More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3153 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3153  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  615  1e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32970  transcriptional regulator  56.25 
 
 		 307 aa  315  5e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00742357  hitchhiker  0.0000126002 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2803  transcriptional regulator  55.92 
 
 		 307 aa  310  1e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.313319  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0122  LysR family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 322 aa  231  9e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.551218  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2307  LysR family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 322 aa  231  9e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2829  LysR family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 322 aa  231  9e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.230533  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2256  LysR family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 322 aa  231  9e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2330  LysR family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 322 aa  231  9e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0123  transcriptional regulator  43.71 
 
 		 322 aa  230  2e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0329  LysR family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 322 aa  228  7e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.21371  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0139  LysR family transcriptional regulator  43.71 
 
 		 322 aa  228  7e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  38.26 
 
 		 309 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  37.29 
 
 		 293 aa  194  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.37 
 
 		 305 aa  192  8e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 322 aa  189  4e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 302 aa  188  9e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  35.2 
 
 		 330 aa  188  1e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 304 aa  187  1e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 306 aa  185  9e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 313 aa  183  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 310 aa  181  2e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  37.25 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 304 aa  179  4e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 328 aa  179  4e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 305 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 303 aa  179  7e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0905  transcriptional regulator, LysR family  36.79 
 
 		 295 aa  179  7e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.227995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 298 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3963  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 324 aa  176  6e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.432164 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3456  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 340 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.695325 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 303 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 295 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.92 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1985  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 330 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  33.11 
 
 		 303 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4063  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 324 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 313 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 330 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 307 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4303  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 324 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 302 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3459  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 324 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 289 aa  171  1e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  33.1 
 
 		 289 aa  171  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 297 aa  170  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 335 aa  171  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.78 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1339  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 300 aa  170  3e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.150488 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 		 293 aa  169  4e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 304 aa  169  4e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0225  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 309 aa  169  5e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 307 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 335 aa  169  5e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 298 aa  169  5e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 307 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 300 aa  169  6e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 298 aa  169  6e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 298 aa  169  8e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 301 aa  168  9e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 302 aa  168  9e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  33.45 
 
 		 302 aa  167  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 296 aa  167  1e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  32.69 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.46 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31.35 
 
 		 300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 309 aa  167  2.9999999999999998e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36 
 
 		 295 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 291 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 298 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  34.44 
 
 		 297 aa  166  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0600  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 310 aa  166  4e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 294 aa  166  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 300 aa  166  4e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  31.27 
 
 		 289 aa  166  4e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5166  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 308 aa  166  5e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6475  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 299 aa  166  5e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.820215 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0880  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 294 aa  166  5e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.803519  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 304 aa  166  5.9999999999999996e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4623  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 315 aa  166  5.9999999999999996e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.570776 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4096  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 308 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 297 aa  165  6.9999999999999995e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001040  transcriptional regulator  33.22 
 
 		 318 aa  165  6.9999999999999995e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>