64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_2317 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_1692  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  84.19 
 
 		 664 aa  1126    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2317  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  100 
 
 		 672 aa  1361    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0328767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0638  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  36.76 
 
 		 687 aa  352  1e-95  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6086  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  54.17 
 
 		 260 aa  191  5e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1882  Lytic transglycosylase catalytic  53.67 
 
 		 715 aa  176  1.9999999999999998e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3633  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  36.84 
 
 		 641 aa  163  1e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2175  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  30.98 
 
 		 624 aa  139  1e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1445  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  35.62 
 
 		 644 aa  137  5e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0212  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  30 
 
 		 418 aa  132  3e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.521983 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0690  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  28.27 
 
 		 419 aa  121  3e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0163104 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2630  hypothetical protein  39.55 
 
 		 266 aa  84.7  0.000000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2928  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  24.53 
 
 		 426 aa  75.9  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0128  hypothetical protein  31.4 
 
 		 435 aa  65.5  0.000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.790679  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4374  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  34.29 
 
 		 249 aa  62.8  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0600815  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3051  negative regulator of AmpC, AmpD  33.9 
 
 		 234 aa  62.4  0.00000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.8874  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1042  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  34.82 
 
 		 283 aa  57.4  0.0000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2282  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  24.46 
 
 		 641 aa  57  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.169822 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0249  N-acetyl-anhydromuranmyl-L-alanine amidase  26.76 
 
 		 189 aa  56.6  0.000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.125284  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4910  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  32.37 
 
 		 249 aa  56.2  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.456045  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2906  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  31.97 
 
 		 252 aa  56.2  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2104  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  32.03 
 
 		 254 aa  55.5  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.312946 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2088  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  32.26 
 
 		 224 aa  55.1  0.000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.841917  normal  0.680564 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2867  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  29.27 
 
 		 253 aa  54.3  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.973804 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3680  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  33.9 
 
 		 243 aa  53.9  0.000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.86041  normal  0.729669 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0070  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  33.91 
 
 		 241 aa  53.9  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1270  negative regulator of AmpC, AmpD  34.82 
 
 		 289 aa  52.8  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2607  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  29.27 
 
 		 253 aa  52.8  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.559154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1458  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  26.26 
 
 		 275 aa  52.4  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3403  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  31.37 
 
 		 288 aa  51.6  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0566227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6183  1 N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  38.37 
 
 		 283 aa  51.6  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.301475  normal  0.754247 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2007  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  31.54 
 
 		 251 aa  51.2  0.00005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0212673 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2350  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  33.9 
 
 		 304 aa  51.2  0.00005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.568206 
 
 
-
 
NC_002978  WD1073  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  27.19 
 
 		 497 aa  51.6  0.00005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  unclonable  0.00874601  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2410  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  31.2 
 
 		 247 aa  51.2  0.00006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2185  negative regulator of AmpC, AmpD  34.52 
 
 		 289 aa  50.8  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.415587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1984  hypothetical protein  28.65 
 
 		 333 aa  50.8  0.00008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00235757  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2018  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  30.08 
 
 		 251 aa  50.8  0.00008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169128  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3546  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  30.71 
 
 		 255 aa  50.8  0.00009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.457198 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1896  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  30.34 
 
 		 265 aa  50.4  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.126557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3491  hypothetical protein  36.59 
 
 		 282 aa  50.4  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.599157  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3135  hypothetical protein  36.59 
 
 		 282 aa  50.4  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.308611  normal  0.0523709 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0285  hypothetical protein  40 
 
 		 292 aa  49.7  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.888906 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1916  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  26.89 
 
 		 219 aa  49.7  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0663  N-acetyl-anhydromuranmyl-L-alanine amidase  25.17 
 
 		 188 aa  49.3  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4057  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  33.33 
 
 		 288 aa  48.9  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.100978  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4242  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  23.76 
 
 		 276 aa  48.5  0.0004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.26707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1985  negative regulator of AmpC, AmpD  33.33 
 
 		 288 aa  48.1  0.0005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.116261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1735  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  30.91 
 
 		 229 aa  47.8  0.0007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.727181  normal  0.0896689 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0941  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  34.82 
 
 		 250 aa  47.8  0.0007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0224398  normal  0.101209 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2224  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  27.11 
 
 		 219 aa  47.8  0.0007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.719824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0115  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  26.19 
 
 		 252 aa  47  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0625458 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3386  N-acetyl-anhydromuranmyl-L-alanine amidase  25.98 
 
 		 193 aa  46.6  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0904  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  35.14 
 
 		 250 aa  46.6  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146365  normal  0.280229 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0776  N-acetyl-anhydromuranmyl-L-alanine amidase  25.68 
 
 		 183 aa  46.2  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.552898  normal  0.38837 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0945  peptidoglycan-binding domain 1 protein  32.53 
 
 		 260 aa  45.8  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.572838  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1152  N-acetyl-anhydromuranmyl-L-alanine amidase  26.89 
 
 		 195 aa  45.4  0.003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1732  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  30.08 
 
 		 268 aa  45.1  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12120  N-acetyl-anhydromuranmyl-L-alanine amidase  28.74 
 
 		 187 aa  44.7  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4944  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  22.77 
 
 		 301 aa  44.3  0.007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.038406  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0960  AmpD (negative regulator of AmpC)  28.35 
 
 		 241 aa  44.3  0.008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0865958  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0787  N-acetyl-anhydromuranmyl-L-alanine amidase  24.81 
 
 		 186 aa  44.3  0.008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.149911 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0879  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  34.23 
 
 		 250 aa  44.3  0.008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2781  hypothetical protein  35.62 
 
 		 246 aa  43.9  0.009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.302507  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4405  N-acetyl-anhydromuranmyl-L-alanine amidase  25.34 
 
 		 190 aa  43.9  0.009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.129612  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>