48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_2102 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009073  Pcal_2102  LSM family small nuclear ribonucleoprotein  100 
 
 		 86 aa  171  2.9999999999999996e-42  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2332  like-Sm ribonucleoprotein, core  85.88 
 
 		 86 aa  152  1e-36  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  hitchhiker  0.00160681  hitchhiker  0.000613176 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0692  like-Sm ribonucleoprotein, core  84.71 
 
 		 86 aa  152  1e-36  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.22559 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1974  like-Sm ribonucleoprotein core  83.53 
 
 		 86 aa  151  2.9999999999999998e-36  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.470211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0866  like-Sm ribonucleoprotein core  50 
 
 		 86 aa  77.4  0.00000000000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3500  small nuclear ribonucleoprotein  48.53 
 
 		 72 aa  67.8  0.00000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0690135  normal  0.488094 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2181  small nuclear ribonucleoprotein  50 
 
 		 72 aa  66.6  0.0000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1181  Like-Sm ribonucleoprotein core  40 
 
 		 87 aa  62.4  0.000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  decreased coverage  0.00764274  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0086  like-Sm ribonucleoprotein core  38.67 
 
 		 81 aa  60.1  0.00000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.514735 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0230  like-Sm ribonucleoprotein, core  37.33 
 
 		 87 aa  59.3  0.00000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00778138 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0149  hypothetical protein  44.93 
 
 		 75 aa  58.9  0.00000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  decreased coverage  0.00289239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0093  like-Sm ribonucleoprotein, core  44.93 
 
 		 76 aa  57.8  0.00000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0230  like-Sm ribonucleoprotein, core  41.67 
 
 		 75 aa  57.4  0.00000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.299461  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1814  Like-Sm ribonucleoprotein core  43.66 
 
 		 76 aa  57.4  0.00000007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00767  small nuclear ribonucleoprotein (LSM7), putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14290)  45.21 
 
 		 136 aa  57.4  0.00000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3059  like-Sm ribonucleoprotein, core  43.48 
 
 		 80 aa  55.5  0.0000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006681  CNL03890  U6 snRNA binding protein, putative  37.14 
 
 		 131 aa  54.7  0.0000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.556967  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0736  like-Sm ribonucleoprotein, core  40.58 
 
 		 100 aa  53.9  0.0000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0227658  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0232  small nuclear ribonucleoprotein  39.71 
 
 		 71 aa  54.3  0.0000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.317695  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2251  like-Sm ribonucleoprotein, core  42.65 
 
 		 75 aa  53.9  0.0000007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.133876 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0421  like-Sm ribonucleoprotein, core  44.78 
 
 		 73 aa  53.5  0.0000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0396  Like-Sm ribonucleoprotein core  43.48 
 
 		 75 aa  53.5  0.0000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0297604 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1391  Like-Sm ribonucleoprotein core  41.18 
 
 		 75 aa  52.8  0.000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.219632  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0221  like-Sm ribonucleoprotein core  40.3 
 
 		 78 aa  52  0.000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01495  small nuclear ribonucleoprotein SmG, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G04960)  40.54 
 
 		 78 aa  51.2  0.000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0653  Like-Sm ribonucleoprotein core  35.71 
 
 		 72 aa  48.1  0.00004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1529  like-Sm ribonucleoprotein core  36.36 
 
 		 79 aa  48.1  0.00004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_42488  predicted protein  37.84 
 
 		 100 aa  47.8  0.00005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.357284  normal  0.0185281 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2141  LSM family small nuclear ribonucleoprotein  36.36 
 
 		 80 aa  47.8  0.00006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006683  CNN01500  u6 snRNA-associated sm-like protein lsm6, putative  36.99 
 
 		 88 aa  47.4  0.00006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.919907  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0437  like-Sm ribonucleoprotein, core  43.48 
 
 		 72 aa  47  0.00009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0290  like-Sm ribonucleoprotein core  41.18 
 
 		 71 aa  47  0.00009  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0398  like-Sm ribonucleoprotein core  43.48 
 
 		 72 aa  47  0.00009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1521  like-Sm ribonucleoprotein core  43.48 
 
 		 72 aa  47  0.00009  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0711074  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0470  like-Sm ribonucleoprotein core  43.48 
 
 		 72 aa  46.6  0.0001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.31317  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0038  like-Sm ribonucleoprotein core  34.85 
 
 		 80 aa  46.6  0.0001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00385043 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0041  like-Sm ribonucleoprotein, core  34.85 
 
 		 80 aa  45.4  0.0002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.444041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1081  like-Sm ribonucleoprotein, core  33.33 
 
 		 80 aa  45.8  0.0002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.555399  normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_8840  predicted protein  37.84 
 
 		 93 aa  45.4  0.0003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.741263  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54497  predicted protein  31.34 
 
 		 147 aa  43.9  0.0007  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.142266  normal  0.642668 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_10719  U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G06325)  31.88 
 
 		 80 aa  43.9  0.0008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.0000000000682628 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_27053  predicted protein  39.68 
 
 		 72 aa  42  0.003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0249018  hitchhiker  0.000208851 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_46368  predicted protein  32.39 
 
 		 78 aa  41.6  0.004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.674682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63621  predicted protein  35.29 
 
 		 88 aa  41.6  0.004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.733527  normal  0.260452 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_47366  predicted protein  32 
 
 		 90 aa  41.2  0.005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_15709  predicted protein  30.56 
 
 		 100 aa  40.8  0.006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.365108  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_46810  predicted protein  41.18 
 
 		 109 aa  40.4  0.009  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.200547 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34727  predicted protein  31.94 
 
 		 79 aa  40.4  0.009  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.681508 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>