More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1294 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1294  putative outer membrane CHANEL lipoprotein  100 
 
 
489 aa  973    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.567151  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1124  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  86.71 
 
 
509 aa  837    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.405736 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1215  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  87.55 
 
 
509 aa  841    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.156046  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2026  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  71.09 
 
 
519 aa  676    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.192262 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2023  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  69 
 
 
514 aa  617  1e-175  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1921  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.12 
 
 
514 aa  408  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.330678  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1768  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  48.12 
 
 
493 aa  408  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4315  NodT family outer membrane lipoprotein  48.61 
 
 
504 aa  409  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1387  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.75 
 
 
498 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1056  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.9 
 
 
498 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.14613  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1745  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  48.12 
 
 
498 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.134149  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.9 
 
 
514 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.370375  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.67 
 
 
498 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0170  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.9 
 
 
498 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0737823  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2559  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.12 
 
 
527 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0996  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.9 
 
 
498 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1481  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.67 
 
 
498 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.497778 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1427  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.54 
 
 
498 aa  404  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0987986 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1750  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.22 
 
 
498 aa  403  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0410029 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6204  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  48.27 
 
 
490 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0651418  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4022  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.65 
 
 
502 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.578632  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2815  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  46.36 
 
 
502 aa  397  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.449733 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4646  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.32 
 
 
498 aa  395  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0590697  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1637  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45.7 
 
 
502 aa  391  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.774452  hitchhiker  0.00150735 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1724  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.81 
 
 
515 aa  392  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3582  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  44.18 
 
 
502 aa  384  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.229082  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2020  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45.77 
 
 
504 aa  378  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0319738 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2417  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.3 
 
 
699 aa  374  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.55 
 
 
702 aa  360  3e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1444  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.76 
 
 
504 aa  333  3e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3491  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  46.05 
 
 
493 aa  333  5e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3236  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  45.81 
 
 
480 aa  332  7.000000000000001e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125917  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3744  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.93 
 
 
491 aa  328  1.0000000000000001e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00975176  normal  0.397095 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3186  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.87 
 
 
502 aa  326  5e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.753905  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0263  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.04 
 
 
517 aa  324  2e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00140667 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0258  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45.23 
 
 
517 aa  321  1.9999999999999998e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.389882  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2912  hypothetical protein  40.34 
 
 
533 aa  319  6e-86  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1346  aromatic acid efflux system, outer membrane lipoprotein  41.18 
 
 
514 aa  313  5.999999999999999e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.65009 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2781  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.65 
 
 
604 aa  312  6.999999999999999e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.193053  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1854  putative outer membrane multidrug resistance lipoprotein  41.21 
 
 
475 aa  310  5e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.100642 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1211  hypothetical protein  37.71 
 
 
496 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.65199  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1582  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.6 
 
 
515 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04010  RND efflux system, outer membrane lipoprotein  41.88 
 
 
504 aa  303  4.0000000000000003e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.174506  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0708  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.15 
 
 
483 aa  299  7e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00245457  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0860  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  40.41 
 
 
490 aa  296  4e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4888  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.09 
 
 
482 aa  293  3e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.595836  normal  0.509529 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1514  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  42.16 
 
 
483 aa  292  8e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0996868  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3644  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.02 
 
 
489 aa  291  2e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44786  normal  0.0343549 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4460  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.43 
 
 
509 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4583  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.24 
 
 
509 aa  291  3e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.244926  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01155  outer membrane efflux protein  41.44 
 
 
505 aa  290  5.0000000000000004e-77  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.269459  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1633  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.44 
 
 
499 aa  288  2e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1263  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.04 
 
 
509 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1287  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.72 
 
 
498 aa  287  2.9999999999999996e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.193127 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68120  putative outer membrane protein precursor  38.99 
 
 
492 aa  286  7e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00816319  normal  0.0233424 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5896  outer membrane protein  38.89 
 
 
490 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13520  putative outer membrane protein  36.62 
 
 
496 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.620918  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1866  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.47 
 
 
552 aa  280  5e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00193594 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1370  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.26 
 
 
515 aa  277  3e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0967  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.4 
 
 
525 aa  276  5e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1331  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.4 
 
 
543 aa  276  6e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.33262  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1449  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.69 
 
 
505 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.436796  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1427  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.69 
 
 
505 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4594  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.19 
 
 
529 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0929292  normal  0.740754 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.89 
 
 
488 aa  273  3e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.268118  normal  0.678051 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1020  putative multidrug resistance protein  39.34 
 
 
484 aa  273  5.000000000000001e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0938  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.51 
 
 
499 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0866  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.43 
 
 
509 aa  272  9e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0323  Fis family transcriptional regulator  45.48 
 
 
556 aa  271  1e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.362622 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1854  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family protein  37.86 
 
 
615 aa  270  5e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1678  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family protein  37.86 
 
 
594 aa  270  5.9999999999999995e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0749  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family protein  37.79 
 
 
582 aa  269  7e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0935  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family protein  37.79 
 
 
593 aa  269  7e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0413  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family protein  37.79 
 
 
582 aa  269  7e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.783273  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1468  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family protein  37.79 
 
 
576 aa  269  7e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1700  putative fusaric acid efflux protein  37.79 
 
 
585 aa  269  8.999999999999999e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.149689  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4278  NodT family outer membrane lipoprotein  38.59 
 
 
483 aa  268  1e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0872817  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2625  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family protein  38.2 
 
 
601 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.407091  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3114  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  41.96 
 
 
475 aa  260  3e-68  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2582  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.93 
 
 
474 aa  260  4e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.878784 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3905  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.13 
 
 
483 aa  259  9e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.512285  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1080  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.27 
 
 
553 aa  254  3e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.10212  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1876  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.27 
 
 
553 aa  254  3e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.138949  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1217  outer membrane efflux protein  36.7 
 
 
498 aa  252  1e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.538027  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1014  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  38.1 
 
 
527 aa  241  2e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.998145  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0730  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  37.87 
 
 
527 aa  241  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0191  putative outer membrane protein  38.1 
 
 
527 aa  241  2e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1827  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  37.87 
 
 
527 aa  241  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.108325  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0457  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  38.65 
 
 
531 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.555102  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0463  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.65 
 
 
531 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.211851  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.65 
 
 
531 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.805675  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0718  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  38.65 
 
 
531 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0239244  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2098  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.87 
 
 
527 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0685909  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0370  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.64 
 
 
527 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.299848  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0561  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.6 
 
 
629 aa  238  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0815  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  37.87 
 
 
527 aa  239  1e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.103865  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1916  Outer membrane protein  37.87 
 
 
527 aa  239  1e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.19047  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1045  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.04 
 
 
494 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.44263 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3276  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.38 
 
 
616 aa  229  9e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.108062  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5092  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.38 
 
 
616 aa  229  9e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0523348  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>