  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0158  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.67 
 
 		 684 aa  352  8.999999999999999e-96  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1534  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35 
 
 		 688 aa  348  2e-94  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.887236  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2497  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.81 
 
 		 688 aa  338  9.999999999999999e-92  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1598  histidine kinase  35.28 
 
 		 689 aa  339  9.999999999999999e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1618  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.68 
 
 		 712 aa  333  5e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2437  sensor histidine kinase  32.9 
 
 		 704 aa  332  1e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.166276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0198  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  34.7 
 
 		 693 aa  332  2e-89  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.828483 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0703  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.3 
 
 		 703 aa  328  2.0000000000000001e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2672  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.88 
 
 		 659 aa  305  3.0000000000000004e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0528368  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1998  Signal transduction histidine kinase  29.52 
 
 		 694 aa  294  4e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.689731  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0750  signal transduction histidine kinase  31.27 
 
 		 680 aa  276  8e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3103  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  28.88 
 
 		 688 aa  250  7e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2048  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.12 
 
 		 711 aa  239  9e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0429  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.29 
 
 		 690 aa  232  2e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0815441 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1806  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.5 
 
 		 690 aa  209  1e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2444  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.89 
 
 		 695 aa  209  2e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2957  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.75 
 
 		 697 aa  206  1e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.445047  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2325  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.69 
 
 		 681 aa  199  9e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.136199  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3440  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.08 
 
 		 708 aa  198  2.0000000000000003e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.184047  normal  0.328768 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1993  histidine kinase  26.4 
 
 		 696 aa  196  1e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.124604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2439  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.15 
 
 		 690 aa  190  5.999999999999999e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0949  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.06 
 
 		 706 aa  189  1e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.317535  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1941  sensor histidine kinase  26.89 
 
 		 677 aa  180  5.999999999999999e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2196  histidine kinase  27.05 
 
 		 684 aa  164  3e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0849  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.72 
 
 		 701 aa  155  2e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.732792  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0661  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.09 
 
 		 686 aa  139  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3043  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.08 
 
 		 678 aa  130  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.546021  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2592  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.88 
 
 		 539 aa  85.9  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1634  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.86 
 
 		 538 aa  80.1  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02433  sensor histide kinase  35.62 
 
 		 482 aa  79.7  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2235  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  26.41 
 
 		 865 aa  78.2  0.0000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0131  histidine kinase  27.66 
 
 		 630 aa  78.2  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0399979  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0675  two-component sensor kinase CbrA  25.32 
 
 		 975 aa  77.4  0.0000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4457  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.05 
 
 		 661 aa  77.4  0.0000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0531  sensory histidine kinase AtoS  28.33 
 
 		 611 aa  77  0.000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4312  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.5 
 
 		 591 aa  75.9  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2392  histidine kinase  37.04 
 
 		 502 aa  75.9  0.000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.23 
 
 		 544 aa  75.9  0.000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0589  histidine kinase  26.76 
 
 		 590 aa  75.9  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3074  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.07 
 
 		 378 aa  75.1  0.000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1523  histidine kinase  26.16 
 
 		 437 aa  75.1  0.000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1029  two-component sensor CbrA  25.32 
 
 		 986 aa  74.7  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.211087  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1396  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  24.24 
 
 		 547 aa  74.7  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2399  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.62 
 
 		 1131 aa  74.7  0.000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0320  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.57 
 
 		 576 aa  74.3  0.000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0488  histidine kinase  26.97 
 
 		 250 aa  74.3  0.000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2895  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.99 
 
 		 705 aa  74.3  0.000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0671  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.74 
 
 		 987 aa  73.9  0.000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.239322  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0867  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.34 
 
 		 905 aa  73.2  0.00000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.768776  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42670  Sensory histidine protein kinase CbrA  27.54 
 
 		 981 aa  73.6  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.416099  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0642  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.83 
 
 		 492 aa  73.6  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.400591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1471  ATP-binding region ATPase domain protein  26.43 
 
 		 440 aa  73.2  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.104212 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03680  nitrogen regulation protein ntrY  27.59 
 
 		 470 aa  72.4  0.00000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.177814  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2808  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.68 
 
 		 595 aa  73.2  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.277541  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3168  histidine kinase  30.04 
 
 		 369 aa  72.8  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3374  two-component sensor kinase CbrA  24.03 
 
 		 1000 aa  73.2  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.694338  normal  0.111505 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0617  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.03 
 
 		 557 aa  72.4  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0229  histidine kinase  25 
 
 		 645 aa  72  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0172  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.65 
 
 		 565 aa  72  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0408  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.51 
 
 		 577 aa  72  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.285006 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5422  histidine kinase  23.32 
 
 		 685 aa  72  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0504919 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0631  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.23 
 
 		 501 aa  72  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.22133  normal  0.283314 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3514  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.17 
 
 		 494 aa  71.6  0.00000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.91 
 
 		 589 aa  71.2  0.00000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0773722  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1939  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  25.75 
 
 		 1328 aa  71.6  0.00000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.282055  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1412  sensor histidine kinase/response regulator  26.77 
 
 		 737 aa  71.2  0.00000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.281366  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2943  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.67 
 
 		 586 aa  71.2  0.00000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0714  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.07 
 
 		 604 aa  71.2  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.362965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1462  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.16 
 
 		 600 aa  71.2  0.00000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0277816  normal  0.69414 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0992  two-component sensor histidine kinase  28.82 
 
 		 696 aa  70.9  0.00000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0439814  normal  0.153335 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2588  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.1 
 
 		 746 aa  70.9  0.00000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.877964  normal  0.574702 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1111  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.1 
 
 		 463 aa  70.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.97 
 
 		 500 aa  70.5  0.00000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.814589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1751  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.31 
 
 		 671 aa  70.1  0.0000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5544  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.29 
 
 		 420 aa  70.1  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.63 
 
 		 519 aa  70.1  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2129  sensory box histidine kinase/response regulator  33.61 
 
 		 746 aa  70.5  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.706377  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3803  histone-like DNA-binding protein  26.04 
 
 		 308 aa  70.5  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0733  histidine kinase  25.38 
 
 		 1347 aa  70.1  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2854  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.32 
 
 		 368 aa  70.1  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.834527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0666  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.53 
 
 		 831 aa  70.1  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1768  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.57 
 
 		 576 aa  70.1  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1319  sensor histidine kinase  26.22 
 
 		 367 aa  69.3  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2038  histidine kinase  25 
 
 		 552 aa  69.3  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3454  histidine kinase  24.46 
 
 		 623 aa  69.7  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4448  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.91 
 
 		 589 aa  69.3  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3521  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.57 
 
 		 1022 aa  69.7  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1578  histidine kinase  25.61 
 
 		 829 aa  68.9  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1893  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.58 
 
 		 985 aa  68.9  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.426931  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1299  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.91 
 
 		 618 aa  68.6  0.0000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000225639 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0849  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.32 
 
 		 981 aa  68.6  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.000864337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2454  histidine kinase  24.46 
 
 		 367 aa  68.9  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000691569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0625  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.11 
 
 		 526 aa  68.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1544  ATP-binding region ATPase domain protein  26.51 
 
 		 1710 aa  68.6  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2781  histidine kinase  31.67 
 
 		 321 aa  68.6  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3519  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.8 
 
 		 987 aa  68.9  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>