More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG2023 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PG2023  methionyl-tRNA formyltransferase  100 
 
 		 323 aa  667    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.030686 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0138  methionyl-tRNA formyltransferase  45.57 
 
 		 315 aa  293  4e-78  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.483644  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4814  methionyl-tRNA formyltransferase  48.53 
 
 		 297 aa  293  4e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.223084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1490  methionyl-tRNA formyltransferase  45.91 
 
 		 316 aa  291  1e-77  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1221  methionyl-tRNA formyltransferase  48.4 
 
 		 304 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.820089  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6485  methionyl-tRNA formyltransferase  46.79 
 
 		 315 aa  286  2.9999999999999996e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.53373  normal  0.520037 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1053  methionyl-tRNA formyltransferase  47.32 
 
 		 312 aa  280  3e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1921  hypothetical protein  47.9 
 
 		 297 aa  267  1e-70  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09618  methionyl-tRNA formyltransferase  42.77 
 
 		 315 aa  267  2e-70  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.315311  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1570  methionyl-tRNA formyltransferase  45.16 
 
 		 302 aa  267  2e-70  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.117163  normal  0.223995 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2549  methionyl-tRNA formyltransferase  46.79 
 
 		 320 aa  267  2e-70  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.31631  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0898  methionyl-tRNA formyltransferase  42.68 
 
 		 311 aa  241  9e-63  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.212157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1592  methionyl-tRNA formyltransferase  43.31 
 
 		 359 aa  240  2.9999999999999997e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0858  methionyl-tRNA formyltransferase  42.04 
 
 		 311 aa  238  1e-61  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0899  methionyl-tRNA formyltransferase  41.82 
 
 		 317 aa  236  3e-61  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1570  methionyl-tRNA formyltransferase  40.88 
 
 		 317 aa  229  3e-59  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00793908 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0513  methionyl-tRNA formyltransferase  40.58 
 
 		 319 aa  226  4e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.690355  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1472  methionyl-tRNA formyltransferase  39.81 
 
 		 314 aa  224  2e-57  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0649  methionyl-tRNA formyltransferase  39.87 
 
 		 318 aa  223  3e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.95229e-24 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2844  methionyl-tRNA formyltransferase  41.51 
 
 		 308 aa  222  9e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0130  methionyl-tRNA formyltransferase  41.59 
 
 		 317 aa  220  1.9999999999999999e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1787  methionyl-tRNA formyltransferase  40.26 
 
 		 319 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0635  methionyl-tRNA formyltransferase  39.49 
 
 		 318 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0157901  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0244  methionyl-tRNA formyltransferase  39.87 
 
 		 315 aa  220  3e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3852  methionyl-tRNA formyltransferase  40.5 
 
 		 320 aa  219  3.9999999999999997e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0192  methionyl-tRNA formyltransferase  37.26 
 
 		 309 aa  219  7e-56  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0547193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0487  methionyl-tRNA formyltransferase  39.3 
 
 		 314 aa  218  1e-55  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3065  methionyl-tRNA formyltransferase  39.18 
 
 		 314 aa  216  2.9999999999999998e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.38579  normal  0.372111 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3217  methionyl-tRNA formyltransferase  40.89 
 
 		 316 aa  215  8e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163749  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0943  methionyl-tRNA formyltransferase  39.45 
 
 		 326 aa  214  9.999999999999999e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2232  methionyl-tRNA formyltransferase  38.41 
 
 		 313 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3177  methionyl-tRNA formyltransferase  36.08 
 
 		 315 aa  214  1.9999999999999998e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000345004  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0819  methionyl-tRNA formyltransferase  38.73 
 
 		 313 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3339  methionyl-tRNA formyltransferase  39.17 
 
 		 311 aa  212  5.999999999999999e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.376602  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1755  methionyl-tRNA formyltransferase  38.71 
 
 		 310 aa  211  1e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0042  methionyl-tRNA formyltransferase  35.92 
 
 		 311 aa  210  2e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0020  methionyl-tRNA formyltransferase  38.1 
 
 		 322 aa  209  3e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1529  methionyl-tRNA formyltransferase  37.97 
 
 		 312 aa  209  4e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.525395  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1705  methionyl-tRNA formyltransferase  37.74 
 
 		 317 aa  209  6e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4610  methionyl-tRNA formyltransferase  38.66 
 
 		 315 aa  209  6e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267184  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3672  methionyl-tRNA formyltransferase  38.91 
 
 		 315 aa  209  7e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03138  methionyl-tRNA formyltransferase  38.66 
 
 		 315 aa  208  9e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.511897  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  38.66 
 
 		 315 aa  208  9e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  38.66 
 
 		 315 aa  208  9e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00147266 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3481  methionyl-tRNA formyltransferase  38.66 
 
 		 315 aa  208  9e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000745387  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3694  methionyl-tRNA formyltransferase  39.24 
 
 		 310 aa  208  9e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03089  hypothetical protein  38.66 
 
