More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_3690 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_3690  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  100 
 
 
491 aa  972    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.391491  normal  0.0380189 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1295  RNA methyltransferase, TrmA family  31.16 
 
 
436 aa  182  8.000000000000001e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1599  (Uracil-5)-methyltransferase  34.94 
 
 
438 aa  178  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.514377  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1504  (Uracil-5)-methyltransferase  34.59 
 
 
438 aa  175  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.695075  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2144  RNA methyltransferase  30.85 
 
 
439 aa  172  9e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.090086  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2360  (Uracil-5)-methyltransferase  33.68 
 
 
438 aa  169  1e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1912  RNA methyltransferase  31.54 
 
 
473 aa  167  5.9999999999999996e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000182205  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0963  RNA methyltransferase, TrmA family  31.46 
 
 
457 aa  165  2.0000000000000002e-39  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.128465  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1192  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.57 
 
 
468 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000506489  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1748  RNA methyltransferase  32.41 
 
 
438 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0364333  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0412  RNA methyltransferase  27.27 
 
 
458 aa  163  8.000000000000001e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1551  RNA methyltransferase  29.61 
 
 
434 aa  162  9e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000011157  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2766  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.58 
 
 
450 aa  161  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000280871  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1783  RNA methyltransferase  31.98 
 
 
446 aa  162  2e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0406  RNA methyltransferase  26.54 
 
 
459 aa  161  3e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3549  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  32.46 
 
 
449 aa  160  3e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.029326  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2158  RNA methyltransferase, TrmA family  33.26 
 
 
438 aa  160  4e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2225  tRNA (uracil-5-) -methyltransferase  26.96 
 
 
419 aa  160  4e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1509  (Uracil-5)-methyltransferase  31.53 
 
 
482 aa  159  1e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0428  RNA methyltransferase, TrmA family  28.63 
 
 
460 aa  157  3e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2249  RNA methyltransferase, TrmA family  26.92 
 
 
458 aa  157  3e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.79134  hitchhiker  0.00749966 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3618  RNA methyltransferase  29.03 
 
 
424 aa  157  3e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.22847  normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1849  RNA methyltransferase, TrmA family  31.32 
 
 
437 aa  156  6e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0542  RNA methyltransferase  27.12 
 
 
459 aa  156  7e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.016081  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0404  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  27.12 
 
 
459 aa  155  1e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.039244  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0400  RNA methyltransferase  27.12 
 
 
459 aa  155  1e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.955809  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0703  RNA methyltransferase, TrmA family  24.69 
 
 
448 aa  155  1e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0472  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  27.12 
 
 
459 aa  155  1e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0491  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  27.12 
 
 
459 aa  155  1e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.116806  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1835  23S rRNA methyltransferase/RumA  31.78 
 
 
440 aa  155  2e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0118794  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1252  RNA methyltransferase  29.72 
 
 
440 aa  155  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0113803  normal  0.599775 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4832  RNA methyltransferase, TrmA family  27.12 
 
 
459 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000374128  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3145  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.7 
 
 
450 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000412374  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0414  RNA methyltransferase  27.08 
 
 
459 aa  154  4e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.340399  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0426  RNA methyltransferase  27.08 
 
 
459 aa  154  4e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0848  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  32.31 
 
 
442 aa  152  8.999999999999999e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000210259  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0542  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  26.13 
 
 
459 aa  152  8.999999999999999e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000351254  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3147  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.85 
 
 
450 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0637752  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3290  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.92 
 
 
450 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0140033  hitchhiker  0.000775175 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3390  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  32.31 
 
 
449 aa  150  3e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02988  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1201  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  32.31 
 
 
444 aa  150  4e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0455461  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0241  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  30.67 
 
 
455 aa  150  5e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.468571  normal  0.547918 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1224  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.7 
 
 
450 aa  150  5e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00249304  hitchhiker  0.000020369 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1583  RNA methyltransferase, TrmA family  28.6 
 
 
446 aa  150  6e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000730131  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.11 
 
 
449 aa  150  6e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0268238  normal  0.546108 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1308  RNA methyltransferase, TrmA family  27.52 
 
 
467 aa  149  8e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1048  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.39 
 
 
455 aa  149  8e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00366869  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3456  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.15 
 
 
449 aa  149  9e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1197  RNA methyltransferase  26.89 
 
 
454 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000142692  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.17 
 
