More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2117 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2117  thymidylate kinase  100 
 
 		 209 aa  434  1e-121  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0678723  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02330  thymidylate kinase  61.76 
 
 		 222 aa  274  9e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1602  thymidylate kinase  60.49 
 
 		 212 aa  255  3e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.101784  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02903  thymidylate kinase  58.33 
 
 		 210 aa  249  2e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003001  thymidylate kinase  57.84 
 
 		 209 aa  248  4e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.390558  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1487  thymidylate kinase  59.31 
 
 		 210 aa  247  7e-65  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.396843  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2802  thymidylate kinase  59.11 
 
 		 219 aa  243  9.999999999999999e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.100646  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2051  thymidylate kinase  60 
 
 		 215 aa  240  9e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1583  thymidylate kinase  58.13 
 
 		 212 aa  239  2e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000489849  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1691  thymidylate kinase  58.13 
 
 		 212 aa  239  2.9999999999999997e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0210927  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2302  thymidylate kinase  53.69 
 
 		 212 aa  237  8e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.792305  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2498  thymidylate kinase  60 
 
 		 219 aa  237  9e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00108643  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3493  thymidylate kinase  57.64 
 
 		 212 aa  237  1e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000071243  normal  0.0320777 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2613  thymidylate kinase  58.21 
 
 		 209 aa  237  1e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1579  thymidylate kinase  57.84 
 
 		 210 aa  235  3e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.756218 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2240  thymidylate kinase  57.56 
 
 		 215 aa  235  4e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1661  thymidylate kinase  57.71 
 
 		 209 aa  234  7e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.159329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1736  thymidylate kinase  57.71 
 
 		 209 aa  234  7e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.603767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1766  thymidylate kinase  57.71 
 
 		 209 aa  234  8e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0776889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1923  thymidylate kinase  56.93 
 
 		 214 aa  233  1.0000000000000001e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2214  thymidylate kinase  57.71 
 
 		 208 aa  233  1.0000000000000001e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2459  thymidylate kinase  57.71 
 
 		 208 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0022435  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1628  thymidylate kinase  55.56 
 
 		 215 aa  232  3e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000125837  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1592  thymidylate kinase  56.65 
 
 		 217 aa  231  5e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.116501  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2452  thymidylate kinase  57.71 
 
 		 208 aa  231  6e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0414256  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2572  thymidylate kinase  57.71 
 
 		 208 aa  231  6e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0232881  normal  0.0771597 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1892  thymidylate kinase  57.71 
 
 		 208 aa  231  6e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.243598  normal  0.0455674 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2245  thymidylate kinase  54.59 
 
 		 210 aa  229  2e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0597865  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2043  thymidylate kinase  57.58 
 
 		 208 aa  229  3e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.745773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1911  thymidylate kinase  54.68 
 
 		 212 aa  224  6e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000250893  hitchhiker  0.00000571338 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2029  thymidylate kinase  54.63 
 
 		 213 aa  223  2e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000357383  hitchhiker  0.00000127305 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1477  thymidylate kinase  54.63 
 
 		 213 aa  222  3e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000124035  hitchhiker  0.000000000959374 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01094  thymidylate kinase  54.63 
 
 		 213 aa  221  4e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00390554  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2549  dTMP kinase  54.63 
 
 		 213 aa  221  4e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000242114  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1220  thymidylate kinase  54.63 
 
 		 213 aa  221  4e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000082141  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01102  hypothetical protein  54.63 
 
 		 213 aa  221  4e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00374424  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2226  thymidylate kinase  54.63 
 
 		 213 aa  221  4e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000221684  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2503  thymidylate kinase  54.63 
 
 		 213 aa  221  4e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00403809  unclonable  0.0000000113108 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1219  thymidylate kinase  54.63 
 
 		 213 aa  221  4e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000291901  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2169  thymidylate kinase  53.66 
 
 		 213 aa  221  4.9999999999999996e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000154462 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1276  thymidylate kinase  53.66 
 
 		 213 aa  221  4.9999999999999996e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.823229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1986  thymidylate kinase  53.66 
 
 		 213 aa  221  6e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000464686  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1299  thymidylate kinase  53.66 
 
 		 213 aa  221  6e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.160764  hitchhiker  0.0000000000000573213 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1314  thymidylate kinase  53.66 
 
 		 213 aa  221  6e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000054513 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2648  thymidylate kinase  54.46 
 
 		 210 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.106877 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1982  thymidylate kinase  57 
 
 		 210 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.102848  hitchhiker  0.00478134 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1613  thymidylate kinase  52.68 
 
 		 213 aa  218  7e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000848369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1094  dTMP kinase  54.5 
 