 		 315 aa  208  9e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3770  methionyl-tRNA formyltransferase  38.34 
 
 		 315 aa  208  1e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0147386  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1231  methionyl-tRNA formyltransferase  35.33 
 
 		 314 aa  208  1e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000178496  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3583  methionyl-tRNA formyltransferase  38.66 
 
 		 315 aa  207  2e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.291651  normal  0.0987748 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00021  methionyl-tRNA formyltransferase  37.42 
 
 		 312 aa  207  2e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09900  methionyl-tRNA formyltransferase  36.08 
 
 		 316 aa  205  8e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3711  methionyl-tRNA formyltransferase  38.46 
 
 		 315 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.734888  normal  0.143925 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3676  methionyl-tRNA formyltransferase  38.46 
 
 		 315 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3604  methionyl-tRNA formyltransferase  38.46 
 
 		 315 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3774  methionyl-tRNA formyltransferase  38.46 
 
 		 315 aa  205  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3603  methionyl-tRNA formyltransferase  38.46 
 
 		 315 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.109792  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1063  methionyl-tRNA formyltransferase  35.58 
 
 		 318 aa  204  2e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7336  methionyl-tRNA formyltransferase  39.35 
 
 		 311 aa  203  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.685492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1928  methionyl-tRNA formyltransferase  39.87 
 
 		 307 aa  202  6e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0042  methionyl-tRNA formyltransferase  38.19 
 
 		 320 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.601603  normal  0.144256 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2313  methionyl-tRNA formyltransferase  37.42 
 
 		 312 aa  200  3e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.490925  hitchhiker  0.0006759 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3719  methionyl-tRNA formyltransferase  36.98 
 
 		 315 aa  200  3e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.236435  hitchhiker  0.00730816 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1864  methionyl-tRNA formyltransferase  39.55 
 
 		 307 aa  200  3e-50  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1714  methionyl-tRNA formyltransferase  38.91 
 
 		 309 aa  200  3e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1278  methionyl-tRNA formyltransferase  36.33 
 
 		 314 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.289128 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3965  methionyl-tRNA formyltransferase  36.22 
 
 		 314 aa  199  6e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0262  methionyl-tRNA formyltransferase  37.18 
 
 		 310 aa  199  6e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4156  methionyl-tRNA formyltransferase  37.86 
 
 		 307 aa  197  1.0000000000000001e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.413206  hitchhiker  0.00887894 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3000  methionyl-tRNA formyltransferase  38.17 
 
 		 308 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0437614  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0674  methionyl-tRNA formyltransferase  37.62 
 
 		 312 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  37.7 
 
 		 321 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0054  methionyl-tRNA formyltransferase  37.62 
 
 		 314 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0568  methionyl-tRNA formyltransferase  37.42 
 
 		 311 aa  197  2.0000000000000003e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000116959  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  37.62 
 
 		 318 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1678  methionyl-tRNA formyltransferase  38.73 
 
 		 318 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3790  methionyl-tRNA formyltransferase  37.58 
 
 		 315 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.243321  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1996  methionyl-tRNA formyltransferase  37.7 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  36.98 
 
 		 318 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109779 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0178  methionyl-tRNA formyltransferase  36.22 
 
 		 314 aa  197  3e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2040  methionyl-tRNA formyltransferase  36.06 
 
 		 369 aa  197  3e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  37.3 
 
 		 318 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000188499 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0079  methionyl-tRNA formyltransferase  38.14 
 
 		 316 aa  196  3e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3737  methionyl-tRNA formyltransferase  37.62 
 
 		 324 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00219855 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  36.98 
 
 		 318 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  36.98 
 
 		 318 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1075  methionyl-tRNA formyltransferase  38.51 
 
 		 310 aa  196  6e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0107606  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3584  methionyl-tRNA formyltransferase  38.26 
 
 		 307 aa  196  6e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04056  methionyl-tRNA formyltransferase  38.71 
 
 		 307 aa  196  6e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0393  methionyl-tRNA formyltransferase  37.58 
 
 		 311 aa  195  8.000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0028  methionyl-tRNA formyltransferase  37.3 
 
 		 318 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.709441  hitchhiker  0.00475764 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0034  methionyl-tRNA formyltransferase  37.1 
 
 		 318 aa  195  9e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000257015 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2518  methionyl-tRNA formyltransferase  34.69 
 
 		 314 aa  195  1e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000107655  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0080  methionyl-tRNA formyltransferase  37.42 
 
 		 310 aa  195  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.450016  normal  0.0632026 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  36.98 
 
 		 318 aa  194  1e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0905739 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0181  methionyl-tRNA formyltransferase  37.66 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.142178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  36.98 
 
 		 318 aa  194  1e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  36.31 
 
 		 330 aa  195  1e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1953  methionyl-tRNA formyltransferase  38.39 
 
 		 319 aa  194  2e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4228  methionyl-tRNA formyltransferase  38.39 
 
 		 312 aa  194  2e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.47776 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>