More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2842 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2842  transcriptional regulator, IclR family  100 
 
 		 254 aa  499  1e-140  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.50092  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1371  transcriptional regulator, IclR family  90.59 
 
 		 255 aa  431  1e-120  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000320522 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1418  regulatory protein, IclR  51.17 
 
 		 254 aa  237  1e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000240863  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0741  IclR family transcriptional regulator  50.58 
 
 		 255 aa  237  1e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000156602  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1072  IclR family transcriptional regulator  49.61 
 
 		 256 aa  233  2.0000000000000002e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0478344  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1395  transcriptional regulator, IclR family  45.67 
 
 		 258 aa  205  5e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000767969  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2354  IclR family transcriptional regulator  44.31 
 
 		 258 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.185931  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3286  IclR family transcriptional regulator  44.72 
 
 		 251 aa  177  1e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0669  transcriptional regulator, IclR family  31.54 
 
 		 260 aa  121  9e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.4595400000000001e-34 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0656  transcriptional regulator, IclR family  31.78 
 
 		 260 aa  119  3e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000253097  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3644  regulatory protein, IclR  30 
 
 		 260 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000806492  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0514  IclR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 260 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000101936  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3102  transcriptional regulator, IclR family  29.07 
 
 		 260 aa  111  9e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3027  IclR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 260 aa  108  6e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000289902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2833  IclR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 260 aa  106  3e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000013624  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 267 aa  102  5e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0759  IclR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 261 aa  96.7  3e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.46118e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4346  regulatory protein, IclR  27.53 
 
 		 263 aa  95.5  7e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.361524  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2064  IclR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 259 aa  94  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.740052 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3546  regulatory protein, IclR  26.07 
 
 		 265 aa  94  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000366663  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2308  transcriptional regulator, IclR family  23.95 
 
 		 255 aa  87  3e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2259  IclR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 260 aa  86.7  3e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.10057  hitchhiker  0.0000000211035 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1407  transcriptional regulator, IclR family  27.2 
 
 		 257 aa  85.1  9e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1624  transcriptional regulator, IclR family  26.29 
 
 		 275 aa  84  0.000000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4604  regulatory proteins, IclR  28.69 
 
 		 251 aa  83.6  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3456  transcriptional regulator, IclR family  29.12 
 
 		 269 aa  82  0.000000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1186  transcriptional regulator, IclR family  25.29 
 
 		 264 aa  82  0.000000000000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000134584  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2294  transcriptional regulator, IclR family  27.42 
 
 		 265 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0370  IclR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 265 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.470614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 268 aa  81.6  0.00000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5128  transcriptional regulator, IclR family  30.04 
 
 		 251 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3109  IclR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 257 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2412  IclR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 258 aa  80.1  0.00000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2873  transcriptional regulator, IclR family  26.42 
 
 		 257 aa  79.3  0.00000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0130818 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0533  transcriptional regulator, IclR family  27.15 
 
 		 247 aa  78.6  0.00000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3670  IclR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 267 aa  78.2  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461825  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  24.8 
 
 		 257 aa  77.4  0.0000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2571  regulatory protein, IclR  26.74 
 
 		 258 aa  77.8  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.853506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3712  IclR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 269 aa  77  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.382183  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1825  transcriptional regulator, IclR family  30.71 
 
 		 266 aa  76.3  0.0000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.191409  normal  0.0157827 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 272 aa  76.6  0.0000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 262 aa  74.7  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  29.18 
 
 		 255 aa  74.3  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4531  IclR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 283 aa  73.9  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.924227  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 254 aa  73.6  0.000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2874  transcriptional regulator, IclR family  26.21 
 
 		 267 aa  72.8  0.000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3551  IclR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 267 aa  72.4  0.000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0480  IclR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 259 aa  72  0.000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.220206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1161  transcriptional regulator, IclR family  27.83 
 
 		 267 aa  72  0.000000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0013559 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1018  transcriptional regulator, IclR family  28.63 
 
 		 257 aa  72  0.000000000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.142974  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2006  IclR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 274 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4529  IclR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 273 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.143169 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0864  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  23.44 
 
 		 278 aa  70.5  0.00000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2854  transcriptional regulator, IclR family  30.74 
 
 		 285 aa  70.5  0.00000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1228  IclR family transcriptional regulator  22.18 
 
 		 267 aa  68.9  0.00000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00154779  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  23.28 
 
 		 256 aa  68.6  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 260 aa  68.2  0.0000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  30.19 
 
 		 277 aa  68.6  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5569  IclR family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 319 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.197648  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2149  IclR family transcriptional regulator, putative  26.99 
 
 		 248 aa  67  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.999761  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2287  transcriptional regulator, IclR family  24.7 
 
 		 267 aa  67  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.481002  normal  0.385963 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 276 aa  67  0.0000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0740  regulatory protein IclR  27.38 
 
 		 277 aa  67  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0302  transcription regulator protein  29.17 
 
 		 295 aa  66.6  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  27.1 
 
 		 280 aa  66.2  0.0000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0163  transcriptional regulator, IclR family  29.8 
 
 		 302 aa  66.2  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3702  transcriptional regulator, IclR family  23.9 
 
 		 252 aa  66.2  0.0000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1015  IclR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 291 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.608912  hitchhiker  0.00000271522 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2032  transcriptional regulator, IclR family  28.05 
 
 		 268 aa  65.9  0.0000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0156  transcriptional regulator, IclR family  29.8 
 
 		 302 aa  65.9  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.768394 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  28.63 
 
 		 256 aa  65.9  0.0000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2127  IclR family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 285 aa  65.5  0.0000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  27.46 
 
 		 265 aa  65.5  0.0000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  23.05 
 
 		 257 aa  65.9  0.0000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2586  transcriptional regulator, IclR family  27.06 
 
 		 268 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00119641 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1491  IclR family transcriptional regulator  23.33 
 
 		 285 aa  65.1  0.0000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1811  IclR family transcriptional regulator  23.33 
 
 		 285 aa  65.1  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2912  transcriptional regulator, IclR family  29.84 
 
 		 266 aa  65.5  0.0000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.138911  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5560  IclR family transcriptional regulator  25 
 
 		 294 aa  65.1  0.0000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.15712  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2890  transcriptional regulator, IclR family  29.84 
 
 		 266 aa  65.5  0.0000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0382  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  23.69 
 
 		 261 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2114  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  23.69 
 
 		 261 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.247685  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0480  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  23.69 
 
 		 261 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  25.33 
 
 		 254 aa  65.1  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2324  IclR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 259 aa  64.7  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0866935  normal  0.741427 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1723  regulatory proteins, IclR  26.77 
 
 		 259 aa  64.7  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.270095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1546  IclR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 268 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0208849  normal  0.0159222 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1138  IclR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 269 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.211589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2042  IclR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 269 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0408  IclR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 251 aa  65.1  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.317858  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2169  IclR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 269 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0797  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  23.69 
 
 		 261 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2257  IclR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 259 aa  64.7  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1222  transcriptional regulator, IclR family  28.12 
 
 		 244 aa  63.9  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3106  IclR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 270 aa  63.9  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.184655 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3624  regulatory proteins, IclR  26.38 
 
 		 286 aa  64.3  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13060  transcriptional regulator, IclR family  24.19 
 
 		 264 aa  63.9  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0099  transcriptional regulator, IclR family  27.63 
 
 		 262 aa  63.9  0.000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1465  IclR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 268 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0393345  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4923  regulatory proteins, IclR  24 
 
 		 266 aa  64.3  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.877822  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>