33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbar_A3597 on replicon NC_007355
Organism: Methanosarcina barkeri str. Fusaro



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007355  Mbar_A3597  small nuclear riboprotein-like protein  100 
 
 		 74 aa  146  9e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0124482 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0138  like-Sm ribonucleoprotein, core  67.57 
 
 		 74 aa  105  2e-22  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0177  small ribonucleoprotein  71.88 
 
 		 65 aa  101  3e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1613  like-Sm ribonucleoprotein, core  48.61 
 
 		 78 aa  70.5  0.000000000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.18064 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1541  Like-Sm ribonucleoprotein core  47.22 
 
 		 77 aa  67.8  0.00000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.676832  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1564  like-Sm ribonucleoprotein, core  45.83 
 
 		 78 aa  67  0.00000000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0325  hypothetical protein  45.83 
 
 		 77 aa  65.1  0.0000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1205  like-Sm ribonucleoprotein, core  45.21 
 
 		 79 aa  61.2  0.000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0302379 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2251  like-Sm ribonucleoprotein, core  40.28 
 
 		 75 aa  53.1  0.000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.133876 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_10719  U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G06325)  35.29 
 
 		 80 aa  51.2  0.000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.0000000000682628 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0653  Like-Sm ribonucleoprotein core  42.25 
 
 		 72 aa  49.7  0.00001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34727  predicted protein  34.72 
 
 		 79 aa  49.7  0.00001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.681508 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10966  small nuclear ribonucleoprotein SmF, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G15500)  36.62 
 
 		 88 aa  49.7  0.00002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.0013173  normal  0.021031 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1529  like-Sm ribonucleoprotein core  36.62 
 
 		 79 aa  48.1  0.00004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05679  small nuclear ribonucleoprotein (LSM5), putative (AFU_orthologue; AFUA_7G04280)  40.28 
 
 		 129 aa  46.6  0.0001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1814  Like-Sm ribonucleoprotein core  42.11 
 
 		 76 aa  47  0.0001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0086  like-Sm ribonucleoprotein core  32.84 
 
 		 81 aa  45.8  0.0002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.514735 
 
 
-
 
NC_006686  CND03220  mRNA processing-related protein, putative  36.11 
 
 		 87 aa  45.8  0.0002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006683  CNN01500  u6 snRNA-associated sm-like protein lsm6, putative  31.94 
 
 		 88 aa  45.1  0.0004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.919907  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0421  like-Sm ribonucleoprotein, core  41.82 
 
 		 73 aa  44.7  0.0005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1081  like-Sm ribonucleoprotein, core  34.33 
 
 		 80 aa  44.3  0.0006  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.555399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0041  like-Sm ribonucleoprotein, core  34.85 
 
 		 80 aa  43.5  0.001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.444041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2141  LSM family small nuclear ribonucleoprotein  34.33 
 
 		 80 aa  43.1  0.001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0038  like-Sm ribonucleoprotein core  34.85 
 
 		 80 aa  43.1  0.001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00385043 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_20167  predicted protein  31.34 
 
 		 87 aa  43.1  0.001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.291347  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3500  small nuclear ribonucleoprotein  43.48 
 
 		 72 aa  42.7  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0690135  normal  0.488094 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_46368  predicted protein  28.57 
 
 		 78 aa  42.7  0.002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.674682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_32713  predicted protein  36 
 
 		 93 aa  42  0.003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.469951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2181  small nuclear ribonucleoprotein  41.3 
 
 		 72 aa  42  0.003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006681  CNL03890  U6 snRNA binding protein, putative  48.94 
 
 		 131 aa  41.2  0.004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.556967  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0232  small nuclear ribonucleoprotein  40 
 
 		 71 aa  40.8  0.006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.317695  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0221  like-Sm ribonucleoprotein core  36.36 
 
 		 78 aa  40.4  0.008  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3059  like-Sm ribonucleoprotein, core  41.3 
 
 		 80 aa  40.4  0.009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>