159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3000 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3000  Resolvase domain  100 
 
 		 197 aa  404  1.0000000000000001e-112  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2281  resolvase-like protein  44.15 
 
 		 216 aa  149  2e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00855121  normal  0.056664 
 
 
-
 
NC_011888  Mnod_7746  Resolvase domain protein  47.09 
 
 		 217 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2996  Resolvase domain  37.7 
 
 		 221 aa  125  5e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000012222  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1741  Resolvase domain  37.57 
 
 		 228 aa  122  4e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0802  resolvase, N-terminal  39.59 
 
 		 229 aa  121  8e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000162467  unclonable  0.000000072068 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2499  resolvase, N-terminal  39.09 
 
 		 229 aa  118  4.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.994531 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4956  resolvase domain-containing protein  37.44 
 
 		 236 aa  115  5e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.90554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2451  resolvase domain-containing protein  40.82 
 
 		 268 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2472  resolvase domain-containing protein  45.45 
 
 		 237 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_7010  Resolvase domain protein  47.24 
 
 		 216 aa  110  1.0000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.998314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2389  Resolvase domain  48.72 
 
 		 224 aa  107  9.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2725  Resolvase domain protein  38.54 
 
 		 228 aa  107  1e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4942  putative DNA-invertase (site-specific recombinase)  38.95 
 
 		 214 aa  107  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.406148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0893  Resolvase domain protein  46.21 
 
 		 227 aa  105  3e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.174131  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4298  hypothetical protein  49.19 
 
 		 226 aa  105  6e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3483  Resolvase domain  34.05 
 
 		 219 aa  103  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0275  resolvase domain-containing protein  33.33 
 
 		 224 aa  101  6e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6912  resolvase domain-containing protein  43.18 
 
 		 243 aa  101  8e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0923  resolvase-like protein  36.18 
 
 		 234 aa  99.4  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.916878 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3656  resolvase-like protein  43.8 
 
 		 248 aa  98.2  7e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4152  resolvase domain-containing protein  43.61 
 
 		 231 aa  97.4  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011893  Mnod_8811  Resolvase domain protein  42.64 
 
 		 227 aa  96.3  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7497  Resolvase domain protein  40.14 
 
 		 231 aa  92.4  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1223  resolvase domain-containing protein  38.95 
 
 		 225 aa  92  4e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1482  resolvase domain-containing protein  40.85 
 
 		 233 aa  92.4  4e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.569487  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1116  resolvase family site-specific recombinase  33.51 
 
 		 236 aa  89  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00106717 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4233  Resolvase domain  40.44 
 
 		 216 aa  87.4  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3788  resolvase domain-containing protein  32.52 
 
 		 269 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.692278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6747  putative resolvase (site-specific recombinase)  35.08 
 
 		 223 aa  79.3  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8420  Resolvase domain protein  41.13 
 
 		 227 aa  77.8  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.875604  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1088  resolvase domain-containing protein  36.41 
 
 		 227 aa  77.4  0.0000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3500  resolvase-like protein  39.1 
 
 		 248 aa  75.5  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.318802  normal  0.137861 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6343  resolvase domain protein  37.24 
 
 		 211 aa  72  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22080  resolvase  33.71 
 
 		 231 aa  68.2  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000105368  unclonable  3.95615e-22 
 
 
-
 
NC_009433  Rsph17025_4394  resolvase domain-containing protein  38.46 
 
 		 198 aa  64.3  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3474  resolvase domain-containing protein  33.51 
 
 		 188 aa  60.8  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1424  Resolvase domain protein  32.93 
 
 		 215 aa  61.2  0.00000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00141617  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4374  Resolvase domain  34.76 
 
 		 216 aa  58.2  0.00000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5431  Resolvase domain protein  33.33 
 
 		 185 aa  58.2  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.318584  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0466  resolvase  36.17 
 
 		 193 aa  57.4  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.736746  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6307  resolvase domain-containing protein  31.47 
 
 		 209 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0010  resolvase  30.6 
 
 		 185 aa  57  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0319649  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3031  DNA-invertase  34.27 
 
 		 197 aa  57  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130363 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2154  Resolvase domain protein  30.6 
 
 		 185 aa  56.6  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.478214  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5704  resolvase domain-containing protein  32.87 
 
 		 283 aa  57  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1403  resolvase domain-containing protein  30.05 
 
 		 185 aa  56.2  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.749996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3908  resolvase domain-containing protein  28.99 
 
 		 229 aa  56.2  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.582833 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0019  ISSod9, DNA-invertase  31.15 
 
 		 185 aa  55.8  0.0000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0170  ISSod9, DNA-invertase  31.15 
 
 		 185 aa  55.8  0.0000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.579928  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1562  recombinase  34.97 
 
