60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Memar_0230 on replicon NC_009051
Organism: Methanoculleus marisnigri JR1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009051  Memar_0230  like-Sm ribonucleoprotein, core  100 
 
 
75 aa  150  8e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.299461  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0149  hypothetical protein  85.33 
 
 
75 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  decreased coverage  0.00289239  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0396  Like-Sm ribonucleoprotein core  83.56 
 
 
75 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.0297604 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3059  like-Sm ribonucleoprotein, core  82.19 
 
 
80 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0093  like-Sm ribonucleoprotein, core  82.67 
 
 
76 aa  126  1.0000000000000001e-28  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0232  small nuclear ribonucleoprotein  62.5 
 
 
71 aa  94  6e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.317695  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2181  small nuclear ribonucleoprotein  61.64 
 
 
72 aa  90.1  9e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3500  small nuclear ribonucleoprotein  57.53 
 
 
72 aa  87.8  5e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0690135  normal  0.488094 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1391  Like-Sm ribonucleoprotein core  50 
 
 
75 aa  73.6  0.0000000000008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.219632  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1814  Like-Sm ribonucleoprotein core  49.32 
 
 
76 aa  73.6  0.0000000000008  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2251  like-Sm ribonucleoprotein, core  55.36 
 
 
75 aa  70.9  0.000000000005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.133876 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0421  like-Sm ribonucleoprotein, core  49.32 
 
 
73 aa  70.9  0.000000000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0221  like-Sm ribonucleoprotein core  53.03 
 
 
78 aa  68.6  0.00000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2141  LSM family small nuclear ribonucleoprotein  50.88 
 
 
80 aa  67.8  0.00000000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0038  like-Sm ribonucleoprotein core  50.88 
 
 
80 aa  67  0.00000000007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  decreased coverage  0.00385043 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1081  like-Sm ribonucleoprotein, core  49.12 
 
 
80 aa  67  0.00000000009  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.555399  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0041  like-Sm ribonucleoprotein, core  47.37 
 
 
80 aa  64.7  0.0000000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.444041  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1066  Like-Sm ribonucleoprotein core  43.53 
 
 
287 aa  60.8  0.000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63621  predicted protein  43.24 
 
 
88 aa  59.7  0.00000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.733527  normal  0.260452 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2332  like-Sm ribonucleoprotein, core  41.67 
 
 
86 aa  58.9  0.00000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  hitchhiker  0.00160681  hitchhiker  0.000613176 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2924  Like-Sm ribonucleoprotein core  49.33 
 
 
74 aa  59.3  0.00000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0470  like-Sm ribonucleoprotein core  42.86 
 
 
72 aa  58.5  0.00000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.31317  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1974  like-Sm ribonucleoprotein core  43.06 
 
 
86 aa  58.2  0.00000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.470211  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1521  like-Sm ribonucleoprotein core  42.86 
 
 
72 aa  57.8  0.00000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0711074  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0398  like-Sm ribonucleoprotein core  42.86 
 
 
72 aa  57.8  0.00000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0437  like-Sm ribonucleoprotein, core  42.86 
 
 
72 aa  57.8  0.00000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2102  LSM family small nuclear ribonucleoprotein  41.67 
 
 
86 aa  57.4  0.00000006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1529  like-Sm ribonucleoprotein core  43.1 
 
 
79 aa  56.2  0.0000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0692  like-Sm ribonucleoprotein, core  39.44 
 
 
86 aa  55.8  0.0000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.22559 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0290  like-Sm ribonucleoprotein core  39.71 
 
 
71 aa  55.8  0.0000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2097  Like-Sm ribonucleoprotein core  43.06 
 
 
60 aa  53.9  0.0000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.765143 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0653  Like-Sm ribonucleoprotein core  42.19 
 
 
72 aa  53.1  0.000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006679  CNJ03360  hypothetical protein  45.1 
 
 
71 aa  51.6  0.000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.389414  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2046  Like-Sm ribonucleoprotein core  39.24 
 
 
80 aa  50.4  0.000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0600722  normal  0.0639389 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0674  Like-Sm ribonucleoprotein core  40 
 
 
61 aa  50.1  0.00001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.973126  n/a   
 
 
-
 
NC_011696  PHATRDRAFT_42364  predicted protein  34.15 
 
 
89 aa  50.1  0.00001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0179041  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_8518  predicted protein  44.44 
 
 
66 aa  50.1  0.00001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.678912  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_8840  predicted protein  48.28 
 
 
93 aa  49.7  0.00001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.741263  n/a   
 
 
-
 
NC_006681  CNL03890  U6 snRNA binding protein, putative  38.33 
 
 
131 aa  49.3  0.00002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.556967  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00767  small nuclear ribonucleoprotein (LSM7), putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14290)  37.18 
 
 
136 aa  49.3  0.00002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01495  small nuclear ribonucleoprotein SmG, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G04960)  42.59 
 
 
78 aa  49.3  0.00002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34727  predicted protein  38.16 
 
 
79 aa  49.3  0.00002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.681508 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0349  like-Sm ribonucleoprotein core  33.33 
 
 
80 aa  48.5  0.00003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA07590  Sm-like protein, putative  37.35 
 
 
95 aa  48.1  0.00004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_20167  predicted protein  38.57 
 
 
87 aa  47.4  0.00007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.291347  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0736  like-Sm ribonucleoprotein, core  41.07 
 
 
100 aa  46.2  0.0001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0227658  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10007  U6 small nuclear ribonucleoprotein (Lsm3), putative (AFU_orthologue; AFUA_5G12570)  36.14 
 
 
96 aa  46.2  0.0002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0866  like-Sm ribonucleoprotein core  34.25 
 
 
86 aa  45.1  0.0003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0086  like-Sm ribonucleoprotein core  37.68 
 
 
81 aa  44.7  0.0005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.514735 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_10719  U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G06325)  34.29 
 
 
80 aa  44.3  0.0006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.0000000000682628 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_42488  predicted protein  39.68 
 
 
100 aa  44.3  0.0006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.357284  normal  0.0185281 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_47366  predicted protein  34.72 
 
 
90 aa  43.1  0.001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05679  small nuclear ribonucleoprotein (LSM5), putative (AFU_orthologue; AFUA_7G04280)  33.33 
 
 
129 aa  43.1  0.001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43771  predicted protein  30.49 
 
 
97 aa  42.7  0.002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_27053  predicted protein  32.26 
 
 
72 aa  41.6  0.003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0249018  hitchhiker  0.000208851 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1181  Like-Sm ribonucleoprotein core  36.49 
 
 
87 aa  42  0.003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  decreased coverage  0.00764274  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND03220  mRNA processing-related protein, putative  38.03 
 
 
87 aa  40.8  0.006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_20588  predicted protein  36.73 
 
 
87 aa  40.8  0.007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.961827  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_46368  predicted protein  34.67 
 
 
78 aa  40.4  0.009  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.674682  normal 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_46810  predicted protein  33.33 
 
 
109 aa  40  0.01  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.200547 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>