251 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1116 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1116  resolvase family site-specific recombinase  100 
 
 
236 aa  484  1e-136  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00106717 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3500  resolvase-like protein  53.62 
 
 
248 aa  236  2e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.318802  normal  0.137861 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22080  resolvase  48.29 
 
 
231 aa  206  3e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000105368  unclonable  3.95615e-22 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2281  resolvase-like protein  38.26 
 
 
216 aa  137  1e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00855121  normal  0.056664 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3483  Resolvase domain  37.5 
 
 
219 aa  135  4e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2451  resolvase domain-containing protein  40.87 
 
 
268 aa  135  5e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4233  Resolvase domain  41.95 
 
 
216 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0275  resolvase domain-containing protein  35.09 
 
 
224 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2725  Resolvase domain protein  35.34 
 
 
228 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2472  resolvase domain-containing protein  47.48 
 
 
237 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3595  resolvase domain-containing protein  35.04 
 
 
237 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4942  putative DNA-invertase (site-specific recombinase)  36.91 
 
 
214 aa  122  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.406148  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4956  resolvase domain-containing protein  36.64 
 
 
236 aa  122  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.90554  normal 
 
 
-
 
NC_011888  Mnod_7746  Resolvase domain protein  46.81 
 
 
217 aa  122  5e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1741  Resolvase domain  35.34 
 
 
228 aa  122  5e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011893  Mnod_8811  Resolvase domain protein  52 
 
 
227 aa  116  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2996  Resolvase domain  36.84 
 
 
221 aa  114  8.999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000012222  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7497  Resolvase domain protein  33.33 
 
 
231 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2499  resolvase, N-terminal  36.24 
 
 
229 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.994531 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6747  putative resolvase (site-specific recombinase)  40.27 
 
 
223 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232296  normal 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_7010  Resolvase domain protein  37.93 
 
 
216 aa  113  3e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.998314  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0802  resolvase, N-terminal  35.37 
 
 
229 aa  112  4.0000000000000004e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000162467  unclonable  0.000000072068 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1482  resolvase domain-containing protein  32.92 
 
 
233 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.569487  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6912  resolvase domain-containing protein  49.22 
 
 
243 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0893  Resolvase domain protein  35.22 
 
 
227 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.174131  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0923  resolvase-like protein  35.78 
 
 
234 aa  108  5e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.916878 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4152  resolvase domain-containing protein  39.57 
 
 
231 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4298  hypothetical protein  39.48 
 
 
226 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009433  Rsph17025_4394  resolvase domain-containing protein  36.23 
 
 
198 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2389  Resolvase domain  34.5 
 
 
224 aa  101  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3656  resolvase-like protein  40.48 
 
 
248 aa  99  6e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1223  resolvase domain-containing protein  36.24 
 
 
225 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3788  resolvase domain-containing protein  29.41 
 
 
269 aa  97.1  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.692278  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3000  Resolvase domain  33.51 
 
 
197 aa  89  6e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1088  resolvase domain-containing protein  29.92 
 
 
227 aa  82.8  0.000000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3908  resolvase domain-containing protein  38.19 
 
 
229 aa  80.1  0.00000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.582833 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3649  resolvase domain-containing protein  39.16 
 
 
380 aa  79.3  0.00000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.340945 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1421  Resolvase domain protein  35.64 
 
 
231 aa  78.2  0.00000000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.510042  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8420  Resolvase domain protein  40.94 
 
 
227 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.875604  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4374  Resolvase domain  37.06 
 
 
216 aa  72.4  0.000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5360  resolvase domain protein  26.89 
 
 
546 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000247289  hitchhiker  0.00000000017806 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1424  Resolvase domain protein  35.62 
 
 
215 aa  67.4  0.0000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00141617  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0010  resolvase  31.25 
 
 
185 aa  65.5  0.0000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0319649  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5704  resolvase domain-containing protein  30.08 
 
 
283 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0592  Resolvase domain protein  33.1 
 
 
462 aa  64.3  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3474  resolvase domain-containing protein  31.25 
 
 
188 aa  62.4  0.000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1403  resolvase domain-containing protein  30.73 
 
 
185 aa  62.4  0.000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.749996  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2154  Resolvase domain protein  30.73 
 
 
185 aa  62  0.000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.478214  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5431  Resolvase domain protein  32.29 
 
 
185 aa  61.6  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.318584  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3976  resolvase domain-containing protein  25.73 
 
 
415 aa  61.6  0.00000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5598  DNA recombinase, putative  24.9 
 
