More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0703 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_2437  sensor histidine kinase  58.16 
 
 
704 aa  843    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.166276  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0703  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
703 aa  1414    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1598  histidine kinase  47.18 
 
 
689 aa  575  1.0000000000000001e-163  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0198  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  46.15 
 
 
693 aa  514  1e-144  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.828483 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2672  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  43.31 
 
 
659 aa  509  1e-143  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0528368  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2399  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  40.06 
 
 
694 aa  450  1e-125  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0158  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  41.8 
 
 
684 aa  444  1e-123  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2497  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.65 
 
 
688 aa  435  1e-120  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1534  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.45 
 
 
688 aa  412  1e-113  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.887236  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3103  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  35.23 
 
 
688 aa  402  1e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1618  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.59 
 
 
712 aa  400  9.999999999999999e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1998  Signal transduction histidine kinase  36.51 
 
 
694 aa  392  1e-107  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.689731  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0750  signal transduction histidine kinase  34.36 
 
 
680 aa  339  9.999999999999999e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3296  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.3 
 
 
672 aa  335  1e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.593293  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2048  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.92 
 
 
711 aa  320  7.999999999999999e-86  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5031  sensor histidine kinase  33.58 
 
 
677 aa  304  3.0000000000000004e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3440  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.09 
 
 
708 aa  298  2e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.184047  normal  0.328768 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03285  sensor histidine kinase  31.86 
 
 
675 aa  295  2e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0429  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.56 
 
 
690 aa  266  1e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0815441 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0949  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.71 
 
 
706 aa  261  2e-68  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.317535  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2957  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.05 
 
 
697 aa  251  3e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.445047  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2439  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.95 
 
 
690 aa  248  2e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1993  histidine kinase  30.97 
 
 
696 aa  244  3.9999999999999997e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.124604  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1806  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.11 
 
 
690 aa  241  2e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2325  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.67 
 
 
681 aa  241  5e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.136199  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2444  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.88 
 
 
695 aa  236  1.0000000000000001e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1941  sensor histidine kinase  30.6 
 
 
677 aa  227  6e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2196  histidine kinase  29.48 
 
 
684 aa  189  1e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0849  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.72 
 
 
701 aa  177  7e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.732792  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3043  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.8 
 
 
678 aa  163  1e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.546021  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0661  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.05 
 
 
686 aa  151  3e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1751  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.75 
 
 
671 aa  85.9  0.000000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0631  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.04 
 
 
501 aa  85.5  0.000000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.22133  normal  0.283314 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2399  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.34 
 
 
1131 aa  85.5  0.000000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0813  histidine kinase  27.27 
 
 
587 aa  85.1  0.000000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0343  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.5 
 
 
689 aa  83.6  0.00000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.135812 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1080  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.8 
 
 
585 aa  83.2  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.572324  normal  0.76853 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0288  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.66 
 
 
597 aa  84  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0471  sensor histidine kinase  28.88 
 
 
419 aa  83.2  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.328588  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4307  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.32 
 
 
806 aa  83.2  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.767019  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2758  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.8 
 
 
857 aa  83.2  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0428  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.16 
 
 
943 aa  83.2  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.94781  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5559  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  23.79 
 
 
752 aa  82.8  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1650  histidine kinase  29.8 
 
 
612 aa  82  0.00000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1029  two-component sensor CbrA  23.98 
 
 
986 aa  82  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.211087  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2392  histidine kinase  30.67 
 
 
502 aa  81.6  0.00000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1931  ATPase domain-containing protein  33.33 
 
 
423 aa  81.6  0.00000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.508093  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2511  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.52 
 
 
543 aa  81.3  0.00000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3651  GAF sensor hybrid histidine kinase  29.92 
 
 
727 aa  80.9  0.00000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.125923 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1443  sensor histidine kinase/response regulator  30.96 
 
 
654 aa  80.9  0.00000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.676986  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4421  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.1 
 
 
783 aa  80.9  0.00000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4051  PAS sensor protein  28.1 
 
 
783 aa  80.9  0.00000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.688401  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4533  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.4 
 
 
785 aa  80.5  0.00000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.955834 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4258  histidine kinase  29.15 
 
 
506 aa  80.5  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0738  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.72 
 
 
991 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000340339 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04306  histidine kinase-response regulator hybrid protein  27.12 
 
 
500 aa  79.3  0.0000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.717782  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4387  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.15 
 
 
946 aa  79.3  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.16 
 
 
1057 aa  79.3  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1277  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.97 
 
 
630 aa  79  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.449456  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2976  histidine kinase  32.37 
 
 
233 aa  78.6  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0241356  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3433  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  26.56 
 
 
503 aa  79  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.812028  normal  0.0364545 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2079  GAF sensor hybrid histidine kinase  29.1 
 
 
727 aa  78.6  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.79077 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3634  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.73 
 
 
944 aa  78.2  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103342  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2081  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.94 
 
 
899 aa  78.2  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00980702 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6444  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  26.23 
 
 
736 aa  78.2  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.114269  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1319  sensor histidine kinase  28.76 
 
 
367 aa  77.8  0.0000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1053  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.53 
 
 
1059 aa  77.8  0.0000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.111783  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2006  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.63 
 
 
469 aa  77.8  0.0000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3549  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.74 
 
 
702 aa  78.2  0.0000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3860  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  28.78 
 
 
520 aa  77.8  0.0000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2107  two-component VirA-like sensor kinase  26.34 
 
 
820 aa  77.8  0.0000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1462  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.74 
 
 
600 aa  77.4  0.0000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0277816  normal  0.69414 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0109  histidine kinase  25.11 
 
 
461 aa  77.4  0.0000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000786251 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4560  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.72 
 
 
991 aa  77.4  0.0000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.310149  hitchhiker  0.0000734254 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4196  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  24.8 
 
 
693 aa  77.4  0.0000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.29 
 
 
1224 aa  77.4  0.0000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0092  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.97 
 
 
742 aa  76.6  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2491  histidine kinase  26.32 
 
 
626 aa  76.6  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00653758 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.51 
 
 
1076 aa  76.6  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.715458 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2373  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.73 
 
 
769 aa  76.3  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4695  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.08 
 
 
991 aa  75.9  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000969954 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1793  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25 
 
 
591 aa  76.3  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.456575  normal  0.950737 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0446  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.12 
 
 
488 aa  75.9  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.363501  normal  0.308567 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2584  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.03 
 
 
654 aa  76.3  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.6 
 
 
1415 aa  76.3  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.79 
 
 
544 aa  76.3  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1829  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.39 
 
 
839 aa  76.3  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00645827  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3741  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27 
 
 
367 aa  76.3  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.49679  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2841  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.29 
 
 
351 aa  76.6  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6227  two component sensor kinase for C4-dicarboxylate transport  25.81 
 
 
600 aa  76.3  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.970393  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1966  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.62 
 
 
492 aa  76.3  0.000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.917004  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0969  histidine kinase  27.56 
 
 
801 aa  75.9  0.000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000115814  hitchhiker  0.0000040144 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3794  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  25 
 
 
708 aa  75.9  0.000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.475023 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0975  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.91 
 
 
683 aa  75.9  0.000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1124  histidine kinase  29.37 
 
 
483 aa  75.5  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.7316  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2970  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.91 
 
 
584 aa  75.9  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.653031  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1139  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.67 
 
 
578 aa  75.5  0.000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4105  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.3 
 
 
888 aa  75.1  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2256  GAF sensor hybrid histidine kinase  27.64 
 
 
727 aa  75.1  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.903593 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3168  histidine kinase  26.34 
 
 
369 aa  74.7  0.000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>