More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3190 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3190  methionyl-tRNA formyltransferase  100 
 
 		 337 aa  642    Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000305844  normal  0.338989 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1719  methionyl-tRNA formyltransferase  69.75 
 
 		 311 aa  419  1e-116  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.296625  hitchhiker  0.00236307 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1368  methionyl-tRNA formyltransferase  63.12 
 
 		 309 aa  375  1e-103  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0580352 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2825  methionyl-tRNA formyltransferase  62.77 
 
 		 309 aa  375  1e-103  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.612911  normal  0.129861 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3000  methionyl-tRNA formyltransferase  62.35 
 
 		 308 aa  374  1e-102  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0437614  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15680  methionyl-tRNA formyltransferase  60.44 
 
 		 307 aa  372  1e-102  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.153254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5224  methionyl-tRNA formyltransferase  61.73 
 
 		 310 aa  360  1e-98  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.373009  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1869  methionyl-tRNA formyltransferase  59.88 
 
 		 308 aa  359  3e-98  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.573172 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0854  methionyl-tRNA formyltransferase  62.15 
 
 		 311 aa  358  9.999999999999999e-98  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0108509  normal  0.16685 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1862  methionyl-tRNA formyltransferase  60.49 
 
 		 308 aa  357  1.9999999999999998e-97  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.875118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2442  methionyl-tRNA formyltransferase  57.85 
 
 		 316 aa  354  1e-96  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0870633  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3099  methionyl-tRNA formyltransferase  57.1 
 
 		 315 aa  344  1e-93  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.725666 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1075  methionyl-tRNA formyltransferase  58.77 
 
 		 310 aa  341  1e-92  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0107606  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1278  methionyl-tRNA formyltransferase  56.71 
 
 		 324 aa  338  9.999999999999999e-92  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0156282  normal  0.148843 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2575  methionyl-tRNA formyltransferase  57.05 
 
 		 308 aa  334  1e-90  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0532653 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18090  methionyl-tRNA formyltransferase  57.67 
 
 		 315 aa  328  8e-89  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.783991  normal  0.456867 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2687  methionyl-tRNA formyltransferase  58.26 
 
 		 310 aa  327  1.0000000000000001e-88  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.225803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3730  methionyl-tRNA formyltransferase  58.99 
 
 		 310 aa  319  3e-86  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.132882  normal  0.0191381 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12770  methionyl-tRNA formyltransferase  54.63 
 
 		 336 aa  319  3.9999999999999996e-86  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.348945  normal  0.0208178 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11435  methionyl-tRNA formyltransferase  57.55 
 
 		 312 aa  318  7e-86  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.682601  normal  0.406209 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2350  methionyl-tRNA formyltransferase  56.17 
 
 		 313 aa  317  2e-85  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.167189  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1722  methionyl-tRNA formyltransferase  57.54 
 
 		 318 aa  317  2e-85  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  decreased coverage  0.000240612  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1855  methionyl-tRNA formyltransferase  56.75 
 
 		 319 aa  316  3e-85  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.1017  normal  0.411821 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2984  methionyl-tRNA formyltransferase  55.56 
 
 		 306 aa  313  2.9999999999999996e-84  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2424  methionyl-tRNA formyltransferase  57.55 
 
 		 308 aa  313  2.9999999999999996e-84  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0902213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2383  methionyl-tRNA formyltransferase  57.55 
 
 		 308 aa  313  2.9999999999999996e-84  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0196795  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2430  methionyl-tRNA formyltransferase  57.55 
 
 		 308 aa  313  2.9999999999999996e-84  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.119113  normal  0.290903 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4156  methionyl-tRNA formyltransferase  56.31 
 
 		 307 aa  312  3.9999999999999997e-84  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.413206  hitchhiker  0.00887894 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3119  methionyl-tRNA formyltransferase  55.45 
 
 		 309 aa  310  2e-83  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2567  methionyl-tRNA formyltransferase  55.69 
 
 		 311 aa  303  3.0000000000000004e-81  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.296174  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2048  methionyl-tRNA formyltransferase  54.74 
 
 		 311 aa  303  3.0000000000000004e-81  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0469723 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16130  methionyl-tRNA formyltransferase  50.31 
 
 		 317 aa  285  1.0000000000000001e-75  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.452628  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1313  methionyl-tRNA formyltransferase  52.16 
 
 		 311 aa  277  2e-73  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.141722 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1665  methionyl-tRNA formyltransferase  50 
 
 		 306 aa  276  4e-73  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000612853 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1671  methionyl-tRNA formyltransferase  52.53 
 
 		 306 aa  268  1e-70  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.563662  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1966  methionyl-tRNA formyltransferase  46.04 
 
 		 328 aa  265  1e-69  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.417449  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0899  methionyl-tRNA formyltransferase  45.77 
 
 		 327 aa  231  1e-59  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0143  methionyl-tRNA formyltransferase  38.89 
 
 		 312 aa  225  8e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0856282  normal  0.608581 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0196  methionyl-tRNA formyltransferase  48.57 
 
 		 318 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00869838  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10800  methionyl-tRNA formyltransferase  46.3 
 
 		 366 aa  215  9e-55  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0126989  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0642  methionyl-tRNA formyltransferase  41.77 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.183207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3339  methionyl-tRNA formyltransferase  37.54 
 
 		 311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.376602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2535  methionyl-tRNA formyltransferase  39.56 
 
 		 302 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.614949  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0649  methionyl-tRNA formyltransferase  37.23 
 
 		 318 aa  212  5.999999999999999e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.95229e-24 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4610  methionyl-tRNA formyltransferase  40.13 
 
