More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4385 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_4113  60 kDa inner membrane insertion protein  60.39 
 
 		 569 aa  711    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.731862  normal  0.125371 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6056  60 kDa inner membrane insertion protein  62.28 
 
 		 570 aa  692    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.18473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4385  60 kDa inner membrane insertion protein  100 
 
 		 559 aa  1143    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000234218 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4140  protein translocase subunit yidC  61.36 
 
 		 570 aa  701    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.555817 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4242  60 kDa inner membrane insertion protein  59.86 
 
 		 571 aa  717    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00149519  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4905  protein translocase subunit yidC  60.8 
 
 		 580 aa  707    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.574462 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4793  protein translocase subunit yidC  62.1 
 
 		 565 aa  712    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3542  YidC translocase/secretase  62.7 
 
 		 569 aa  701    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3825  protein translocase subunit yidC  64.82 
 
 		 553 aa  737    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5012  60 kDa inner membrane insertion protein  62.19 
 
 		 567 aa  713    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0004  putative inner membrane protein translocase component YidC  55.18 
 
 		 553 aa  610  1e-173  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9905  normal  0.344368 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5299  60 kDa inner membrane insertion protein  54.21 
 
 		 565 aa  605  9.999999999999999e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.477817  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3458  putative inner membrane protein translocase component YidC  53.3 
 
 		 554 aa  599  1e-170  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3757  putative inner membrane protein translocase component YidC  53.75 
 
 		 554 aa  597  1e-169  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3613  putative inner membrane protein translocase component YidC  54.56 
 
 		 555 aa  595  1e-169  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3098  putative inner membrane protein translocase component YidC  50.8 
 
 		 550 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000113724 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0093  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.52 
 
 		 558 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3460  putative inner membrane protein translocase component YidC  53.21 
 
 		 555 aa  575  1.0000000000000001e-163  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.03518  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0304  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.7 
 
 		 558 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0107  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.7 
 
 		 558 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3235  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.97 
 
 		 557 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.627922  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4466  putative inner membrane protein translocase component YidC  50.8 
 
 		 552 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.111062 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3986  putative inner membrane protein translocase component YidC  50.54 
 
 		 552 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3154  putative inner membrane protein translocase component YidC  52.07 
 
 		 553 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000638548 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2241  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.7 
 
 		 558 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3099  putative inner membrane protein translocase component YidC  49.91 
 
 		 554 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.462896  normal  0.0227553 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2844  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.7 
 
 		 558 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110043  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3397  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.7 
 
 		 558 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3550  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.7 
 
 		 558 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3215  putative inner membrane protein translocase component YidC  49.91 
 
 		 554 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.15042  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6520  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.8 
 
 		 555 aa  571  1e-161  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3181  putative inner membrane protein translocase component YidC  50.99 
 
 		 553 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.118061 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2549  putative inner membrane protein translocase component YidC  50.63 
 
 		 552 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.157228  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3163  putative inner membrane protein translocase component YidC  50.63 
 
 		 552 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.133827  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4201  protein translocase subunit yidC  48.37 
 
 		 547 aa  540  9.999999999999999e-153  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.017626 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2331  60 kDa inner membrane insertion protein  48.12 
 
 		 552 aa  540  9.999999999999999e-153  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2085  60 kDa inner membrane insertion protein  47.15 
 
 		 557 aa  538  9.999999999999999e-153  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.39067  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1784  60 kDa inner membrane insertion protein  46.28 
 
 		 557 aa  514  1e-144  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.299868  normal  0.294876 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2776  60 kDa inner membrane insertion protein  44.76 
 
 		 569 aa  493  9.999999999999999e-139  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.395944  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2758  protein translocase subunit yidC  44.93 
 
 		 552 aa  473  1e-132  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.174551  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2825  protein translocase subunit yidC  44.04 
 
 		 546 aa  465  1e-129  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6369  putative inner membrane protein translocase component YidC  40.24 
 
 		 578 aa  438  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73410  putative inner membrane protein translocase component YidC  39.9 
 
 		 578 aa  436  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.431479  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52450  putative inner membrane protein translocase component YidC  39.82 
 
 		 557 aa  431  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0006  putative inner membrane protein translocase component YidC  39.5 
 
 		 560 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000387778 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5309  putative inner membrane protein translocase component YidC  39.68 
 
 		 560 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.910149  normal  0.0868042 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5444  putative inner membrane protein translocase component YidC  39.5 
 
 		 560 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2882  protein translocase subunit yidC  40.54 
 
 		 562 aa  419  1e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.208936  normal  0.460711 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5213  putative inner membrane protein translocase component YidC  39.68 
 
 		 560 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5612  inner membrane protein, 60 kDa  39.18 
 
 		 562 aa  413  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3895  putative inner membrane protein translocase component YidC  39.01 
 
 		 567 aa  411  1e-113  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.676329  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4485  60 kDa inner membrane insertion protein  39.25 
 
 		 551 aa  411  1e-113  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00386094  hitchhiker  0.00000000260158 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2411  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family domain containing  38.99 
 
 		 570 aa  405  1e-111  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.705473  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5743  putative inner membrane protein translocase component YidC  38.58 
 
 		 560 aa  402  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00528765  normal  0.582095 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3316  putative inner membrane protein translocase component YidC  37.06 
 
