More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1217 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1263  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  72.63 
 
 
509 aa  672    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1217  outer membrane efflux protein  100 
 
 
498 aa  997    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.538027  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0866  RND efflux system outer membrane lipoprotein  72.21 
 
 
509 aa  646    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1045  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  93.17 
 
 
494 aa  848    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.44263 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4583  RND efflux system outer membrane lipoprotein  72.42 
 
 
509 aa  674    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.244926  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0938  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  74.52 
 
 
499 aa  673    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4460  RND efflux system outer membrane lipoprotein  72.84 
 
 
509 aa  676    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1211  hypothetical protein  63.58 
 
 
496 aa  598  1e-170  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.65199  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13520  putative outer membrane protein  62.61 
 
 
496 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.620918  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1582  RND efflux system outer membrane lipoprotein  54.81 
 
 
515 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04010  RND efflux system, outer membrane lipoprotein  55.97 
 
 
504 aa  512  1e-144  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.174506  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2781  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  55.53 
 
 
604 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.193053  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1346  aromatic acid efflux system, outer membrane lipoprotein  54.64 
 
 
514 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.65009 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1700  putative fusaric acid efflux protein  53.19 
 
 
585 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.149689  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0413  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family protein  53.19 
 
 
582 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.783273  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0935  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family protein  53.19 
 
 
593 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1854  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family protein  53.19 
 
 
615 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0749  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family protein  53.19 
 
 
582 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1866  RND efflux system outer membrane lipoprotein  53.09 
 
 
552 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00193594 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1678  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family protein  53.19 
 
 
594 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2625  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family protein  53.52 
 
 
601 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.407091  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1468  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family protein  53.19 
 
 
576 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1370  RND efflux system outer membrane lipoprotein  52 
 
 
515 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1331  RND efflux system outer membrane lipoprotein  52.07 
 
 
543 aa  458  1e-127  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.33262  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4594  RND efflux system outer membrane lipoprotein  52.24 
 
 
529 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0929292  normal  0.740754 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0967  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  52.45 
 
 
525 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1427  RND efflux system outer membrane lipoprotein  53.19 
 
 
505 aa  444  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1449  RND efflux system outer membrane lipoprotein  53.19 
 
 
505 aa  444  1e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.436796  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2912  hypothetical protein  42.63 
 
 
533 aa  363  3e-99  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4278  NodT family outer membrane lipoprotein  41.5 
 
 
483 aa  330  4e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0872817  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2582  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.39 
 
 
474 aa  279  8e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.878784 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4315  NodT family outer membrane lipoprotein  39.25 
 
 
504 aa  273  4.0000000000000004e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1215  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.05 
 
 
509 aa  272  9e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.156046  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1124  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.67 
 
 
509 aa  271  1e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.405736 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1294  putative outer membrane CHANEL lipoprotein  37.79 
 
 
489 aa  270  5.9999999999999995e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.567151  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3186  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.03 
 
 
502 aa  261  2e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.753905  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0860  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.23 
 
 
490 aa  259  8e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2026  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  35.32 
 
 
519 aa  258  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.192262 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4022  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.79 
 
 
502 aa  252  1e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.578632  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2023  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.69 
 
 
514 aa  251  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1287  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.92 
 
 
498 aa  248  1e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.193127 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6204  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.1 
 
 
490 aa  248  2e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0651418  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3236  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.1 
 
 
480 aa  243  3.9999999999999997e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125917  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3644  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.82 
 
 
489 aa  243  6e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44786  normal  0.0343549 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01155  outer membrane efflux protein  36.44 
 
 
505 aa  240  2.9999999999999997e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.269459  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2417  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.57 
 
 
699 aa  240  4e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1387  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.99 
 
 
498 aa  239  9e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3582  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  33.33 
 
 
502 aa  239  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.229082  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1427  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.77 
 
 
498 aa  238  2e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0987986 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1481  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.33 
 
 
498 aa  238  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.497778 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1750  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.91 
 
 
498 aa  238  2e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0410029 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.33 
 
 
498 aa  238  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1724  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.46 
 
 
515 aa  237  3e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1633  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.73 
 
 
499 aa  237  4e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1854  putative outer membrane multidrug resistance lipoprotein  38.59 
 
 
475 aa  236  6e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.100642 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2559  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.49 
 
 
527 aa  236  6e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68120  putative outer membrane protein precursor  36.09 
 
 
492 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00816319  normal  0.0233424 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1637  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.06 
 
 
502 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.774452  hitchhiker  0.00150735 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2020  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.29 
 
 
504 aa  234  3e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0319738 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4646  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.13 
 
 
498 aa  233  5e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0590697  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4888  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.63 
 
 
482 aa  233  5e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.595836  normal  0.509529 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2815  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  35.51 
 
 
502 aa  233  5e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.449733 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1056  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.26 
 
 
498 aa  231  2e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.14613  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1921  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.26 
 
 
514 aa  231  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.330678  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1745  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  33.26 
 
 
498 aa  231  2e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.134149  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.26 
 
 
514 aa  231  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.370375  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0170  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.26 
 
 
498 aa  231  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0737823  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0996  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.26 
 
 
498 aa  231  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1768  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  33.26 
 
 
493 aa  231  3e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0263  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.34 
 
 
517 aa  230  5e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00140667 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3491  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.87 
 
 
493 aa  229  6e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0258  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.56 
 
 
517 aa  229  7e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.389882  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5896  outer membrane protein  35.96 
 
 
490 aa  228  1e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3744  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.09 
 
 
491 aa  226  6e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00975176  normal  0.397095 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1444  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.75 
 
 
504 aa  225  1e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0708  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.37 
 
 
483 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00245457  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.73 
 
 
702 aa  219  8.999999999999998e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0323  Fis family transcriptional regulator  39.69 
 
 
556 aa  208  1e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.362622 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1514  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.11 
 
 
483 aa  204  3e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0996868  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1020  putative multidrug resistance protein  32.83 
 
 
484 aa  191  2e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0561  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.89 
 
 
629 aa  191  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1080  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.06 
 
 
553 aa  188  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.10212  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1876  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.06 
 
 
553 aa  188  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.138949  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5190  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.77 
 
 
618 aa  187  5e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.175856  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5029  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.63 
 
 
606 aa  186  7e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.145963  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3905  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.94 
 
 
483 aa  186  1.0000000000000001e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.512285  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5092  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.52 
 
 
616 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0523348  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3276  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.52 
 
 
616 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.108062  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  32.09 
 
 
503 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4504  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.84 
 
 
605 aa  182  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3114  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.58 
 
 
475 aa  180  4e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  29.47 
 
 
569 aa  180  4.999999999999999e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.89 
 
 
483 aa  180  5.999999999999999e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.248268 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.76 
 
 
487 aa  180  7e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.292382 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1827  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  33.26 
 
 
527 aa  177  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.108325  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0730  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  33.26 
 
 
527 aa  177  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.81 
 
 
488 aa  176  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.268118  normal  0.678051 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0191  putative outer membrane protein  33.26 
 
 
527 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0815  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  33.26 
 
 
527 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.103865  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1014  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  33.26 
 
 
527 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.998145  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>