More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2955 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2955  hypothetical protein  100 
 
 		 262 aa  518  1e-146  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279885  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2886  ABC-2 type transporter  90.46 
 
 		 262 aa  480  1e-135  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0831309 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3233  ABC-2 type transporter  91.6 
 
 		 262 aa  483  1e-135  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3115  hypothetical protein  82.61 
 
 		 273 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.661432  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3252  multidrug ABC transporter permease component  83.4 
 
 		 273 aa  398  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0827  putative transmembrane protein  73.09 
 
 		 251 aa  372  1e-102  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.366259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1583  ABC-2 type transporter  74.7 
 
 		 256 aa  370  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0567734 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3564  ABC-2 type transporter  72 
 
 		 251 aa  366  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.460574  hitchhiker  0.0000462468 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0394  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  71.31 
 
 		 254 aa  365  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2763  ABC-2 type transporter  70.8 
 
 		 251 aa  364  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0348  ABC-2 type transporter  71.2 
 
 		 281 aa  363  1e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.431352  normal  0.251356 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0800  hypothetical protein  71.2 
 
 		 251 aa  363  1e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.200073  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0339  ABC-2 type transporter  71.2 
 
 		 281 aa  363  1e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0692  ABC-2 type transporter  70.8 
 
 		 251 aa  363  2e-99  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.815374  normal  0.797242 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2686  ABC-2 type transporter  70.59 
 
 		 273 aa  362  2e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.859674  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0400  ABC-2 type transporter  70.59 
 
 		 273 aa  362  2e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732955 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0421  ABC-2 type transporter  70.59 
 
 		 273 aa  362  2e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.77682  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0324  ABC-2 type transporter  71.6 
 
 		 273 aa  362  4e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0584539  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2718  ABC transporter, permease protein  71.6 
 
 		 251 aa  359  2e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3670  ABC-2 type transporter, permease protein  71.6 
 
 		 251 aa  359  2e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.549508  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3697  ABC transporter, permease protein  71.6 
 
 		 251 aa  359  2e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1784  ABC transporter, permease protein  71.6 
 
 		 251 aa  359  2e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3235  ABC-2 type transporter, permease protein  71.6 
 
 		 251 aa  359  2e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.460161  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3728  ABC-2 type transporter, permease protein  71.6 
 
 		 251 aa  359  2e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2769  ABC-2 type transporter, permease protein  71.6 
 
 		 251 aa  359  2e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3519  ABC efflux pump, inner membrane subunit  70.4 
 
 		 251 aa  359  3e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.24829  normal  0.275506 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2997  ABC transporter, permease protein  71.6 
 
 		 251 aa  359  3e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0895  ABC-2 type transporter  69.2 
 
 		 271 aa  354  1e-96  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.239157  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0103  ABC-2 type transporter  69.6 
 
 		 262 aa  353  2e-96  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.759758  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1161  ABC-2 type transporter  74.3 
 
 		 254 aa  347  1e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.843909  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2743  hypothetical protein  66.4 
 
 		 251 aa  335  3.9999999999999995e-91  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0243  hypothetical protein  66.67 
 
 		 259 aa  334  9e-91  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.113541 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1020  ABC-2 type transporter  72.4 
 
 		 251 aa  333  1e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.269933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5529  ABC-2 type transporter  71.89 
 
 		 251 aa  332  3e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.188866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4455  ABC-2 type transporter  72.8 
 
 		 251 aa  328  8e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0350682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3395  hypothetical protein  69.35 
 
 		 250 aa  325  3e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0756  ABC-2 type transporter  71.89 
 
 		 251 aa  325  5e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.97763  normal  0.423446 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0723  ABC-2 type transporter  71.89 
 
 		 251 aa  323  1e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2942  hypothetical protein  69.48 
 
 		 251 aa  315  3e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.236721  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0985  hypothetical protein  57.14 
 
 		 255 aa  289  3e-77  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3036  ABC-2 type transporter  59.35 
 
 		 268 aa  283  2.0000000000000002e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2645  ABC-2 type transporter  59.35 
 
 		 268 aa  283  2.0000000000000002e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1893  ABC-2 type transport system permease protein  64.8 
 
 		 251 aa  275  7e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0663  ABC-2 type transporter  44.79 
 
 		 274 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0640  ABC-2 transporter component  44.66 
 
 		 270 aa  208  7e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0097  ABC type transport system, integral membrane protein  44.8 
 
 		 264 aa  207  1e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2615  ABC-2 type transporter  44.92 
 
 		 267 aa  207  2e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.747872  hitchhiker  0.00151672 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1229  ABC-2 type transporter  47.06 
 
