More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_1313 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_1313  methionyl-tRNA formyltransferase  100 
 
 		 311 aa  599  1e-170  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.141722 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18090  methionyl-tRNA formyltransferase  62.5 
 
 		 315 aa  351  8e-96  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.783991  normal  0.456867 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1855  methionyl-tRNA formyltransferase  62.62 
 
 		 319 aa  333  2e-90  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.1017  normal  0.411821 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3000  methionyl-tRNA formyltransferase  58.01 
 
 		 308 aa  331  9e-90  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0437614  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1722  methionyl-tRNA formyltransferase  58.63 
 
 		 318 aa  319  3e-86  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  decreased coverage  0.000240612  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3099  methionyl-tRNA formyltransferase  56.47 
 
 		 315 aa  315  5e-85  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.725666 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1368  methionyl-tRNA formyltransferase  57.23 
 
 		 309 aa  313  1.9999999999999998e-84  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0580352 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1075  methionyl-tRNA formyltransferase  57.69 
 
 		 310 aa  312  4.999999999999999e-84  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0107606  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2825  methionyl-tRNA formyltransferase  57.38 
 
 		 309 aa  311  5.999999999999999e-84  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.612911  normal  0.129861 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3119  methionyl-tRNA formyltransferase  56.63 
 
 		 309 aa  312  5.999999999999999e-84  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2442  methionyl-tRNA formyltransferase  56.35 
 
 		 316 aa  310  2e-83  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0870633  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1869  methionyl-tRNA formyltransferase  56.23 
 
 		 308 aa  308  9e-83  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.573172 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2350  methionyl-tRNA formyltransferase  59.22 
 
 		 313 aa  306  3e-82  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.167189  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0854  methionyl-tRNA formyltransferase  56.58 
 
 		 311 aa  305  5.0000000000000004e-82  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0108509  normal  0.16685 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12770  methionyl-tRNA formyltransferase  53.94 
 
 		 336 aa  303  3.0000000000000004e-81  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.348945  normal  0.0208178 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1862  methionyl-tRNA formyltransferase  55.91 
 
 		 308 aa  301  7.000000000000001e-81  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.875118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15680  methionyl-tRNA formyltransferase  55.63 
 
 		 307 aa  301  9e-81  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.153254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3190  methionyl-tRNA formyltransferase  53.4 
 
 		 337 aa  300  3e-80  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000305844  normal  0.338989 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2575  methionyl-tRNA formyltransferase  53.53 
 
 		 308 aa  296  4e-79  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0532653 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2687  methionyl-tRNA formyltransferase  56.31 
 
 		 310 aa  291  8e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.225803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2424  methionyl-tRNA formyltransferase  56.96 
 
 		 308 aa  291  9e-78  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0902213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2383  methionyl-tRNA formyltransferase  56.96 
 
 		 308 aa  291  9e-78  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0196795  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2430  methionyl-tRNA formyltransferase  56.96 
 
 		 308 aa  291  9e-78  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.119113  normal  0.290903 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1665  methionyl-tRNA formyltransferase  55.48 
 
 		 306 aa  290  2e-77  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000612853 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3730  methionyl-tRNA formyltransferase  57.19 
 
 		 310 aa  290  2e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.132882  normal  0.0191381 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5224  methionyl-tRNA formyltransferase  53.67 
 
 		 310 aa  290  2e-77  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.373009  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1719  methionyl-tRNA formyltransferase  55.84 
 
 		 311 aa  290  3e-77  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.296625  hitchhiker  0.00236307 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2984  methionyl-tRNA formyltransferase  53.85 
 
 		 306 aa  289  4e-77  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1278  methionyl-tRNA formyltransferase  50.31 
 
 		 324 aa  284  1.0000000000000001e-75  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0156282  normal  0.148843 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4156  methionyl-tRNA formyltransferase  55.05 
 
 		 307 aa  284  2.0000000000000002e-75  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.413206  hitchhiker  0.00887894 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1671  methionyl-tRNA formyltransferase  55.96 
 
 		 306 aa  283  3.0000000000000004e-75  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.563662  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11435  methionyl-tRNA formyltransferase  54.4 
 
 		 312 aa  281  1e-74  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.682601  normal  0.406209 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1966  methionyl-tRNA formyltransferase  48.91 
 
 		 328 aa  280  2e-74  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.417449  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2048  methionyl-tRNA formyltransferase  54.31 
 
 		 311 aa  277  2e-73  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0469723 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2567  methionyl-tRNA formyltransferase  56.73 
 
 		 311 aa  276  3e-73  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.296174  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16130  methionyl-tRNA formyltransferase  48.88 
 
 		 317 aa  271  8.000000000000001e-72  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.452628  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0899  methionyl-tRNA formyltransferase  46.6 
 
 		 327 aa  244  9.999999999999999e-64  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10800  methionyl-tRNA formyltransferase  47.25 
 
 		 366 aa  230  2e-59  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0126989  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0192  methionyl-tRNA formyltransferase  38.02 
 
 		 312 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0143  methionyl-tRNA formyltransferase  40.51 
 
 		 312 aa  211  1e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0856282  normal  0.608581 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03138  methionyl-tRNA formyltransferase  39.74 
 
 		 315 aa  209  6e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.511897  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  39.74 
 
 		 315 aa  209  6e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03089  hypothetical protein  39.74 
 
 		 315 aa  209  6e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  39.74 
 
 		 315 aa  209  6e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00147266 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3481  methionyl-tRNA formyltransferase  39.74 
 
 		 315 aa  209  6e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000745387  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3583  methionyl-tRNA formyltransferase  39.74 
 