 
463 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0371274  normal  0.891306 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1176  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.15 
 
 
463 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0393959  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0850  RNA methyltransferase, TrmA family  29.09 
 
 
407 aa  149  2.0000000000000003e-34  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2058  RNA methyltransferase, TrmA family  32.98 
 
 
438 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1181  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.76 
 
 
445 aa  147  3e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0405802  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0028  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.98 
 
 
434 aa  147  4.0000000000000006e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2261  RNA methyltransferase  26.54 
 
 
457 aa  146  1e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000592232  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1649  RNA methyltransferase  27.67 
 
 
439 aa  145  2e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3354  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.97 
 
 
443 aa  145  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0093271  hitchhiker  0.000473524 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0348  RNA methyltransferase  26.38 
 
 
455 aa  145  2e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.359971  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1722  RNA methyltransferase  26.57 
 
 
439 aa  144  3e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3305  RNA methyltransferase, TrmA family  30.25 
 
 
460 aa  144  4e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1412  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  25.6 
 
 
444 aa  143  5e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0094  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.57 
 
 
439 aa  144  5e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.146255  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0851  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  30.04 
 
 
432 aa  143  9e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0954916  hitchhiker  0.000117621 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0357  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  25.96 
 
 
455 aa  142  9e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.820235  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1032  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.07 
 
 
443 aa  143  9e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0127983  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0814  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.07 
 
 
444 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.034918  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1102  RNA methyltransferase, TrmA family  31.47 
 
 
446 aa  140  4.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1572  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  25.22 
 
 
444 aa  140  4.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1898  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  29.9 
 
 
443 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.75216  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0005  TrmA family RNA methyltransferase  27.75 
 
 
468 aa  139  1e-31  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2239  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.57 
 
 
449 aa  139  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0467  RNA methyltransferase, TrmA family  26.36 
 
 
454 aa  139  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1715  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  30.27 
 
 
449 aa  139  2e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.167025  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4577  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.92 
 
 
452 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4116  23S rRNA (Uracil-5-)-methyltransferase  27.97 
 
 
469 aa  137  3.0000000000000003e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03529  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.04 
 
 
439 aa  137  4e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0138  (Uracil-5)-methyltransferase  27.77 
 
 
441 aa  137  4e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00300358 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1480  RNA methyltransferase, TrmA family  28.39 
 
 
442 aa  137  5e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1286  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.53 
 
 
442 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0270354  unclonable  0.00000000011365 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3004  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.32 
 
 
441 aa  136  8e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.202299  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1751  RNA methyltransferase  26.43 
 
 
453 aa  136  8e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00216476  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3623  RNA methyltransferase, TrmA family  26.69 
 
 
481 aa  136  9e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1585  RNA methyltransferase  28.89 
 
 
471 aa  136  9e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.953972  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03000  RNA methyltransferase, TrmA family  28.72 
 
 
453 aa  135  9.999999999999999e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0232  RNA methyltransferase, TrmA family  22.66 
 
 
419 aa  135  9.999999999999999e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000193721  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52190  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.12 
 
 
450 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.159289 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1544  RNA methyltransferase  25.75 
 
 
435 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.144945  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4802  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  26.71 
 
 
485 aa  135  1.9999999999999998e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.810738  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3237  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.6 
 
 
431 aa  135  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0193521  normal  0.0341148 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3098  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.85 
 
 
431 aa  134  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000185167  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0455  RNA methyltransferase, TrmA family  24.39 
 
 
451 aa  134  3.9999999999999996e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1688  RNA methyltransferase, TrmA family  29.66 
 
 
476 aa  134  3.9999999999999996e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.618499 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3277  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.85 
 
 
431 aa  134  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0400124  normal  0.0635589 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3179  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.07 
 
 
431 aa  134  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0330224  normal  0.448815 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2413  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.47 
 
 
482 aa  133  6.999999999999999e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.798593  normal  0.546422 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1435  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.88 
 
 
482 aa  133  6.999999999999999e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2704  RNA methyltransferase, TrmA family  27.53 
 
 
397 aa  133  6.999999999999999e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000380281  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002503  23S rRNA (Uracil-5-)-methyltransferase rumA  26.46 
 
 
439 aa  133  7.999999999999999e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.088353  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2030  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.95 
 
 
440 aa  133  7.999999999999999e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000223089  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>