More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0663 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0663  ABC-2 type transporter  100 
 
 		 274 aa  540  9.999999999999999e-153  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2615  ABC-2 type transporter  63.88 
 
 		 267 aa  340  1e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.747872  hitchhiker  0.00151672 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2042  ABC-2 type transporter  60.07 
 
 		 273 aa  312  3.9999999999999997e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0166481 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0640  ABC-2 transporter component  48.54 
 
 		 270 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0401  ABC-2 type transporter  49.81 
 
 		 302 aa  243  1.9999999999999999e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.973292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0486  ABC-2 type transporter  47.67 
 
 		 270 aa  241  7e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.197916  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2886  ABC-2 type transporter  46.83 
 
 		 262 aa  223  2e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0831309 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3233  ABC-2 type transporter  46.43 
 
 		 262 aa  222  4e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3235  ABC-2 type transporter, permease protein  46.59 
 
 		 251 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.460161  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2718  ABC transporter, permease protein  46.59 
 
 		 251 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2763  ABC-2 type transporter  46.59 
 
 		 251 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3728  ABC-2 type transporter, permease protein  46.59 
 
 		 251 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3670  ABC-2 type transporter, permease protein  46.59 
 
 		 251 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.549508  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3697  ABC transporter, permease protein  46.59 
 
 		 251 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1784  ABC transporter, permease protein  46.59 
 
 		 251 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2769  ABC-2 type transporter, permease protein  46.59 
 
 		 251 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3519  ABC efflux pump, inner membrane subunit  46.03 
 
 		 251 aa  219  3e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.24829  normal  0.275506 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2686  ABC-2 type transporter  45.63 
 
 		 273 aa  219  5e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.859674  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0400  ABC-2 type transporter  45.63 
 
 		 273 aa  219  5e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732955 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0421  ABC-2 type transporter  45.63 
 
 		 273 aa  219  5e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.77682  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0324  ABC-2 type transporter  45.63 
 
 		 273 aa  218  7e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0584539  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2997  ABC transporter, permease protein  46.59 
 
 		 251 aa  218  7e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0348  ABC-2 type transporter  46.03 
 
 		 281 aa  218  7e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.431352  normal  0.251356 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0339  ABC-2 type transporter  46.03 
 
 		 281 aa  218  7e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0243  hypothetical protein  45.82 
 
 		 259 aa  218  1e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.113541 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1229  ABC-2 type transporter  48.68 
 
 		 273 aa  217  2e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.693979  normal  0.0330448 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3564  ABC-2 type transporter  46.43 
 
 		 251 aa  217  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.460574  hitchhiker  0.0000462468 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0394  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  46.03 
 
 		 254 aa  215  7e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2955  hypothetical protein  44.79 
 
 		 262 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279885  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0800  hypothetical protein  45.02 
 
 		 251 aa  213  3.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.200073  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0827  putative transmembrane protein  46.43 
 
 		 251 aa  211  7e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.366259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0103  ABC-2 type transporter  45.63 
 
 		 262 aa  211  1e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.759758  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4581  ABC-2 type transporter  42.86 
 
 		 277 aa  208  8e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1583  ABC-2 type transporter  43.97 
 
 		 256 aa  207  1e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0567734 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2743  hypothetical protein  44 
 
 		 251 aa  207  2e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0895  ABC-2 type transporter  50.68 
 
 		 271 aa  206  2e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.239157  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0692  ABC-2 type transporter  44.22 
 
 		 251 aa  206  4e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.815374  normal  0.797242 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2645  ABC-2 type transporter  47.41 
 
 		 268 aa  204  1e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3036  ABC-2 type transporter  47.41 
 
 		 268 aa  204  1e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3115  hypothetical protein  43.31 
 
 		 273 aa  201  9e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.661432  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1095  hypothetical protein  44.57 
 
 		 290 aa  201  9.999999999999999e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3252  multidrug ABC transporter permease component  47.27 
 
 		 273 aa  200  3e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2479  hypothetical protein  41.85 
 
 		 292 aa  197  1.0000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0985  hypothetical protein  41.06 
 
 		 255 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1020  ABC-2 type transporter  45.02 
 
 		 251 aa  195  9e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.269933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0836  ABC transporter, inner membrane subunit  42.4 
 
 		 253 aa  193  3e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2942  hypothetical protein  46.18 
 
 		 251 aa  192  4e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.236721  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0882  ABC-2 type transporter  43.43 
 
 		 253 aa  192  4e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0886  ABC-2 type transporter  42.4 
 
 		 253 aa  191  8e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.301364  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1893  ABC-2 type transport system permease protein  46.99 
 
