More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1514 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1514  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  100 
 
 
483 aa  944    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0996868  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3236  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  67.69 
 
 
480 aa  558  1e-158  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125917  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1444  RND efflux system outer membrane lipoprotein  66.38 
 
 
504 aa  555  1e-157  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3491  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  63.47 
 
 
493 aa  502  1e-141  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0263  RND efflux system outer membrane lipoprotein  59.87 
 
 
517 aa  457  1e-127  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00140667 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0258  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  59.4 
 
 
517 aa  457  1e-127  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.389882  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0323  Fis family transcriptional regulator  58.25 
 
 
556 aa  409  1e-113  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.362622 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3744  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.69 
 
 
491 aa  359  7e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00975176  normal  0.397095 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1215  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.86 
 
 
509 aa  340  2e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.156046  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1124  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.95 
 
 
509 aa  338  9e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.405736 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2026  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  42.27 
 
 
519 aa  334  2e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.192262 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1294  putative outer membrane CHANEL lipoprotein  44.13 
 
 
489 aa  324  2e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.567151  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1750  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.54 
 
 
498 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0410029 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4646  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.66 
 
 
498 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0590697  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.22 
 
 
498 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1481  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.22 
 
 
498 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.497778 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3582  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  38.74 
 
 
502 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.229082  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2023  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  43.54 
 
 
514 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2559  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.74 
 
 
527 aa  310  4e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1921  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40 
 
 
514 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.330678  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40 
 
 
514 aa  309  8e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.370375  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1768  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  40 
 
 
493 aa  309  8e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3186  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.25 
 
 
502 aa  309  8e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.753905  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1056  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40 
 
 
498 aa  309  9e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.14613  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0170  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40 
 
 
498 aa  309  9e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0737823  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0996  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40 
 
 
498 aa  309  9e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1745  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  40 
 
 
498 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.134149  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1427  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.56 
 
 
498 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0987986 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1637  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.81 
 
 
502 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.774452  hitchhiker  0.00150735 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1387  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.56 
 
 
498 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2815  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  40.33 
 
 
502 aa  302  7.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.449733 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4315  NodT family outer membrane lipoprotein  39.54 
 
 
504 aa  300  5e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0860  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  41.51 
 
 
490 aa  299  8e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4022  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.43 
 
 
502 aa  299  9e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.578632  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1724  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.03 
 
 
515 aa  298  2e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2912  hypothetical protein  39.78 
 
 
533 aa  293  4e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6204  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.19 
 
 
490 aa  290  4e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0651418  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2020  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.36 
 
 
504 aa  288  1e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0319738 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2417  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.36 
 
 
699 aa  279  6e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.2 
 
 
702 aa  278  2e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3644  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.06 
 
 
489 aa  258  2e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44786  normal  0.0343549 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1854  putative outer membrane multidrug resistance lipoprotein  40.76 
 
 
475 aa  256  9e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.100642 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1211  hypothetical protein  35.33 
 
 
496 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.65199  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2582  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.67 
 
 
474 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.878784 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4888  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.66 
 
 
482 aa  250  4e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.595836  normal  0.509529 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01155  outer membrane efflux protein  38.72 
 
 
505 aa  249  6e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.269459  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5896  outer membrane protein  38.9 
 
 
490 aa  249  7e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39 
 
 
487 aa  248  2e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.292382 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13520  putative outer membrane protein  35.47 
 
 
496 aa  248  2e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.620918  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1582  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.67 
 
 
515 aa  241  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68120  putative outer membrane protein precursor  37.13 
 
 
492 aa  241  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00816319  normal  0.0233424 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04010  RND efflux system, outer membrane lipoprotein  36.81 
 
 
504 aa  238  2e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.174506  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1346  aromatic acid efflux system, outer membrane lipoprotein  36.09 
 
 
514 aa  237  3e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.65009 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2781  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.15 
 
 
604 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.193053  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1287  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.65 
 
 
498 aa  231  2e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.193127 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1020  putative multidrug resistance protein  35.7 
 
 
484 aa  231  2e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0708  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.32 
 
 
483 aa  229  9e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00245457  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1633  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.93 
 
 
499 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1468  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family protein  37.17 
 
 
576 aa  227  3e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1678  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family protein  37.17 
 
 
594 aa  227  3e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0935  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family protein  37.17 
 
 
593 aa  227  3e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1700  putative fusaric acid efflux protein  37.17 
 
 
585 aa  228  3e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.149689  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1854  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family protein  37.17 
 
 
615 aa  228  3e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0413  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family protein  37.17 
 
 
582 aa  227  3e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.783273  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0749  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family protein  37.17 
 
 
582 aa  227  3e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2625  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family protein  36.65 
 
 
601 aa  228  3e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.407091  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1866  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.95 
 
 
552 aa  224  3e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00193594 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3114  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.96 
 
 
475 aa  223  6e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4278  NodT family outer membrane lipoprotein  34 
 
 
483 aa  222  9.999999999999999e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0872817  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4594  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.65 
 
 
529 aa  220  6e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0929292  normal  0.740754 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2410  multidrug resistance outer membrane protein MdtQ  31.76 
 
 
478 aa  219  7.999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2317  multidrug resistance outer membrane protein MdtQ  31.76 
 
 
478 aa  219  7.999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2361  multidrug resistance outer membrane protein MdtQ  31.76 
 
 
478 aa  219  7.999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2406  multidrug resistance outer membrane protein MdtQ  31.76 
 
 
478 aa  219  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.144129  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2518  multidrug resistance outer membrane protein MdtQ  31.76 
 
 
478 aa  219  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.470192  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4583  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.46 
 
 
509 aa  219  1e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.244926  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4460  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.89 
 
 
509 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2273  multidrug resistance outer membrane protein MdtQ  31.79 
 
 
478 aa  216  7e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1263  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.68 
 
 
509 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0905  multidrug resistance outer membrane protein MdtQ  31.91 
 
 
478 aa  216  9.999999999999999e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.601202  normal  0.184806 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3265  multidrug resistance outer membrane protein MdtQ  31.79 
 
 
478 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.028978 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1509  multidrug resistance outer membrane protein MdtQ  31.79 
 
 
478 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2428  multidrug resistance outer membrane protein MdtQ  31.79 
 
 
478 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0833  multidrug resistance outer membrane protein MdtQ  31.58 
 
 
478 aa  215  1.9999999999999998e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0938  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.52 
 
 
499 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1370  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.53 
 
 
515 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02068  predicted outer membrane protein  32.31 
 
 
454 aa  213  9e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1331  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.43 
 
 
543 aa  212  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.33262  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.25 
 
 
488 aa  211  2e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.268118  normal  0.678051 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1217  outer membrane efflux protein  36.11 
 
 
498 aa  210  5e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.538027  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0967  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.78 
 
 
525 aa  210  6e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1427  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.04 
 
 
505 aa  209  7e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1449  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.04 
 
 
505 aa  209  7e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.436796  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0866  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.46 
 
 
509 aa  209  1e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2738  multidrug resistance outer membrane protein MdtQ  31.03 
 
 
501 aa  204  3e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5588  putative outer membrane efflux protein MdtP  31.68 
 
 
488 aa  203  5e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3811  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.62 
 
 
476 aa  201  3e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.521708  normal  0.399123 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.2 
 
 
483 aa  200  6e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.248268 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0863  RND efflux system, drug efflux transporter, outer membrane lipoprotein  33.57 
 
 
477 aa  198  2.0000000000000003e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.353434  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0987  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.57 
 
 
477 aa  198  2.0000000000000003e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00030161 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>