More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1583 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1583  ABC-2 type transporter  100 
 
 		 256 aa  502  1e-141  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0567734 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0827  putative transmembrane protein  82.4 
 
 		 251 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.366259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0800  hypothetical protein  72.51 
 
 		 251 aa  380  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.200073  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0692  ABC-2 type transporter  71.31 
 
 		 251 aa  372  1e-102  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.815374  normal  0.797242 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3115  hypothetical protein  75 
 
 		 273 aa  362  3e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.661432  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2886  ABC-2 type transporter  73.09 
 
 		 262 aa  362  4e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0831309 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3233  ABC-2 type transporter  73.09 
 
 		 262 aa  362  4e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4455  ABC-2 type transporter  76.89 
 
 		 251 aa  362  4e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0350682  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2955  hypothetical protein  74.7 
 
 		 262 aa  360  1e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279885  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1161  ABC-2 type transporter  73.81 
 
 		 254 aa  356  1.9999999999999998e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.843909  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3519  ABC efflux pump, inner membrane subunit  68.13 
 
 		 251 aa  356  1.9999999999999998e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.24829  normal  0.275506 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0400  ABC-2 type transporter  69.2 
 
 		 273 aa  356  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732955 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2686  ABC-2 type transporter  69.2 
 
 		 273 aa  356  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.859674  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0421  ABC-2 type transporter  69.2 
 
 		 273 aa  356  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.77682  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0348  ABC-2 type transporter  67.98 
 
 		 281 aa  355  3.9999999999999996e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.431352  normal  0.251356 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3564  ABC-2 type transporter  67.73 
 
 		 251 aa  355  3.9999999999999996e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.460574  hitchhiker  0.0000462468 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0339  ABC-2 type transporter  67.98 
 
 		 281 aa  355  3.9999999999999996e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0324  ABC-2 type transporter  68.5 
 
 		 273 aa  354  6.999999999999999e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0584539  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1020  ABC-2 type transporter  74.9 
 
 		 251 aa  353  1e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.269933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2763  ABC-2 type transporter  67.33 
 
 		 251 aa  353  2e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0394  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  67.6 
 
 		 254 aa  352  2e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0103  ABC-2 type transporter  70 
 
 		 262 aa  352  2.9999999999999997e-96  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.759758  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0756  ABC-2 type transporter  76.1 
 
 		 251 aa  351  5e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.97763  normal  0.423446 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3670  ABC-2 type transporter, permease protein  68.53 
 
 		 251 aa  351  7e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.549508  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2718  ABC transporter, permease protein  68.53 
 
 		 251 aa  351  7e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3728  ABC-2 type transporter, permease protein  68.53 
 
 		 251 aa  351  7e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3697  ABC transporter, permease protein  68.53 
 
 		 251 aa  351  7e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3235  ABC-2 type transporter, permease protein  68.53 
 
 		 251 aa  351  7e-96  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.460161  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1784  ABC transporter, permease protein  68.53 
 
 		 251 aa  351  7e-96  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2769  ABC-2 type transporter, permease protein  68.53 
 
 		 251 aa  351  7e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2997  ABC transporter, permease protein  68.13 
 
 		 251 aa  350  1e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0243  hypothetical protein  67.33 
 
 		 259 aa  349  2e-95  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.113541 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0723  ABC-2 type transporter  75.7 
 
 		 251 aa  349  2e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3252  multidrug ABC transporter permease component  74.5 
 
 		 273 aa  348  5e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5529  ABC-2 type transporter  73.2 
 
 		 251 aa  345  5e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.188866  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0895  ABC-2 type transporter  70 
 
 		 271 aa  342  2e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.239157  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2942  hypothetical protein  72.8 
 
 		 251 aa  334  7e-91  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.236721  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2743  hypothetical protein  62.95 
 
 		 251 aa  326  2.0000000000000001e-88  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3395  hypothetical protein  68.4 
 
 		 250 aa  320  9.999999999999999e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3036  ABC-2 type transporter  60.98 
 
 		 268 aa  290  2e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2645  ABC-2 type transporter  60.98 
 
 		 268 aa  290  2e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1893  ABC-2 type transport system permease protein  64.54 
 
 		 251 aa  286  2.9999999999999996e-76  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0985  hypothetical protein  55.02 
 
 		 255 aa  278  5e-74  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2615  ABC-2 type transporter  45.06 
 
 		 267 aa  214  9e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.747872  hitchhiker  0.00151672 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0663  ABC-2 type transporter  43.97 
 
 		 274 aa  207  1e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0097  ABC type transport system, integral membrane protein  44.49 
 
 		 264 aa  201  9.999999999999999e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0640  ABC-2 transporter component  42.62 
 
 		 270 aa  190  2e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1860  ABC-2 type transporter  38.46 
 
 		 257 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0882  ABC-2 type transporter  42.34 
 
 		 253 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0486  ABC-2 type transporter  42.68 
 