 		 273 aa  199  5e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.693979  normal  0.0330448 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0401  ABC-2 type transporter  44.62 
 
 		 302 aa  192  4e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.973292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2042  ABC-2 type transporter  42.38 
 
 		 273 aa  192  6e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0166481 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1098  ABC-2 type transporter  37.85 
 
 		 257 aa  189  4e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02790  permease  37.64 
 
 		 263 aa  188  5.999999999999999e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3881  ABC-2 type transporter  39.02 
 
 		 263 aa  187  1e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.574088  normal  0.697417 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0486  ABC-2 type transporter  42.74 
 
 		 270 aa  187  2e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.197916  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002558  ABC-type multidrug transport system permease component  37.45 
 
 		 256 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.644442  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0881  ABC-2 type transporter  38.15 
 
 		 276 aa  184  1.0000000000000001e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0849  ABC-type multidrug transport system, permease component  37.85 
 
 		 254 aa  184  1.0000000000000001e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.227676  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5173  ABC-2 type transporter  36.51 
 
 		 253 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.108513 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3260  ABC-2 type transporter  36.51 
 
 		 253 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0633139  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5108  ABC-2 type transporter  36.51 
 
 		 253 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1506  ABC-2 type transporter  36.65 
 
 		 259 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0121  putative permease  38.25 
 
 		 256 aa  180  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.228328  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1471  ABC-2 type transporter  35.86 
 
 		 259 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0540  ABC transporter, inner membrane subunit  36.55 
 
 		 253 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1896  ABC transporter  35.86 
 
 		 259 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.312969  hitchhiker  0.0000781572 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4581  ABC-2 type transporter  42.69 
 
 		 277 aa  179  4.999999999999999e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3143  ABC-2 type transporter  38.06 
 
 		 256 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0795  ABC-2 type transporter  37.65 
 
 		 256 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0898  ABC-2 type transporter  42.74 
 
 		 253 aa  178  5.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0824  ABC-2 type transporter  37.65 
 
 		 256 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2137  ABC-2 type transporter  37.05 
 
 		 257 aa  178  7e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0672016  normal  0.103113 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3801  ABC transporter, permease protein  38.06 
 
 		 256 aa  178  8e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1078  ABC-2 type transporter  38 
 
 		 260 aa  178  9e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3819  ABC-2 type transporter  36.25 
 
 		 259 aa  178  9e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.728867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3534  ABC-2 type transporter  35.63 
 
 		 256 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0121  ABC transporter, permease protein  37.6 
 
 		 256 aa  177  2e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03454  hypothetical protein  37.45 
 
 		 256 aa  177  2e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0461  hypothetical protein  36.51 
 
 		 257 aa  176  4e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0612935  normal  0.787561 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5044  ABC-2 type transporter  35.74 
 
 		 256 aa  176  5e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.917306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4521  ABC-2 type transporter  35.74 
 
 		 256 aa  176  5e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0652  hypothetical protein  37.65 
 
 		 256 aa  175  6e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2121  ABC transporter, permease protein  37.8 
 
 		 254 aa  175  7e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1171  16S rRNA processing protein RimM  37.3 
 
 		 257 aa  175  7e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.730617  hitchhiker  0.000000152208 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1095  hypothetical protein  41.67 
 
 		 290 aa  175  7e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1352  hypothetical protein  36.51 
 
 		 257 aa  174  9.999999999999999e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000725132  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00127  predicted transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  36.8 
 
 		 256 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3474  ABC-2 type transporter  36.8 
 
 		 256 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0607  ABC-2 type transporter  37.7 
 
 		 271 aa  174  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.837549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0831  ABC-2 type transporter  37.25 
 
 		 256 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0138  ABC transporter, permease protein  36.8 
 
 		 256 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0836  ABC transporter, inner membrane subunit  39.92 
 
 		 253 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00126  hypothetical protein  36.8 
 
 		 256 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0132  ABC transporter, permease protein  36.8 
 
 		 256 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0130  ABC transporter, permease protein  36.8 
 
 		 256 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3531  ABC-2 type transporter  36.8 
 
 		 256 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0136  ABC transporter, permease protein  36.8 
 
 		 256 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0427  ABC transporter, inner membrane subunit  36.11 
 
 		 257 aa  172  2.9999999999999996e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0559  ABC transporter permease protein  35.29 
 
 		 259 aa  172  3.9999999999999995e-42  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3854  ABC transporter, permease protein  35.41 
 
 		 262 aa  172  5e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.605289  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3121  ABC-2 type transporter  37.45 
 
 		 256 aa  172  5.999999999999999e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>