More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0899 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0899  methionyl-tRNA formyltransferase  100 
 
 		 327 aa  662    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1966  methionyl-tRNA formyltransferase  57.93 
 
 		 328 aa  353  2.9999999999999997e-96  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.417449  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1722  methionyl-tRNA formyltransferase  52.37 
 
 		 318 aa  273  2.0000000000000002e-72  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  decreased coverage  0.000240612  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18090  methionyl-tRNA formyltransferase  50.47 
 
 		 315 aa  266  2.9999999999999995e-70  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.783991  normal  0.456867 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2825  methionyl-tRNA formyltransferase  48.25 
 
 		 309 aa  263  3e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.612911  normal  0.129861 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2442  methionyl-tRNA formyltransferase  47.47 
 
 		 316 aa  263  3e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0870633  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12770  methionyl-tRNA formyltransferase  47.42 
 
 		 336 aa  263  3e-69  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.348945  normal  0.0208178 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1368  methionyl-tRNA formyltransferase  48.58 
 
 		 309 aa  261  8e-69  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0580352 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0854  methionyl-tRNA formyltransferase  47.63 
 
 		 311 aa  257  2e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0108509  normal  0.16685 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1075  methionyl-tRNA formyltransferase  48.73 
 
 		 310 aa  256  3e-67  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0107606  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3099  methionyl-tRNA formyltransferase  46.39 
 
 		 315 aa  255  9e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.725666 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15680  methionyl-tRNA formyltransferase  47.3 
 
 		 307 aa  251  1e-65  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.153254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4156  methionyl-tRNA formyltransferase  48.89 
 
 		 307 aa  249  5e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.413206  hitchhiker  0.00887894 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5224  methionyl-tRNA formyltransferase  46.2 
 
 		 310 aa  248  1e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.373009  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1665  methionyl-tRNA formyltransferase  46.96 
 
 		 306 aa  246  4e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000612853 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3000  methionyl-tRNA formyltransferase  46.69 
 
 		 308 aa  246  4e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0437614  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1855  methionyl-tRNA formyltransferase  46.67 
 
 		 319 aa  244  9.999999999999999e-64  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.1017  normal  0.411821 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3730  methionyl-tRNA formyltransferase  46.98 
 
 		 310 aa  241  9e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.132882  normal  0.0191381 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1869  methionyl-tRNA formyltransferase  45.51 
 
 		 308 aa  241  1e-62  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.573172 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3119  methionyl-tRNA formyltransferase  45.86 
 
 		 309 aa  241  2e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1313  methionyl-tRNA formyltransferase  45.82 
 
 		 311 aa  240  2e-62  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.141722 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3190  methionyl-tRNA formyltransferase  45.77 
 
 		 337 aa  239  4e-62  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000305844  normal  0.338989 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16130  methionyl-tRNA formyltransferase  45.43 
 
 		 317 aa  237  2e-61  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.452628  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1862  methionyl-tRNA formyltransferase  43.96 
 
 		 308 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.875118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2687  methionyl-tRNA formyltransferase  45.03 
 
 		 310 aa  233  3e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.225803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1278  methionyl-tRNA formyltransferase  45.34 
 
 		 324 aa  232  6e-60  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0156282  normal  0.148843 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2575  methionyl-tRNA formyltransferase  45.11 
 
 		 308 aa  232  7.000000000000001e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0532653 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1671  methionyl-tRNA formyltransferase  46.01 
 
 		 306 aa  231  1e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.563662  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11435  methionyl-tRNA formyltransferase  46.88 
 
 		 312 aa  228  1e-58  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.682601  normal  0.406209 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2984  methionyl-tRNA formyltransferase  43.17 
 
 		 306 aa  227  2e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1719  methionyl-tRNA formyltransferase  45.57 
 
 		 311 aa  226  3e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.296625  hitchhiker  0.00236307 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2048  methionyl-tRNA formyltransferase  44.06 
 
 		 311 aa  226  4e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0469723 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2424  methionyl-tRNA formyltransferase  44.83 
 
 		 308 aa  222  7e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0902213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2383  methionyl-tRNA formyltransferase  44.83 
 
 		 308 aa  222  7e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0196795  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2430  methionyl-tRNA formyltransferase  44.83 
 
 		 308 aa  222  7e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.119113  normal  0.290903 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2350  methionyl-tRNA formyltransferase  46.37 
 
 		 313 aa  217  2e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.167189  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2567  methionyl-tRNA formyltransferase  43.71 
 
 		 311 aa  214  1.9999999999999998e-54  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.296174  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2096  methionyl-tRNA formyltransferase  39.68 
 
 		 314 aa  201  9.999999999999999e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.156857  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0090  methionyl-tRNA formyltransferase  39.68 
 
 		 314 aa  201  9.999999999999999e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0186427  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4228  methionyl-tRNA formyltransferase  39.88 
 
 		 312 aa  195  9e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.47776 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10800  methionyl-tRNA formyltransferase  41.99 
 
 		 366 aa  195  1e-48  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0126989  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1321  methionyl-tRNA formyltransferase  40.13 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.160366  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2023  methionyl-tRNA formyltransferase  38.11 
 
