72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msed_2251 on replicon NC_009440
Organism: Metallosphaera sedula DSM 5348



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009440  Msed_2251  like-Sm ribonucleoprotein, core  100 
 
 		 75 aa  149  2e-35  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.133876 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1814  Like-Sm ribonucleoprotein core  87.84 
 
 		 76 aa  134  3.0000000000000003e-31  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0221  like-Sm ribonucleoprotein core  58.57 
 
 		 78 aa  89.4  2e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0421  like-Sm ribonucleoprotein, core  56.94 
 
 		 73 aa  81.3  0.000000000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2141  LSM family small nuclear ribonucleoprotein  56.92 
 
 		 80 aa  77.8  0.00000000000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0038  like-Sm ribonucleoprotein core  56.92 
 
 		 80 aa  77.8  0.00000000000005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00385043 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1081  like-Sm ribonucleoprotein, core  56.92 
 
 		 80 aa  77.4  0.00000000000006  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.555399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0041  like-Sm ribonucleoprotein, core  56.92 
 
 		 80 aa  77  0.00000000000007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.444041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1529  like-Sm ribonucleoprotein core  55.38 
 
 		 79 aa  74.7  0.0000000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0232  small nuclear ribonucleoprotein  48.61 
 
 		 71 aa  73.6  0.0000000000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.317695  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0396  Like-Sm ribonucleoprotein core  57.63 
 
 		 75 aa  73.6  0.000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0297604 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0230  like-Sm ribonucleoprotein, core  55.36 
 
 		 75 aa  70.9  0.000000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.299461  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3500  small nuclear ribonucleoprotein  47.22 
 
 		 72 aa  70.9  0.000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0690135  normal  0.488094 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2181  small nuclear ribonucleoprotein  47.95 
 
 		 72 aa  70.1  0.000000000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1391  Like-Sm ribonucleoprotein core  59.09 
 
 		 75 aa  69.7  0.00000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.219632  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3059  like-Sm ribonucleoprotein, core  57.14 
 
 		 80 aa  68.6  0.00000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0093  like-Sm ribonucleoprotein, core  57.14 
 
 		 76 aa  67.8  0.00000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0149  hypothetical protein  53.57 
 
 		 75 aa  63.5  0.0000000009  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  decreased coverage  0.00289239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63621  predicted protein  50.77 
 
 		 88 aa  62.4  0.000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.733527  normal  0.260452 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0349  like-Sm ribonucleoprotein core  39.44 
 
 		 80 aa  58.9  0.00000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0290  like-Sm ribonucleoprotein core  49.21 
 
 		 71 aa  57.4  0.00000006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006681  CNL03890  U6 snRNA binding protein, putative  44.62 
 
 		 131 aa  57.4  0.00000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.556967  n/a   
 
 
-
 
NC_011696  PHATRDRAFT_42364  predicted protein  37.18 
 
 		 89 aa  56.6  0.0000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0179041  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00767  small nuclear ribonucleoprotein (LSM7), putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14290)  51.67 
 
 		 136 aa  56.2  0.0000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10007  U6 small nuclear ribonucleoprotein (Lsm3), putative (AFU_orthologue; AFUA_5G12570)  41.1 
 
 		 96 aa  55.5  0.0000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006670  CNA07590  Sm-like protein, putative  37.66 
 
 		 95 aa  54.3  0.0000005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2924  Like-Sm ribonucleoprotein core  47.76 
 
 		 74 aa  53.9  0.0000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2102  LSM family small nuclear ribonucleoprotein  42.65 
 
 		 86 aa  53.9  0.0000007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3597  small nuclear riboprotein-like protein  40.28 
 
 		 74 aa  53.1  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0124482 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1974  like-Sm ribonucleoprotein core  43.48 
 
 		 86 aa  53.5  0.000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.470211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43771  predicted protein  37.68 
 
 		 97 aa  52.8  0.000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0674  Like-Sm ribonucleoprotein core  44.29 
 
 		 61 aa  52.8  0.000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.973126  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2332  like-Sm ribonucleoprotein, core  39.13 
 
 		 86 aa  52.4  0.000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  hitchhiker  0.00160681  hitchhiker  0.000613176 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_8840  predicted protein  41.67 
 
 		 93 aa  52.8  0.000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.741263  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0470  like-Sm ribonucleoprotein core  43.84 
 