 		 270 aa  183  2.0000000000000003e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.197916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0886  ABC-2 type transporter  41.94 
 
 		 253 aa  183  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.301364  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0836  ABC transporter, inner membrane subunit  42.86 
 
 		 253 aa  183  3e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1229  ABC-2 type transporter  43.78 
 
 		 273 aa  181  8.000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.693979  normal  0.0330448 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2042  ABC-2 type transporter  43.87 
 
 		 273 aa  181  9.000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0166481 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1078  ABC-2 type transporter  39.43 
 
 		 260 aa  176  3e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0401  ABC-2 type transporter  43.37 
 
 		 302 aa  175  5e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.973292  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0616  ABC-2 type transporter  36.99 
 
 		 255 aa  175  7e-43  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.33089 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02790  permease  38.78 
 
 		 263 aa  175  7e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0898  ABC-2 type transporter  43.67 
 
 		 253 aa  174  8e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1095  hypothetical protein  43.14 
 
 		 290 aa  174  9.999999999999999e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2722  ABC transporter membrane spanning protein  35.25 
 
 		 253 aa  173  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3371  hypothetical protein  36.59 
 
 		 253 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00425417 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0749  ABC-2 type transporter  36.69 
 
 		 253 aa  172  3.9999999999999995e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.41583 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2018  hypothetical protein  36.18 
 
 		 253 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.803499  normal  0.138584 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1171  16S rRNA processing protein RimM  39.43 
 
 		 257 aa  171  7.999999999999999e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.730617  hitchhiker  0.000000152208 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1098  ABC-2 type transporter  36.99 
 
 		 257 aa  171  9e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0427  ABC transporter, inner membrane subunit  36.03 
 
 		 257 aa  171  1e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2479  hypothetical protein  41.38 
 
 		 292 aa  171  1e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0849  ABC-type multidrug transport system, permease component  37.25 
 
 		 254 aa  171  1e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.227676  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4025  ABC-2 type transporter  34.92 
 
 		 253 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3083  ABC transporter permease  36.89 
 
 		 253 aa  170  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.646009  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3138  ABC-2 type transporter  37.5 
 
 		 253 aa  170  2e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00549881  normal  0.763555 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0607  ABC-2 type transporter  38.06 
 
 		 271 aa  170  2e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.837549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6150  putative ABC-2 type transporter (permease protein)  35.66 
 
 		 253 aa  169  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00809538  normal  0.0938496 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3881  ABC-2 type transporter  37.8 
 
 		 263 aa  169  4e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.574088  normal  0.697417 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0574  ABC-2 type transporter permease protein  37.92 
 
 		 257 aa  168  7e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5173  ABC-2 type transporter  33.73 
 
 		 253 aa  168  7e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.108513 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3260  ABC-2 type transporter  33.73 
 
 		 253 aa  168  7e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0633139  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5108  ABC-2 type transporter  33.73 
 
 		 253 aa  168  7e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2013  ABC-2 type transporter  37.5 
 
 		 253 aa  168  7e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1926  ABC-2 type transporter  34.52 
 
 		 255 aa  168  8e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.14437 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0461  hypothetical protein  35.63 
 
 		 257 aa  168  8e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0612935  normal  0.787561 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3284  hypothetical protein  36.03 
 
 		 255 aa  168  9e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0995545  normal  0.811608 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3121  ABC-2 type transporter  38.06 
 
 		 256 aa  167  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0881  ABC-2 type transporter  36.51 
 
 		 276 aa  167  1e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4581  ABC-2 type transporter  40.7 
 
 		 277 aa  167  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0977  ABC transporter permease protein  37.89 
 
 		 255 aa  166  2e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.024266  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03360  ABC-2 type transport system permease component  35.32 
 
 		 253 aa  166  2.9999999999999998e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.163605  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3995  ABC-2 type transporter  36.72 
 
 		 256 aa  166  2.9999999999999998e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2121  ABC transporter, permease protein  38.98 
 
 		 254 aa  166  4e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1025  ABC-2 type transporter  38.87 
 
 		 256 aa  166  4e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0880893  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1607  ABC-2 type transporter  34.13 
 
 		 253 aa  166  5e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0979931  normal  0.144248 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0808  hypothetical protein  35.51 
 
 		 253 aa  166  5e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.283236  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2326  ABC-2 type transporter  32.41 
 
 		 253 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1453  ABC-2 type transporter  34.52 
 
 		 253 aa  165  5.9999999999999996e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2362  ABC transporter, inner membrane subunit  34.4 
 
 		 253 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0916375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0861  ABC-2 type transporter  34.52 
 
 		 255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0630993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0831  ABC-2 type transporter  35.69 
 
 		 256 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2088  ABC-2 type transporter  32.41 
 
 		 253 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0318264  normal  0.440249 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2276  ABC efflux pump, inner membrane subunit  32.94 
 
 		 253 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0123592  normal  0.410533 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>