 		 323 aa  193  4e-48  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.030686 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4832  methionyl-tRNA formyltransferase  38.73 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000322713  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4239  methionyl-tRNA formyltransferase  41.56 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.856785  decreased coverage  0.00163892 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1928  methionyl-tRNA formyltransferase  40.88 
 
 		 307 aa  189  5.999999999999999e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7336  methionyl-tRNA formyltransferase  38.51 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.685492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3920  methionyl-tRNA formyltransferase  38.32 
 
 		 325 aa  187  2e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3583  methionyl-tRNA formyltransferase  38.56 
 
 		 315 aa  187  2e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.291651  normal  0.0987748 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2322  methionyl-tRNA formyltransferase  40.06 
 
 		 310 aa  186  3e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.103056  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3065  methionyl-tRNA formyltransferase  38.46 
 
 		 314 aa  186  4e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.38579  normal  0.372111 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0674  methionyl-tRNA formyltransferase  38.8 
 
 		 312 aa  186  4e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3737  methionyl-tRNA formyltransferase  40.58 
 
 		 324 aa  186  5e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00219855 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1599  methionyl-tRNA formyltransferase  40.06 
 
 		 309 aa  186  6e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0493449 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1864  methionyl-tRNA formyltransferase  40.25 
 
 		 307 aa  186  6e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03138  methionyl-tRNA formyltransferase  37.93 
 
 		 315 aa  186  7e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.511897  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  37.93 
 
 		 315 aa  186  7e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3481  methionyl-tRNA formyltransferase  37.93 
 
 		 315 aa  186  7e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000745387  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03089  hypothetical protein  37.93 
 
 		 315 aa  186  7e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  37.93 
 
 		 315 aa  186  7e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00147266 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4610  methionyl-tRNA formyltransferase  37.93 
 
 		 315 aa  185  7e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267184  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  38.78 
 
 		 321 aa  185  8e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3225  methionyl-tRNA formyltransferase  38.94 
 
 		 313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0188786 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3770  methionyl-tRNA formyltransferase  37.62 
 
 		 315 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0147386  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3672  methionyl-tRNA formyltransferase  37.93 
 
 		 315 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0080  methionyl-tRNA formyltransferase  37.65 
 
 		 310 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.450016  normal  0.0632026 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3774  methionyl-tRNA formyltransferase  37.62 
 
 		 315 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0642  methionyl-tRNA formyltransferase  39.63 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.183207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3711  methionyl-tRNA formyltransferase  37.62 
 
 		 315 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.734888  normal  0.143925 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2549  methionyl-tRNA formyltransferase  38.29 
 
 		 320 aa  184  3e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.31631  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3604  methionyl-tRNA formyltransferase  37.62 
 
 		 315 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0626  methionyl-tRNA formyltransferase  38.8 
 
 		 310 aa  183  3e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.274146  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3603  methionyl-tRNA formyltransferase  37.62 
 
 		 315 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.109792  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3676  methionyl-tRNA formyltransferase  37.62 
 
 		 315 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  37.27 
 
 		 318 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002056  methionyl-tRNA formyltransferase  38.78 
 
 		 315 aa  182  5.0000000000000004e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0196  methionyl-tRNA formyltransferase  39.18 
 
 		 318 aa  182  6e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00869838  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  37.27 
 
 		 318 aa  182  6e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109779 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2844  methionyl-tRNA formyltransferase  40.32 
 
 		 308 aa  182  7e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0943  methionyl-tRNA formyltransferase  38.28 
 
 		 326 aa  182  8.000000000000001e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  36.86 
 
 		 318 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0905739 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0028  methionyl-tRNA formyltransferase  36.86 
 
 		 318 aa  181  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.709441  hitchhiker  0.00475764 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  38.89 
 
 		 318 aa  181  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0034  methionyl-tRNA formyltransferase  36.86 
 
 		 318 aa  181  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000257015 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  36.96 
 
 		 318 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  36.86 
 
 		 318 aa  180  2e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  36.81 
 
 		 318 aa  181  2e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00392  methionyl-tRNA formyltransferase  39.1 
 
 		 315 aa  181  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0192  methionyl-tRNA formyltransferase  37.81 
 
 		 312 aa  180  2e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  36.96 
 
 		 318 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000188499 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0034  methionyl-tRNA formyltransferase  37.3 
 
 		 329 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0590691 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4748  methionyl-tRNA formyltransferase  39.45 
 
 		 310 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.130868  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1635  methionyl-tRNA formyltransferase  39.25 
 
 		 309 aa  179  4e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.138536  normal  0.117912 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0355  methionyl-tRNA formyltransferase  37.19 
 
 		 313 aa  179  4.999999999999999e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.36252  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1917  methionyl-tRNA formyltransferase  39.25 
 
 		 309 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.741308  normal  0.233989 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0875  methionyl-tRNA formyltransferase  37.7 
 
 		 302 aa  178  9e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3694  methionyl-tRNA formyltransferase  38.32 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0037  methionyl-tRNA formyltransferase  37.3 
 
 		 320 aa  178  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.553222 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4568  methionyl-tRNA formyltransferase  38.08 
 
 		 312 aa  177  2e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0042  methionyl-tRNA formyltransferase  37.62 
 
 		 320 aa  177  2e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.601603  normal  0.144256 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>