116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1882 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1882  Lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 		 715 aa  1424    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6086  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  58.56 
 
 		 260 aa  222  1.9999999999999999e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2317  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  53.14 
 
 		 672 aa  199  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0328767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1692  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  53.33 
 
 		 664 aa  197  4.0000000000000005e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0638  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  48.33 
 
 		 687 aa  157  5.0000000000000005e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0128  hypothetical protein  39.13 
 
 		 435 aa  77  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.790679  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1540  hypothetical protein  36.42 
 
 		 257 aa  76.6  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3317  hypothetical protein  34.3 
 
 		 254 aa  74.7  0.000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2367  hypothetical protein  34.31 
 
 		 256 aa  65.5  0.000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.334154  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3491  hypothetical protein  40.51 
 
 		 282 aa  60.8  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.599157  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3135  hypothetical protein  40.51 
 
 		 282 aa  60.8  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.308611  normal  0.0523709 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2457  hypothetical protein  37.21 
 
 		 315 aa  59.3  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.148362  normal  0.477373 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5526  hypothetical protein  31.29 
 
 		 148 aa  55.8  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000157095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0945  peptidoglycan-binding domain 1 protein  39.24 
 
 		 260 aa  55.1  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.572838  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0177  lytic transglycosylase, catalytic  44.58 
 
 		 120 aa  53.5  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.683318  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1984  hypothetical protein  29.14 
 
 		 333 aa  53.5  0.00001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00235757  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4178  hypothetical protein  35.79 
 
 		 358 aa  53.1  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0714985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1378  lytic transglycosylase, catalytic  36.7 
 
 		 661 aa  52.8  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.842597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3350  putative lytic transglycosylase  37.5 
 
 		 276 aa  52.4  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124334  normal  0.958591 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1100  soluble lytic murein transglycosylase and related regulatory protein  38.78 
 
 		 174 aa  52  0.00004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2620  lytic transglycosylase, catalytic  38.18 
 
 		 262 aa  51.6  0.00005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0517  lytic transglycosylase, catalytic  39.62 
 
 		 254 aa  51.6  0.00005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0493773  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3009  lytic transglycosylase catalytic  39.13 
 
 		 238 aa  51.6  0.00005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2791  lytic transglycosylase catalytic  35.78 
 
 		 197 aa  51.6  0.00005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.504732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1769  lytic transglycosylase, catalytic  37.5 
 
 		 189 aa  51.2  0.00007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2291  putative transglycosylase protein  37.04 
 
 		 198 aa  50.1  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.128594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4180  lytic transglycosylase, catalytic  33.12 
 
 		 210 aa  50.1  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2744  lytic transglycosylase, catalytic  40.21 
 
 		 228 aa  50.1  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00843  hypothetical protein  25.26 
 
 		 177 aa  50.4  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0815  Lytic transglycosylase catalytic  37.72 
 
 		 235 aa  50.4  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.328303  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1595  lytic transglycosylase, catalytic  40 
 
 		 190 aa  50.1  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0306  lytic transglycosylase, catalytic  36.61 
 
 		 293 aa  49.7  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3082  Lytic transglycosylase catalytic  40.19 
 
 		 257 aa  50.1  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1078  hypothetical protein  33.64 
 
 		 178 aa  49.7  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1400  hypothetical protein  34.68 
 
 		 351 aa  49.3  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1911  soluble lytic murein transglycosylase  40.91 
 
 		 296 aa  48.9  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0241391  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  34.38 
 
 		 206 aa  48.9  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0360  lytic transglycosylase, catalytic  36.36 
 
 		 233 aa  48.9  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0137  lytic transglycosylase, catalytic  35.59 
 
 		 231 aa  49.3  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.158623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0561  lytic transglycosylase, catalytic  40.91 
 
 		 296 aa  48.9  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2328  hypothetical protein  41.89 
 
 		 277 aa  48.9  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0490  hypothetical protein  29.08 
 
 		 229 aa  48.5  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.669344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1197  peptidoglycan binding domain-containing protein  28.57 
 
 		 667 aa  48.5  0.0004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2518  lytic transglycosylase catalytic  34.78 
 
 		 224 aa  48.9  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116955 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2105  Lytic transglycosylase catalytic  36.36 
 
 		 212 aa  48.5  0.0004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0670803  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32550  hypothetical protein  40.51 
 
 		 218 aa  48.9  0.0004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.782691 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1508  lytic transglycosylase, catalytic  33.94 
 
 		 254 aa  48.1  0.0005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.324352 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0045  hypothetical protein  29.35 
 
 		 324 aa  48.5  0.0005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.113185  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1715  lytic transglycosylase, catalytic  34.91 
 
 		 603 aa  47.8  0.0007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1341  lytic transglycosylase, catalytic  38.1 
 
 		 281 aa  47.8  0.0008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0557803  normal  0.620551 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2486  lytic transglycosylase, catalytic  37.76 
 