 		 315 aa  210  3e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0875  methionyl-tRNA formyltransferase  38.94 
 
 		 302 aa  210  4e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3672  methionyl-tRNA formyltransferase  40.13 
 
 		 315 aa  209  4e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03138  methionyl-tRNA formyltransferase  40.13 
 
 		 315 aa  209  5e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.511897  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  40.13 
 
 		 315 aa  209  5e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  40.13 
 
 		 315 aa  209  5e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00147266 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  45.91 
 
 		 319 aa  209  5e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000109798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3481  methionyl-tRNA formyltransferase  40.13 
 
 		 315 aa  209  5e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000745387  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03089  hypothetical protein  40.13 
 
 		 315 aa  209  5e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3770  methionyl-tRNA formyltransferase  39.81 
 
 		 315 aa  209  6e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0147386  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3583  methionyl-tRNA formyltransferase  44.9 
 
 		 315 aa  209  6e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.291651  normal  0.0987748 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0635  methionyl-tRNA formyltransferase  36.31 
 
 		 318 aa  209  7e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0157901  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0192  methionyl-tRNA formyltransferase  36 
 
 		 312 aa  209  7e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2844  methionyl-tRNA formyltransferase  41.72 
 
 		 308 aa  208  1e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0446  methionyl-tRNA formyltransferase  40 
 
 		 311 aa  208  1e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0178  methionyl-tRNA formyltransferase  45.91 
 
 		 314 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0054  methionyl-tRNA formyltransferase  45.53 
 
 		 314 aa  207  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0151  methionyl-tRNA formyltransferase  38.63 
 
 		 302 aa  206  3e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.338305  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0943  methionyl-tRNA formyltransferase  40.16 
 
 		 326 aa  205  9e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3711  methionyl-tRNA formyltransferase  40.13 
 
 		 315 aa  205  9e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.734888  normal  0.143925 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  44.75 
 
 		 310 aa  205  9e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417966  decreased coverage  0.00000000000000611556 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3774  methionyl-tRNA formyltransferase  40.13 
 
 		 315 aa  205  9e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3604  methionyl-tRNA formyltransferase  40.13 
 
 		 315 aa  205  9e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0864  methionyl-tRNA formyltransferase  35.38 
 
 		 311 aa  205  9e-52  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000069502  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3676  methionyl-tRNA formyltransferase  40.13 
 
 		 315 aa  205  9e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3603  methionyl-tRNA formyltransferase  40.13 
 
 		 315 aa  205  9e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.109792  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0019  methionyl-tRNA formyltransferase  45.53 
 
 		 310 aa  205  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107334  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3852  methionyl-tRNA formyltransferase  38.84 
 
 		 320 aa  205  1e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0130  methionyl-tRNA formyltransferase  36.06 
 
 		 317 aa  204  2e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0067  methionyl-tRNA formyltransferase  44.75 
 
 		 310 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.196453  unclonable  0.000000439837 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0469  methionyl-tRNA formyltransferase  38.89 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.516302  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0858  methionyl-tRNA formyltransferase  40.63 
 
 		 311 aa  204  2e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  44.36 
 
 		 310 aa  203  4e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.217446 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0042  methionyl-tRNA formyltransferase  43.67 
 
 		 311 aa  203  4e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0086  methionyl-tRNA formyltransferase  43.97 
 
 		 310 aa  202  6e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2251  hitchhiker  0.0000000986218 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002056  methionyl-tRNA formyltransferase  37.66 
 
 		 315 aa  201  9.999999999999999e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04056  methionyl-tRNA formyltransferase  46.62 
 
 		 307 aa  201  9.999999999999999e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3920  methionyl-tRNA formyltransferase  40.65 
 
 		 325 aa  201  9.999999999999999e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1705  methionyl-tRNA formyltransferase  35.98 
 
 		 317 aa  202  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09900  methionyl-tRNA formyltransferase  33.74 
 
 		 316 aa  200  1.9999999999999998e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0018  methionyl-tRNA formyltransferase  45.53 
 
 		 314 aa  200  3e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1524  methionyl-tRNA formyltransferase  37.5 
 
 		 320 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3883  methionyl-tRNA formyltransferase  37.42 
 
 		 315 aa  200  3.9999999999999996e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00162165  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0315  methionyl-tRNA formyltransferase  37.42 
 
 		 315 aa  200  3.9999999999999996e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0614  methionyl-tRNA formyltransferase  37.42 
 
 		 315 aa  200  3.9999999999999996e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00549944  normal  0.0281332 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1928  methionyl-tRNA formyltransferase  48.58 
 
 		 307 aa  199  5e-50  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0898  methionyl-tRNA formyltransferase  39.88 
 
 		 311 aa  199  5e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.212157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0597  methionyl-tRNA formyltransferase  39.43 
 
 		 309 aa  199  5e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.411489  normal  0.365023 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2040  methionyl-tRNA formyltransferase  37.8 
 
 		 369 aa  199  7e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4512  methionyl-tRNA formyltransferase  37.22 
 
 		 314 aa  198  1.0000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.017466  hitchhiker  0.000185831 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00190  methionyl-tRNA formyltransferase  45.91 
 
 		 314 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.767541  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0568  methionyl-tRNA formyltransferase  34.86 
 
 		 311 aa  197  2.0000000000000003e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000116959  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0438  methionyl-tRNA formyltransferase  43.67 
 
 		 313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1864  methionyl-tRNA formyltransferase  47.77 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0819  methionyl-tRNA formyltransferase  36.31 
 
 		 313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3225  methionyl-tRNA formyltransferase  39.69 
 
 		 313 aa  197  3e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0188786 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>