 		 315 aa  208  1e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.291651  normal  0.0987748 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0469  methionyl-tRNA formyltransferase  42.62 
 
 		 301 aa  208  1e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.516302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4748  methionyl-tRNA formyltransferase  43.83 
 
 		 310 aa  207  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.130868  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3672  methionyl-tRNA formyltransferase  39.41 
 
 		 315 aa  207  2e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1592  methionyl-tRNA formyltransferase  42.49 
 
 		 359 aa  207  2e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1599  methionyl-tRNA formyltransferase  44.48 
 
 		 309 aa  207  2e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0493449 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3770  methionyl-tRNA formyltransferase  39.09 
 
 		 315 aa  207  2e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0147386  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4610  methionyl-tRNA formyltransferase  39.41 
 
 		 315 aa  207  2e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267184  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4239  methionyl-tRNA formyltransferase  45.34 
 
 		 310 aa  204  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.856785  decreased coverage  0.00163892 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00021  methionyl-tRNA formyltransferase  39 
 
 		 312 aa  204  2e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3711  methionyl-tRNA formyltransferase  39.74 
 
 		 315 aa  202  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.734888  normal  0.143925 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3774  methionyl-tRNA formyltransferase  39.74 
 
 		 315 aa  202  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3676  methionyl-tRNA formyltransferase  39.74 
 
 		 315 aa  202  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3604  methionyl-tRNA formyltransferase  39.74 
 
 		 315 aa  202  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3603  methionyl-tRNA formyltransferase  39.74 
 
 		 315 aa  202  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.109792  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0262  methionyl-tRNA formyltransferase  41.08 
 
 		 310 aa  202  8e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1231  methionyl-tRNA formyltransferase  36.04 
 
 		 314 aa  200  1.9999999999999998e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000178496  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0244  methionyl-tRNA formyltransferase  36.86 
 
 		 315 aa  200  3e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0178  methionyl-tRNA formyltransferase  37.66 
 
 		 314 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3852  methionyl-tRNA formyltransferase  39.06 
 
 		 320 aa  199  3.9999999999999996e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  39.03 
 
 		 310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.217446 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1635  methionyl-tRNA formyltransferase  44.52 
 
 		 309 aa  198  7e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.138536  normal  0.117912 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1321  methionyl-tRNA formyltransferase  42.11 
 
 		 314 aa  198  7.999999999999999e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.160366  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0042  methionyl-tRNA formyltransferase  37.1 
 
 		 311 aa  198  7.999999999999999e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4568  methionyl-tRNA formyltransferase  42.58 
 
 		 312 aa  198  9e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  38.71 
 
 		 310 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417966  decreased coverage  0.00000000000000611556 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0196  methionyl-tRNA formyltransferase  40.19 
 
 		 318 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00869838  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09900  methionyl-tRNA formyltransferase  35.46 
 
 		 316 aa  196  3e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0074  methionyl-tRNA formyltransferase  36.21 
 
 		 321 aa  196  3e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1755  methionyl-tRNA formyltransferase  33.55 
 
 		 310 aa  197  3e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3147  methionyl-tRNA formyltransferase  43.63 
 
 		 313 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.222101  normal  0.377579 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0067  methionyl-tRNA formyltransferase  38.71 
 
 		 310 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.196453  unclonable  0.000000439837 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  37.86 
 
 		 319 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000109798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0086  methionyl-tRNA formyltransferase  38.02 
 
 		 310 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2251  hitchhiker  0.0000000986218 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0642  methionyl-tRNA formyltransferase  42.72 
 
 		 297 aa  196  6e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.183207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  37.9 
 
 		 315 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002056  methionyl-tRNA formyltransferase  38.13 
 
 		 315 aa  195  9e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2096  methionyl-tRNA formyltransferase  37.54 
 
 		 314 aa  194  1e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.156857  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3883  methionyl-tRNA formyltransferase  37.1 
 
 		 315 aa  194  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00162165  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0614  methionyl-tRNA formyltransferase  37.1 
 
 		 315 aa  194  1e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00549944  normal  0.0281332 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0315  methionyl-tRNA formyltransferase  37.1 
 
 		 315 aa  194  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0090  methionyl-tRNA formyltransferase  37.54 
 
 		 314 aa  194  1e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0186427  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3304  methionyl-tRNA formyltransferase  43.42 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0607232  normal  0.664052 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2549  methionyl-tRNA formyltransferase  38.66 
 
 		 320 aa  194  2e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.31631  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3719  methionyl-tRNA formyltransferase  36.22 
 
 		 315 aa  194  2e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.236435  hitchhiker  0.00730816 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0975  methionyl-tRNA formyltransferase  40.19 
 
 		 306 aa  192  5e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.569216  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3339  methionyl-tRNA formyltransferase  34.97 
 
 		 311 aa  192  6e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.376602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0019  methionyl-tRNA formyltransferase  38.51 
 
 		 310 aa  192  6e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107334  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2844  methionyl-tRNA formyltransferase  41.39 
 
 		 308 aa  192  7e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2272  methionyl-tRNA formyltransferase  40.13 
 
 		 320 aa  192  8e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00775496 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00392  methionyl-tRNA formyltransferase  37.92 
 
 		 315 aa  192  9e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1034  methionyl-tRNA formyltransferase  39.87 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.79271  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1490  methionyl-tRNA formyltransferase  35.6 
 
 		 316 aa  191  1e-47  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1572  methionyl-tRNA formyltransferase  34.72 
 
 		 332 aa  191  1e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0393  methionyl-tRNA formyltransferase  40.13 
 
 		 311 aa  191  1e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>