 		 198 aa  47.8  0.0008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000427479  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3164  lytic transglycosylase, catalytic  39.42 
 
 		 284 aa  47.4  0.0009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.611179  normal  0.205276 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0476  lytic transglycosylase, catalytic  37.76 
 
 		 256 aa  47.4  0.0009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7737  putative soluble lytic murein transglycosylase precursor  37.74 
 
 		 257 aa  47.4  0.0009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.473194 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1484  soluble lytic murein transglycosylase, putative  32.23 
 
 		 747 aa  47  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.180895  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1377  lytic transglycosylase, catalytic  33.05 
 
 		 719 aa  47  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.010256 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1606  Lytic transglycosylase catalytic  36.08 
 
 		 166 aa  47.4  0.001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000533374  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5138  hypothetical protein  34.44 
 
 		 231 aa  47.4  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1820  lytic transglycosylase catalytic  39 
 
 		 251 aa  47.4  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1633  hypothetical protein  30.77 
 
 		 300 aa  47.4  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.631294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0370  Lytic transglycosylase catalytic  38.68 
 
 		 216 aa  47  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.149841 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0192  transglycosylase, putative  38.68 
 
 		 221 aa  47  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0931975  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3422  lytic transglycosylase  28.1 
 
 		 197 aa  46.2  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0977  putative transglycosylase signal peptide protein  38.1 
 
 		 285 aa  46.2  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  0.131274 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0720  hypothetical protein  34.23 
 
 		 593 aa  46.2  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0700  hypothetical protein  34.23 
 
 		 593 aa  46.2  0.002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1183  hypothetical protein  35.53 
 
 		 166 aa  46.6  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1786  membrane-bound lytic murein transglycosylase C  28.22 
 
 		 388 aa  46.6  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0048651  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2890  lytic transglycosylase, catalytic  37.65 
 
 		 158 aa  46.6  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.576703  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1198  hypothetical protein  36.89 
 
 		 242 aa  46.6  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2340  lytic transglycosylase, catalytic  28.05 
 
 		 218 aa  46.6  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1699  hypothetical protein  38.55 
 
 		 243 aa  45.8  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2135  lytic transglycosylase catalytic  44.44 
 
 		 233 aa  46.2  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.525775 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3132  lytic transglycosylase catalytic  31.11 
 
 		 354 aa  46.2  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00437573 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0111  lytic transglycosylase catalytic  32.52 
 
 		 690 aa  46.6  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00506838 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2904  soluble lytic transglycosylase  36.54 
 
 		 197 aa  46.2  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3427  Lytic transglycosylase catalytic  37.5 
 
 		 295 aa  46.2  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381916  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2311  lytic transglycosylase, catalytic  30.93 
 
 		 183 aa  45.4  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3554  lytic transglycosylase, catalytic  37.04 
 
 		 241 aa  45.8  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.930583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3687  lytic transglycosylase, catalytic  34.55 
 
 		 300 aa  45.8  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1627  Lytic transglycosylase catalytic  35.85 
 
 		 207 aa  45.4  0.003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6143  hypothetical protein  32.88 
 
 		 230 aa  45.4  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.742424 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4029  hypothetical protein  32.88 
 
 		 230 aa  45.8  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0358  Lytic transglycosylase catalytic  33.64 
 
 		 247 aa  45.4  0.004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.77747e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0827  lytic transglycosylase, catalytic  35.58 
 
 		 206 aa  45.4  0.004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1200  lytic transglycosylase, catalytic  37.5 
 
 		 279 aa  45.1  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2149  lytic transglycosylase, catalytic  31.45 
 
 		 191 aa  45.4  0.004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.213234  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  35 
 
 		 196 aa  45.4  0.004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1953  lytic transglycosylase, catalytic  37 
 
 		 203 aa  45.1  0.005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000518233  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5084  lytic transglycosylase catalytic  40 
 
 		 290 aa  45.1  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0436378  normal  0.0244706 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0830  Lytic transglycosylase catalytic  34.29 
 
 		 296 aa  45.1  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0921738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0976  Lytic transglycosylase catalytic  34.68 
 
 		 223 aa  44.7  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3185  lytic transglycosylase, catalytic  35.04 
 
 		 268 aa  44.7  0.006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4210  collagen adhesion protein  33.77 
 
 		 2179 aa  44.7  0.006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.950826  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0901  Lytic transglycosylase catalytic  34.29 
 
 		 296 aa  44.7  0.006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.408914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1906  lytic transglycosylase  36.89 
 
 		 750 aa  44.7  0.007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0046  Lytic transglycosylase catalytic  32.81 
 
 		 244 aa  44.7  0.007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.616891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4178  lytic transglycosylase catalytic  28.9 
 
 		 349 aa  44.7  0.007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1973  Lytic transglycosylase catalytic  36.89 
 
 		 750 aa  44.7  0.007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2058  Lytic transglycosylase catalytic  36.89 
 
 		 750 aa  44.7  0.007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.623161  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>