 		 575 aa  403  1e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.783784  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3037  inner membrane protein, 60 kDa  39.19 
 
 		 545 aa  402  9.999999999999999e-111  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5134  putative inner membrane protein translocase component YidC  39.43 
 
 		 563 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4620  putative inner membrane protein translocase component YidC  38.29 
 
 		 581 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3318  protein translocase subunit YidC  41.39 
 
 		 557 aa  396  1e-109  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1230  60 kDa inner membrane insertion protein  40 
 
 		 550 aa  395  1e-108  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0120976  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2600  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family  41.08 
 
 		 567 aa  394  1e-108  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.417089 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2122  inner membrane protein oxaA  36.09 
 
 		 566 aa  390  1e-107  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0201  60 kDa inner membrane protein  35.92 
 
 		 566 aa  392  1e-107  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2197  60 kDa inner membrane insertion protein  37.84 
 
 		 551 aa  383  1e-105  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.297594  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3087  60 kDa inner membrane insertion protein  37.5 
 
 		 545 aa  380  1e-104  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.863197  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4014  protein translocase subunit yidC  36.57 
 
 		 557 aa  379  1e-104  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.308779 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2514  putative inner membrane protein translocase component YidC  36.87 
 
 		 541 aa  376  1e-103  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000130871  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0028  putative inner membrane protein translocase component YidC  37.5 
 
 		 545 aa  375  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.15409  normal  0.0935166 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4264  putative inner membrane protein translocase component YidC  37.35 
 
 		 543 aa  376  1e-103  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00254597  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4157  putative inner membrane protein translocase component YidC  40.36 
 
 		 546 aa  375  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000113128  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4293  putative inner membrane protein translocase component YidC  37.79 
 
 		 544 aa  373  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.016276  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4246  putative inner membrane protein translocase component YidC  40.36 
 
 		 546 aa  375  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000142375  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4616  putative inner membrane protein translocase component YidC  38.14 
 
 		 543 aa  372  1e-102  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.159313  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4182  putative inner membrane protein translocase component YidC  40.36 
 
 		 546 aa  375  1e-102  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000773413  normal  0.0773458 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4380  60 kDa inner membrane insertion protein  36.1 
 
 		 541 aa  365  1e-99  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000064378  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4521  60 kDa inner membrane insertion protein  36.1 
 
 		 541 aa  365  1e-99  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000305334  hitchhiker  0.000938862 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4325  YidC translocase/secretase  36.1 
 
 		 541 aa  365  1e-99  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000679014  unclonable  0.00000000000486692 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4379  60 kDa inner membrane insertion protein  36.1 
 
 		 541 aa  365  1e-99  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000322788  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002016  OxaI/YidC membrane insertion protein  37.43 
 
 		 540 aa  364  2e-99  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000829805  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0004  inner membrane protein, 60 kDa  35.99 
 
 		 541 aa  363  4e-99  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00436  putative inner membrane protein translocase component YidC  38.7 
 
 		 540 aa  363  4e-99  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0006  protein translocase subunit yidC  35.74 
 
 		 541 aa  363  4e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000101193  unclonable  0.0000000000873101 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3940  protein translocase subunit yidC  35.74 
 
 		 541 aa  363  6e-99  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000301662  unclonable  0.0000000000640431 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3074  hypothetical protein  36.65 
 
 		 556 aa  362  8e-99  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4032  protein translocase subunit yidC  35.56 
 
 		 541 aa  361  2e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000158142  hitchhiker  0.000218645 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4035  putative inner membrane protein translocase component YidC  36.28 
 
 		 543 aa  360  3e-98  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.247258  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4126  putative inner membrane protein translocase component YidC  38.34 
 
 		 548 aa  360  4e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.222064  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2930  hypothetical protein  36.48 
 
 		 556 aa  359  6e-98  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4002  60 kDa inner membrane insertion protein  35.74 
 
 		 541 aa  359  8e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000355464  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4063  60 kDa inner membrane insertion protein  36.65 
 
 		 542 aa  359  9e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000239208  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2144  putative inner membrane protein translocase component YidC  37.41 
 
 		 565 aa  358  9.999999999999999e-98  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00651842  unclonable  0.00000165557 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4176  putative inner membrane protein translocase component YidC  38.14 
 
 		 548 aa  358  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4054  putative inner membrane protein translocase component YidC  38.14 
 
 		 548 aa  357  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0899835  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4233  putative inner membrane protein translocase component YidC  38.14 
 
 		 548 aa  357  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.11489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4069  putative inner membrane protein translocase component YidC  38.14 
 
 		 548 aa  358  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00340238  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4220  putative inner membrane protein translocase component YidC  38.46 
 
 		 548 aa  357  3.9999999999999996e-97  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.118855  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5135  putative inner membrane protein translocase component YidC  38.46 
 
 		 548 aa  356  5e-97  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00207092  normal  0.0616185 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4072  putative inner membrane protein translocase component YidC  38.46 
 
 		 548 aa  356  5e-97  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.131417  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03533  hypothetical protein  38.46 
 
 		 548 aa  356  5e-97  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.534027  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4289  putative inner membrane protein translocase component YidC  38.46 
 
 		 548 aa  356  5e-97  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0759973  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>