 		 188 aa  55.8  0.0000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2827  Resolvase domain protein  29.41 
 
 		 509 aa  55.8  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.952038 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2913  DNA-invertase hin  30.69 
 
 		 190 aa  55.5  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.504047  normal  0.0309704 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2757  resolvase domain-containing protein  34.27 
 
 		 188 aa  55.5  0.0000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000977256 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1983  resolvase domain-containing protein  33.81 
 
 		 546 aa  55.1  0.0000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0800721  normal  0.49542 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2948  DNA-invertase hin  30.81 
 
 		 187 aa  55.1  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.3180099999999999e-20 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2967  DNA-invertase hin  30.81 
 
 		 188 aa  54.7  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000835062 
 
 
-
 
NC_006663  SEA0006  resolvase family site-specific recombinase  31.15 
 
 		 192 aa  53.9  0.000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.105184  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4123  resolvase domain-containing protein  32.87 
 
 		 185 aa  53.5  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0694671 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3680  resolvase domain-containing protein  36.96 
 
 		 199 aa  53.5  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3876  resolvase domain-containing protein  36.96 
 
 		 199 aa  53.5  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.3792 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4081  resolvase domain-containing protein  36.96 
 
 		 199 aa  53.5  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0381075 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5553  resolvase domain protein  27.46 
 
 		 515 aa  52.8  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.919369999999999e-21 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1421  Resolvase domain protein  32.52 
 
 		 231 aa  52.8  0.000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.510042  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0302  DNA-invertase  33.57 
 
 		 184 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.623719 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43160  Resolvase-like protein  33.14 
 
 		 189 aa  53.1  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0463  Resolvase domain protein  30.56 
 
 		 475 aa  53.1  0.000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0983248  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2258  resolvase domain-containing protein  29.76 
 
 		 195 aa  52.8  0.000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.880923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4775  resolvase domain-containing protein  34.9 
 
 		 189 aa  52.8  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4668  resolvase domain-containing protein  34.9 
 
 		 189 aa  52.8  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2489  Resolvase domain protein  32.87 
 
 		 184 aa  52  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.243262  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3914  resolvase domain-containing protein  32.53 
 
 		 293 aa  51.2  0.000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.789856  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4764  resolvase domain-containing protein  30.77 
 
 		 189 aa  50.8  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0233  resolvase  28.4 
 
 		 183 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0202  resolvase  28.4 
 
 		 183 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2432  resolvase domain-containing protein  32.87 
 
 		 281 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0183379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2264  resolvase-like protein  30.99 
 
 		 183 aa  49.7  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0723164  hitchhiker  0.00531394 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0209  Resolvase domain  28.64 
 
 		 264 aa  49.7  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4386  resolvase  33.33 
 
 		 219 aa  48.9  0.00004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5280  resolvase domain-containing protein  30 
 
 		 305 aa  49.3  0.00004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0037  transposon Tn21 resolvase  29.13 
 
 		 205 aa  48.9  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.335597 
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2746  resolvase domain-containing protein  34 
 
 		 197 aa  48.9  0.00005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2823  resolvase domain-containing protein  34 
 
 		 197 aa  48.9  0.00005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3786  Resolvase domain  29.66 
 
 		 242 aa  48.9  0.00005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.366578 
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D15  site-specific recombinase, DNA invertase Pin related protein  30.43 
 
 		 184 aa  48.5  0.00006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0854  invertase/recombinase like protein  31.29 
 
 		 198 aa  48.1  0.00007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.160403  normal  0.816153 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3478  resolvase domain-containing protein  28.97 
 
 		 242 aa  48.1  0.00007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1503  resolvase  27.37 
 
 		 182 aa  48.1  0.00008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.236013  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3170  resolvase domain-containing protein  30 
 
 		 200 aa  48.1  0.00008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00430122 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0073  resolvase  30.43 
 
 		 184 aa  47.4  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0274  resolvase domain-containing protein  26.06 
 
 		 580 aa  47.4  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2984  putative site-specific recombinases, DNA invertase Pin  29.24 
 
 		 203 aa  47.8  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.200056  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3649  resolvase domain-containing protein  32.14 
 
 		 380 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.340945 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0219  DNA-invertase hin  30.43 
 
 		 184 aa  47.4  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0242276 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0471  resolvase  32.39 
 
 		 197 aa  47  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3045  Resolvase domain protein  31.25 
 
 		 189 aa  46.6  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.436524  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0095  resolvase domain-containing protein  29.35 
 
 		 189 aa  47.4  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.386301 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0052  hypothetical protein  30.9 
 
 		 201 aa  46.2  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2144  Resolvase domain protein  28.31 
 
 		 196 aa  46.2  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0618608  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1818  Resolvase domain protein  33.81 
 
 		 184 aa  45.8  0.0004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.601257  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>