 		 72 aa  51.6  0.000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.31317  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01495  small nuclear ribonucleoprotein SmG, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G04960)  38.98 
 
 		 78 aa  51.2  0.000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0177  small ribonucleoprotein  39.68 
 
 		 65 aa  50.4  0.000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0692  like-Sm ribonucleoprotein, core  37.68 
 
 		 86 aa  50.4  0.000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.22559 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0398  like-Sm ribonucleoprotein core  42.47 
 
 		 72 aa  50.4  0.000009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1521  like-Sm ribonucleoprotein core  42.47 
 
 		 72 aa  50.4  0.000009  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0711074  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0437  like-Sm ribonucleoprotein, core  42.47 
 
 		 72 aa  50.4  0.000009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1066  Like-Sm ribonucleoprotein core  40.26 
 
 		 287 aa  49.7  0.00001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2097  Like-Sm ribonucleoprotein core  43.08 
 
 		 60 aa  49.7  0.00001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.765143 
 
 
-
 
NC_006686  CND03220  mRNA processing-related protein, putative  39.68 
 
 		 87 aa  48.9  0.00002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_46368  predicted protein  41.79 
 
 		 78 aa  48.5  0.00003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.674682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0138  like-Sm ribonucleoprotein, core  35.48 
 
 		 74 aa  47.4  0.00006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05679  small nuclear ribonucleoprotein (LSM5), putative (AFU_orthologue; AFUA_7G04280)  31.82 
 
 		 129 aa  47  0.00009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1564  like-Sm ribonucleoprotein, core  33.87 
 
 		 78 aa  47  0.0001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0653  Like-Sm ribonucleoprotein core  34.33 
 
 		 72 aa  47  0.0001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34727  predicted protein  43.75 
 
 		 79 aa  46.2  0.0001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.681508 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1181  Like-Sm ribonucleoprotein core  40.85 
 
 		 87 aa  45.8  0.0002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  decreased coverage  0.00764274  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0086  like-Sm ribonucleoprotein core  33.87 
 
 		 81 aa  46.2  0.0002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.514735 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_42488  predicted protein  37.33 
 
 		 100 aa  45.4  0.0002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.357284  normal  0.0185281 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_33304  predicted protein  35.29 
 
 		 122 aa  45.1  0.0003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00620413  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10966  small nuclear ribonucleoprotein SmF, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G15500)  34.33 
 
 		 88 aa  45.1  0.0003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.0013173  normal  0.021031 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_32713  predicted protein  29.17 
 
 		 93 aa  45.4  0.0003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.469951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1205  like-Sm ribonucleoprotein, core  34.92 
 
 		 79 aa  45.1  0.0004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0302379 
 
 
-
 
NC_006684  CNB03050  pre-mRNA splicing factor, putative  34.67 
 
 		 111 aa  44.3  0.0005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.03026  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0736  like-Sm ribonucleoprotein, core  39.06 
 
 		 100 aa  43.9  0.0007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0227658  n/a   
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_27053  predicted protein  35.09 
 
 		 72 aa  43.9  0.0007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0249018  hitchhiker  0.000208851 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_46810  predicted protein  36.51 
 
 		 109 aa  43.9  0.0008  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.200547 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_10719  U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G06325)  37.5 
 
 		 80 aa  43.1  0.001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.0000000000682628 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ03360  hypothetical protein  34.48 
 
 		 71 aa  43.1  0.001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.389414  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_47366  predicted protein  39.13 
 
 		 90 aa  43.1  0.001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_20167  predicted protein  36.51 
 
 		 87 aa  43.1  0.001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.291347  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1613  like-Sm ribonucleoprotein, core  30.65 
 
 		 78 aa  43.5  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.18064 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0325  hypothetical protein  41.3 
 
 		 77 aa  42.7  0.002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0230  like-Sm ribonucleoprotein, core  39.19 
 
 		 87 aa  42  0.003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00778138 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10752  predicted protein  34.92 
 
 		 86 aa  41.6  0.004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0866  like-Sm ribonucleoprotein core  35.82 
 
 		 86 aa  41.6  0.004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10583  predicted protein  30.14 
 
 		 94 aa  40.8  0.006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.329173  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI02920  small nuclear ribonucleoprotein E, putative  31.34 
 
 		 92 aa  40.4  0.007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0578232  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>