 		 223 aa  212  2.9999999999999995e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.43543  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1350  thymidylate kinase  48.28 
 
 		 212 aa  205  4e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0431  thymidylate kinase  50.49 
 
 		 212 aa  204  6e-52  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.19831  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1354  thymidylate kinase  47.78 
 
 		 212 aa  203  1e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1634  thymidylate kinase  45.93 
 
 		 208 aa  181  8.000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.60217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1829  dTMP kinase  47.32 
 
 		 218 aa  168  7e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0608  thymidylate kinase  44.44 
 
 		 223 aa  160  2e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00959948  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1577  thymidylate kinase  43.96 
 
 		 223 aa  158  5e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0174932  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1996  thymidylate kinase  45.63 
 
 		 208 aa  157  1e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1543  thymidylate kinase  42.03 
 
 		 204 aa  152  4e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.145095  normal  0.0739271 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1939  thymidylate kinase  41.9 
 
 		 206 aa  151  5e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622457  normal  0.256999 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1660  thymidylate kinase  42.57 
 
 		 206 aa  151  8e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0638751  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2263  thymidylate kinase  41.43 
 
 		 206 aa  150  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0386042  normal  0.293028 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1983  thymidylate kinase  40.58 
 
 		 210 aa  150  1e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1862  dTMP kinase  44.9 
 
 		 214 aa  150  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0221751  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1495  thymidylate kinase  43.88 
 
 		 210 aa  148  6e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.845785  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14970  thymidylate kinase  42.65 
 
 		 211 aa  147  1.0000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1606  thymidylate kinase  43.54 
 
 		 212 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0524778  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25740  thymidylate kinase  42.65 
 
 		 210 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.602436 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1253  thymidylate kinase  43.35 
 
 		 219 aa  145  4.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2199  thymidylate kinase  42.16 
 
 		 210 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1416  thymidylate kinase  45.05 
 
 		 217 aa  145  5e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.845977 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1043  thymidylate kinase  40.67 
 
 		 206 aa  145  6e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.625825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1633  thymidylate kinase  43.63 
 
 		 210 aa  144  8.000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3795  thymidylate kinase  43.37 
 
 		 210 aa  143  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.398765  normal  0.441646 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0696  dTMP kinase  37.81 
 
 		 197 aa  143  2e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1387  thymidylate kinase  39.51 
 
 		 205 aa  141  7e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0198768  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0877  dTMP kinase  43.81 
 
 		 221 aa  140  9.999999999999999e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4152  thymidylate kinase  43.14 
 
 		 210 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.898638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0718  thymidylate kinase  37.91 
 
 		 219 aa  140  9.999999999999999e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.881728  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3327  dTMP kinase  38.65 
 
 		 216 aa  139  1.9999999999999998e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3827  thymidylate kinase  40.69 
 
 		 210 aa  139  3e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.058171  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1530  thymidylate kinase  42.27 
 
 		 207 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.609014 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5193  thymidylate kinase  38.05 
 
 		 206 aa  138  4.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.207302 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2318  thymidylate kinase  42.72 
 
 		 217 aa  137  1e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0629646  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2338  thymidylate kinase  37.44 
 
 		 212 aa  137  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1644  dTMP kinase  40 
 
 		 197 aa  135  3.0000000000000003e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1652  thymidylate kinase  40.2 
 
 		 210 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.401857  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0059  dTMP kinase  38.46 
 
 		 207 aa  135  4e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.804352  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1717  dTMP kinase  39.5 
 
 		 197 aa  135  4e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1916  thymidylate kinase  37.25 
 
 		 206 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0727621 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0927  dTMP kinase  34.83 
 
 		 199 aa  135  6.0000000000000005e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0241028  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6186  thymidylate kinase  37.25 
 
 		 206 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1893  thymidylate kinase  37.25 
 
 		 206 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.430132  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2154  thymidylate kinase  38.24 
 
 		 206 aa  134  7.000000000000001e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.511195  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2699  thymidylate kinase  40.48 
 
 		 208 aa  134  8e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.741794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1962  thymidylate kinase  38.05 
 
 		 211 aa  134  9e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0101939  normal  0.909912 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1381  thymidylate kinase  37.25 
 
 		 206 aa  134  9e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0158  thymidylate kinase  41.46 
 
 		 220 aa  134  9e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2320  thymidylate kinase  37.25 
 
 		 206 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2281  thymidylate kinase  37.25 
 
 		 206 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.617741  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1802  thymidylate kinase  36.76 
 
 		 206 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0698629  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1830  thymidylate kinase  36.76 
 
 		 206 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>