 
522 aa  60.8  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.318471  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6343  resolvase domain protein  39.05 
 
 
211 aa  60.8  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2757  resolvase domain-containing protein  32.03 
 
 
188 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000977256 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5332  Resolvase domain protein  34.23 
 
 
184 aa  59.3  0.00000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1983  resolvase domain-containing protein  34.72 
 
 
209 aa  58.9  0.00000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.528796 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4386  resolvase  33.99 
 
 
219 aa  58.5  0.00000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0019  ISSod9, DNA-invertase  29.69 
 
 
185 aa  58.5  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0170  ISSod9, DNA-invertase  29.69 
 
 
185 aa  58.5  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.579928  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3031  DNA-invertase  32 
 
 
197 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00130363 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2440  Resolvase domain protein  28.82 
 
 
500 aa  57.4  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1562  recombinase  29.69 
 
 
188 aa  56.6  0.0000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2489  Resolvase domain protein  30.86 
 
 
184 aa  56.2  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.243262  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6307  resolvase domain-containing protein  30.87 
 
 
209 aa  56.2  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1021  resolvase domain-containing protein  32.65 
 
 
230 aa  56.2  0.0000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.0963583 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0302  DNA-invertase  31.43 
 
 
184 aa  55.8  0.0000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.623719 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4123  resolvase domain-containing protein  30.73 
 
 
185 aa  55.8  0.0000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0694671 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2913  DNA-invertase hin  30.49 
 
 
190 aa  55.5  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.504047  normal  0.0309704 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4685  resolvase domain-containing protein  30.26 
 
 
193 aa  55.5  0.0000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7341  Resolvase domain protein  30.99 
 
 
295 aa  55.5  0.0000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2948  DNA-invertase hin  30.49 
 
 
187 aa  55.1  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  1.3180099999999999e-20 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1272  resolvase domain-containing protein  23.69 
 
 
519 aa  55.1  0.0000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000672315  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2967  DNA-invertase hin  31.33 
 
 
188 aa  55.1  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000835062 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0167  resolvase domain-containing protein  30.77 
 
 
196 aa  54.7  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5600  DNA recombinase, putative, truncation  24.28 
 
 
282 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.1452  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3989  recombinase  26.23 
 
 
613 aa  54.3  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1154  hypothetical protein  29.24 
 
 
213 aa  54.3  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4775  resolvase domain-containing protein  33.11 
 
 
189 aa  53.9  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4668  resolvase domain-containing protein  33.11 
 
 
189 aa  53.9  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2432  resolvase domain-containing protein  26.16 
 
 
281 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0183379  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0209  Resolvase domain  27.73 
 
 
264 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0068  resolvase  26.94 
 
 
181 aa  53.1  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0902003  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1645  resolvase-like protein  32.82 
 
 
213 aa  53.5  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.27327  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1503  resolvase  34.25 
 
 
182 aa  53.5  0.000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.236013  normal 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4459  resolvase  30.87 
 
 
190 aa  53.5  0.000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4290  resolvase  30.87 
 
 
190 aa  53.5  0.000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4190  resolvase  30.87 
 
 
190 aa  53.5  0.000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0409  resolvase domain-containing protein  29.33 
 
 
186 aa  53.5  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000318958  n/a   
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4991  resolvase domain-containing protein  31.37 
 
 
189 aa  53.5  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3998  resolvase domain-containing protein  23.36 
 
 
521 aa  53.1  0.000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5126  Resolvase domain protein  30.93 
 
 
197 aa  53.1  0.000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.114051 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1963  resolvase domain-containing protein  32 
 
 
251 aa  52.8  0.000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.0600134  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4931  resolvase domain-containing protein  33.09 
 
 
208 aa  52.8  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107506  normal  0.566204 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2362  DNA-invertase  30.82 
 
 
188 aa  52.8  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3694  resolvase domain-containing protein  33.33 
 
 
206 aa  52.8  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2997  resolvase domain-containing protein  27.7 
 
 
444 aa  52.8  0.000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0854  invertase/recombinase like protein  29.14 
 
 
198 aa  52.4  0.000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.160403  normal  0.816153 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0235  resolvase domain-containing protein  29.33 
 
 
187 aa  52.4  0.000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4249  resolvase domain-containing protein  32 
 
 
191 aa  52.4  0.000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.251845 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2147  Resolvase domain protein  32 
 
 
191 aa  52.4  0.000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2258  resolvase domain-containing protein  31.11 
 
 
195 aa  52.4  0.000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.880923  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>