More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1673 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1673  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  619  1e-176  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1614  transcriptional regulator, LysR family protein  66.1 
 
 		 294 aa  412  1e-114  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 304 aa  181  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2283  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.95602  normal  0.350255 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 313 aa  169  4e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 301 aa  169  5e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2618  putative HTH-type transcriptional regulator YafC  34 
 
 		 314 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.811729  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1614  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.525061  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  34.34 
 
 		 309 aa  166  4e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 301 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4063  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 324 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4303  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 324 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3459  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 324 aa  165  9e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1637  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 310 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.661169 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 		 299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2317  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 315 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.618902  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 301 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1360  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00813315 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0990  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2367  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 306 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0686  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 303 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.866247  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3197  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 297 aa  162  6e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0593  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 303 aa  162  7e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1984  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 303 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.74358  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0972  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 299 aa  162  8.000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4949  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 308 aa  162  9e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.58153 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2362  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001040  transcriptional regulator  30.26 
 
 		 318 aa  160  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 343 aa  160  2e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 293 aa  161  2e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  34.92 
 
 		 289 aa  160  3e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1457  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 310 aa  160  3e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  34.58 
 
 		 302 aa  160  3e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  32.66 
 
 		 309 aa  159  4e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 298 aa  159  5e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 310 aa  159  6e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 310 aa  159  6e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 310 aa  159  6e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 310 aa  159  6e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 310 aa  159  6e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  159  6e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 310 aa  159  6e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2390  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 323 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 310 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5132  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 302 aa  157  3e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.052958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1605  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 295 aa  157  3e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.25782 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1985  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 330 aa  157  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2131  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 331 aa  157  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0617506  normal  0.31287 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0080  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 303 aa  156  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3206  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 309 aa  157  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.160052 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3963  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 324 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.432164 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31.65 
 
 		 300 aa  156  5.0000000000000005e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 295 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  31.61 
 
 		 298 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 299 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3456  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 340 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.695325 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2880  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 303 aa  155  8e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.957922  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3153  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 306 aa  155  8e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3767  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 311 aa  155  9e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  34.45 
 
 		 289 aa  155  9e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0824  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 309 aa  155  9e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 298 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4884  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 321 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000596604  normal  0.487097 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3618  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 301 aa  154  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.219787  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0083  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 300 aa  155  1e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 298 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3332  transcription regulator protein  32 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  30.98 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4143  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.132565  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0939  transcriptional regulator, LysR family  31.86 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 310 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 292 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 310 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  32.43 
 
 		 305 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 292 aa  152  4e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.44 
 
 		 299 aa  153  4e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 296 aa  153  4e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  32.24 
 
 		 335 aa  152  7e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 298 aa  152  7e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  32.79 
 
 		 301 aa  152  7e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  28.9 
 
 		 330 aa  152  8e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 298 aa  152  8e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0212  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 303 aa  151  1e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.986643  normal  0.756698 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3098  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 303 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.870472  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2760  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 319 aa  151  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  32.21 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>