58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_2141 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009073  Pcal_2141  LSM family small nuclear ribonucleoprotein  100 
 
 		 80 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1081  like-Sm ribonucleoprotein, core  92.5 
 
 		 80 aa  156  9e-38  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.555399  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0038  like-Sm ribonucleoprotein core  94.94 
 
 		 80 aa  156  9e-38  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00385043 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0041  like-Sm ribonucleoprotein, core  91.14 
 
 		 80 aa  152  1e-36  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.444041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1529  like-Sm ribonucleoprotein core  53.95 
 
 		 79 aa  84.7  3e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2251  like-Sm ribonucleoprotein, core  56.92 
 
 		 75 aa  77.8  0.00000000000005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.133876 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1814  Like-Sm ribonucleoprotein core  53.85 
 
 		 76 aa  73.2  0.000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0396  Like-Sm ribonucleoprotein core  51.72 
 
 		 75 aa  70.5  0.000000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0297604 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0421  like-Sm ribonucleoprotein, core  50.77 
 
 		 73 aa  70.1  0.00000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0093  like-Sm ribonucleoprotein, core  52.63 
 
 		 76 aa  67.8  0.00000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0230  like-Sm ribonucleoprotein, core  50.88 
 
 		 75 aa  67.8  0.00000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.299461  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2181  small nuclear ribonucleoprotein  43.75 
 
 		 72 aa  67.8  0.00000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3059  like-Sm ribonucleoprotein, core  47.37 
 
 		 80 aa  66.6  0.0000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0221  like-Sm ribonucleoprotein core  54.69 
 
 		 78 aa  65.9  0.0000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0232  small nuclear ribonucleoprotein  44.44 
 
 		 71 aa  65.5  0.0000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.317695  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3500  small nuclear ribonucleoprotein  45.31 
 
 		 72 aa  63.2  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0690135  normal  0.488094 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1391  Like-Sm ribonucleoprotein core  44.62 
 
 		 75 aa  62.8  0.000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.219632  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0149  hypothetical protein  45.61 
 
 		 75 aa  60.5  0.000000009  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  decreased coverage  0.00289239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0736  like-Sm ribonucleoprotein, core  45.31 
 
 		 100 aa  55.5  0.0000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0227658  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0290  like-Sm ribonucleoprotein core  49.21 
 
 		 71 aa  55.8  0.0000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0086  like-Sm ribonucleoprotein core  42.19 
 
 		 81 aa  54.7  0.0000005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.514735 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63621  predicted protein  42.86 
 
 		 88 aa  52.8  0.000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.733527  normal  0.260452 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0349  like-Sm ribonucleoprotein core  38.71 
 
 		 80 aa  50.8  0.000006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1181  Like-Sm ribonucleoprotein core  43.94 
 
 		 87 aa  50.1  0.00001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  decreased coverage  0.00764274  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39384  predicted protein  41.43 
 
 		 126 aa  49.3  0.00002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.447648  normal  0.30848 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2924  Like-Sm ribonucleoprotein core  37.88 
 
 		 74 aa  48.9  0.00003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00767  small nuclear ribonucleoprotein (LSM7), putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14290)  44.44 
 
 		 136 aa  47.4  0.00006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011696  PHATRDRAFT_42364  predicted protein  36.49 
 
 		 89 aa  47.4  0.00006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0179041  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2102  LSM family small nuclear ribonucleoprotein  36.36 
 
 		 86 aa  47.8  0.00006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006681  CNL03890  U6 snRNA binding protein, putative  40.32 
 
 		 131 aa  47.4  0.00007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.556967  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2332  like-Sm ribonucleoprotein, core  37.5 
 
 		 86 aa  45.4  0.0002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  hitchhiker  0.00160681  hitchhiker  0.000613176 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0230  like-Sm ribonucleoprotein, core  39.39 
 
 		 87 aa  46.2  0.0002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00778138 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1974  like-Sm ribonucleoprotein core  35.94 
 
 		 86 aa  45.4  0.0002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.470211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0177  small ribonucleoprotein  40.32 
 
 		 65 aa  45.4  0.0002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0138  like-Sm ribonucleoprotein, core  34.85 
 
 		 74 aa  45.4  0.0003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0692  like-Sm ribonucleoprotein, core  34.38 
 
 		 86 aa  45.1  0.0003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.22559 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43771  predicted protein  35.14 
 
 		 97 aa  44.7  0.0004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_20167  predicted protein  39.68 
 
 		 87 aa  44.7  0.0005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.291347  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0866  like-Sm ribonucleoprotein core  36.07 
 
 		 86 aa  44.3  0.0005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10966  small nuclear ribonucleoprotein SmF, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G15500)  36.51 
 
 		 88 aa  43.9  0.0006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.0013173  normal  0.021031 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_68190  predicted protein  34.07 
 
 		 166 aa  43.9  0.0007  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.502273  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10007  U6 small nuclear ribonucleoprotein (Lsm3), putative (AFU_orthologue; AFUA_5G12570)  38.36 
 
 		 96 aa  43.1  0.001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0470  like-Sm ribonucleoprotein core  40.62 
 
 		 72 aa  43.5  0.001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.31317  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3597  small nuclear riboprotein-like protein  34.33 
 
 		 74 aa  43.1  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0124482 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_33304  predicted protein  32.97 
 
 		 122 aa  43.1  0.001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00620413  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_8518  predicted protein  37.93 
 
 		 66 aa  43.1  0.001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.678912  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0437  like-Sm ribonucleoprotein, core  40.62 
 
 		 72 aa  42.7  0.002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0398  like-Sm ribonucleoprotein core  40.62 
 
 		 72 aa  42.7  0.002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34727  predicted protein  38.6 
 
 		 79 aa  42.7  0.002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.681508 
 
 
-
 
NC_006686  CND03220  mRNA processing-related protein, putative  41.94 
 
 		 87 aa  42.7  0.002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1521  like-Sm ribonucleoprotein core  40.62 
 
 		 72 aa  42.7  0.002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0711074  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_8840  predicted protein  43.75 
 
 		 93 aa  41.6  0.004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.741263  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1066  Like-Sm ribonucleoprotein core  31.58 
 
 		 287 aa  41.2  0.004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_46368  predicted protein  40.91 
 
 		 78 aa  41.6  0.004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.674682  normal  1 
 
 
-
 
NC_006681  CNL06350  RNA cap binding protein, putative  34.21 
 
 		 135 aa  40.8  0.006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA07590  Sm-like protein, putative  31.08 
 
 		 95 aa  40.8  0.006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2097  Like-Sm ribonucleoprotein core  33.33 
 
 		 60 aa  40.8  0.006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.765143 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1564  like-Sm ribonucleoprotein, core  42.31 
 
 		 78 aa  40.4  0.007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>