64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_0396 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011832  Mpal_0396  Like-Sm ribonucleoprotein core  100 
 
 		 75 aa  150  8e-36  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0297604 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0230  like-Sm ribonucleoprotein, core  83.56 
 
 		 75 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.299461  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0093  like-Sm ribonucleoprotein, core  83.56 
 
 		 76 aa  122  2e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3059  like-Sm ribonucleoprotein, core  78.08 
 
 		 80 aa  122  2e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0149  hypothetical protein  80.82 
 
 		 75 aa  119  9.999999999999999e-27  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  decreased coverage  0.00289239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0232  small nuclear ribonucleoprotein  63.89 
 
 		 71 aa  96.7  9e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.317695  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2181  small nuclear ribonucleoprotein  67.12 
 
 		 72 aa  95.1  3e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3500  small nuclear ribonucleoprotein  60.27 
 
 		 72 aa  91.3  4e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0690135  normal  0.488094 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1391  Like-Sm ribonucleoprotein core  54.29 
 
 		 75 aa  77.8  0.00000000000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.219632  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1814  Like-Sm ribonucleoprotein core  50.68 
 
 		 76 aa  74.3  0.0000000000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2251  like-Sm ribonucleoprotein, core  57.63 
 
 		 75 aa  73.6  0.000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.133876 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0421  like-Sm ribonucleoprotein, core  58.93 
 
 		 73 aa  72.8  0.000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2141  LSM family small nuclear ribonucleoprotein  51.72 
 
 		 80 aa  70.5  0.000000000007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0038  like-Sm ribonucleoprotein core  51.72 
 
 		 80 aa  69.7  0.00000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00385043 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1081  like-Sm ribonucleoprotein, core  50 
 
 		 80 aa  69.7  0.00000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.555399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0041  like-Sm ribonucleoprotein, core  51.72 
 
 		 80 aa  68.6  0.00000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.444041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0221  like-Sm ribonucleoprotein core  46.97 
 
 		 78 aa  66.2  0.0000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63621  predicted protein  46.05 
 
 		 88 aa  62  0.000000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.733527  normal  0.260452 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1066  Like-Sm ribonucleoprotein core  43.53 
 
 		 287 aa  58.5  0.00000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1529  like-Sm ribonucleoprotein core  45.76 
 
 		 79 aa  57.8  0.00000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011696  PHATRDRAFT_42364  predicted protein  39.29 
 
 		 89 aa  57.8  0.00000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0179041  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2097  Like-Sm ribonucleoprotein core  45.83 
 
 		 60 aa  55.5  0.0000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.765143 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2332  like-Sm ribonucleoprotein, core  43.48 
 
 		 86 aa  55.5  0.0000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  hitchhiker  0.00160681  hitchhiker  0.000613176 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0653  Like-Sm ribonucleoprotein core  42.86 
 
 		 72 aa  55.5  0.0000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0437  like-Sm ribonucleoprotein, core  41.43 
 
 		 72 aa  55.1  0.0000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1521  like-Sm ribonucleoprotein core  41.43 
 
 		 72 aa  55.1  0.0000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0711074  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0398  like-Sm ribonucleoprotein core  41.43 
 
 		 72 aa  55.1  0.0000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2924  Like-Sm ribonucleoprotein core  48 
 
 		 74 aa  54.7  0.0000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0470  like-Sm ribonucleoprotein core  42.86 
 
 		 72 aa  54.7  0.0000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.31317  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0349  like-Sm ribonucleoprotein core  38.89 
 
 		 80 aa  53.9  0.0000007  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006670  CNA07590  Sm-like protein, putative  40 
 
 		 95 aa  53.9  0.0000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2102  LSM family small nuclear ribonucleoprotein  43.48 
 
 		 86 aa  53.5  0.0000009  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1974  like-Sm ribonucleoprotein core  42.03 
 
 		 86 aa  53.5  0.0000009  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.470211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0692  like-Sm ribonucleoprotein, core  40.58 
 
 		 86 aa  53.1  0.000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.22559 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0290  like-Sm ribonucleoprotein core  40 
 
 		 71 aa  53.1  0.000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10007  U6 small nuclear ribonucleoprotein (Lsm3), putative (AFU_orthologue; AFUA_5G12570)  42.17 
 
 		 96 aa  53.1  0.000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43771  predicted protein  36.9 
 
 		 97 aa  51.2  0.000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0674  Like-Sm ribonucleoprotein core  42.86 
 
 		 61 aa  50.8  0.000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.973126  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0086  like-Sm ribonucleoprotein core  42.03 
 
 		 81 aa  50.4  0.000008  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.514735 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01495  small nuclear ribonucleoprotein SmG, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G04960)  45.45 
 
 		 78 aa  50.1  0.00001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006681  CNL03890  U6 snRNA binding protein, putative  44.64 
 
 		 131 aa  48.5  0.00003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.556967  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2046  Like-Sm ribonucleoprotein core  40.51 
 
 		 80 aa  48.9  0.00003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0600722  normal  0.0639389 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_10719  U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G06325)  36.11 
 
 		 80 aa  47.8  0.00005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.0000000000682628 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34727  predicted protein  40.32 
 
 		 79 aa  47.4  0.00006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.681508 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_8518  predicted protein  40 
 
 		 66 aa  47  0.00008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.678912  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0866  like-Sm ribonucleoprotein core  39.44 
 
 		 86 aa  47  0.0001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0736  like-Sm ribonucleoprotein, core  40 
 
 		 100 aa  45.4  0.0002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0227658  n/a   
 
 
-
 
NC_006679  CNJ03360  hypothetical protein  41.18 
 
 		 71 aa  45.8  0.0002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.389414  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_20167  predicted protein  40 
 
 		 87 aa  44.7  0.0004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.291347  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05679  small nuclear ribonucleoprotein (LSM5), putative (AFU_orthologue; AFUA_7G04280)  30.99 
 
 		 129 aa  45.1  0.0004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_32713  predicted protein  30.67 
 
 		 93 aa  44.7  0.0004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.469951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_8840  predicted protein  40 
 
 		 93 aa  44.3  0.0006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.741263  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00767  small nuclear ribonucleoprotein (LSM7), putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14290)  39.34 
 
 		 136 aa  44.3  0.0006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_47366  predicted protein  30.56 
 
 		 90 aa  43.1  0.001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0138  like-Sm ribonucleoprotein, core  37.88 
 
 		 74 aa  43.5  0.001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND03220  mRNA processing-related protein, putative  40.98 
 
 		 87 aa  43.1  0.001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0177  small ribonucleoprotein  39.68 
 
 		 65 aa  42.7  0.002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA00090  conserved hypothetical protein  37.31 
 
 		 216 aa  42.4  0.002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0822069  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10583  predicted protein  42.31 
 
 		 94 aa  42  0.003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.329173  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_42488  predicted protein  41.27 
 
 		 100 aa  41.6  0.004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.357284  normal  0.0185281 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10966  small nuclear ribonucleoprotein SmF, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G15500)  36.51 
 
 		 88 aa  41.2  0.004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.0013173  normal  0.021031 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_29422  predicted protein  42.22 
 
 		 87 aa  41.2  0.005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.00200613 
 
 
-
 
NC_006684  CNB03050  pre-mRNA splicing factor, putative  30.77 
 
 		 111 aa  41.2  0.005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.03026  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1181  Like-Sm ribonucleoprotein core  37.14 
 
 		 87 aa  40.8  0.007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  decreased coverage  0.00764274  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>