 		 251 aa  190  2e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5529  ABC-2 type transporter  44.8 
 
 		 251 aa  190  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.188866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4455  ABC-2 type transporter  45.42 
 
 		 251 aa  189  4e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0350682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0756  ABC-2 type transporter  46.43 
 
 		 251 aa  186  3e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.97763  normal  0.423446 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0723  ABC-2 type transporter  46.43 
 
 		 251 aa  185  7e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3395  hypothetical protein  43.65 
 
 		 250 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1860  ABC-2 type transporter  37.65 
 
 		 257 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1161  ABC-2 type transporter  42.4 
 
 		 254 aa  183  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.843909  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0121  ABC transporter, permease protein  39.3 
 
 		 256 aa  181  1e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3881  ABC-2 type transporter  39.08 
 
 		 263 aa  180  2e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.574088  normal  0.697417 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02790  permease  38.37 
 
 		 263 aa  179  2.9999999999999997e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0898  ABC-2 type transporter  44.8 
 
 		 253 aa  180  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00127  predicted transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  38.52 
 
 		 256 aa  178  8e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3474  ABC-2 type transporter  38.52 
 
 		 256 aa  178  8e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00126  hypothetical protein  38.52 
 
 		 256 aa  178  8e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0130  ABC transporter, permease protein  38.52 
 
 		 256 aa  178  8e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0136  ABC transporter, permease protein  38.52 
 
 		 256 aa  178  8e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3531  ABC-2 type transporter  38.52 
 
 		 256 aa  178  8e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0138  ABC transporter, permease protein  38.52 
 
 		 256 aa  178  8e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0132  ABC transporter, permease protein  38.52 
 
 		 256 aa  178  8e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1471  ABC-2 type transporter  39.6 
 
 		 259 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0461  hypothetical protein  35.71 
 
 		 257 aa  173  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0612935  normal  0.787561 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0427  ABC transporter, inner membrane subunit  35.71 
 
 		 257 aa  173  2.9999999999999996e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1896  ABC transporter  38.19 
 
 		 259 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.312969  hitchhiker  0.0000781572 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0205  ABC transporter, permease protein  37.84 
 
 		 256 aa  172  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0192  ABC transporter permease  37.84 
 
 		 256 aa  172  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.201983  normal  0.333926 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0188  ABC transporter permease  37.84 
 
 		 256 aa  172  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.137921  normal  0.864827 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0189  ABC transporter permease protein  37.84 
 
 		 256 aa  172  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0197  ABC transporter permease  37.84 
 
 		 256 aa  172  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.737997  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3995  ABC-2 type transporter  36.86 
 
 		 256 aa  172  5.999999999999999e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0676  ABC-2 type transporter  38.76 
 
 		 256 aa  171  1e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.655554 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0097  ABC type transport system, integral membrane protein  39.3 
 
 		 264 aa  170  2e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3121  ABC-2 type transporter  38.52 
 
 		 256 aa  171  2e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0607  ABC-2 type transporter  35.32 
 
 		 271 aa  170  2e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.837549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3476  ABC-2 type transporter  37.84 
 
 		 256 aa  170  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3348  ABC transporter, permease protein  37.84 
 
 		 256 aa  170  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0192428  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03555  ABC-type multidrug transport system, permease component  33.82 
 
 		 271 aa  167  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1016  ABC transporter permease  37.45 
 
 		 256 aa  167  2e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.875005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0749  ABC-2 type transporter  33.6 
 
 		 253 aa  167  2e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.41583 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0849  ABC-type multidrug transport system, permease component  36.9 
 
 		 254 aa  166  5e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.227676  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0881  ABC-2 type transporter  38.53 
 
 		 276 aa  165  9e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2121  ABC transporter, permease protein  38.89 
 
 		 254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3138  ABC-2 type transporter  36.47 
 
 		 253 aa  164  1.0000000000000001e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00549881  normal  0.763555 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5370  ABC-2 type transporter  41.01 
 
 		 273 aa  165  1.0000000000000001e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1352  hypothetical protein  35.29 
 
 		 257 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000725132  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3819  ABC-2 type transporter  37.55 
 
 		 259 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.728867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0559  ABC transporter permease protein  39.19 
 
 		 259 aa  163  3e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1506  ABC-2 type transporter  38.55 
 
 		 259 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2722  ABC transporter membrane spanning protein  35.97 
 
 		 253 aa  162  8.000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0121  putative permease  35.87 
 
 		 256 aa  161  1e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.228328  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27780  putative ABC transporter, permease protein  38.34 
 
 		 259 aa  160  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.235012 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>