More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4923 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4923  regulatory proteins, IclR  100 
 
 		 266 aa  546  1e-154  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.877822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0585  IclR family transcriptional regulator  51.54 
 
 		 299 aa  267  1e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0767296  normal  0.0114736 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0617  IclR family transcriptional regulator  51.54 
 
 		 299 aa  267  1e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.558444  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0134  IclR family transcriptional regulator  51.54 
 
 		 365 aa  266  2e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.102301  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3699  IclR family transcriptional regulator  51.15 
 
 		 299 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.258779  normal  0.616719 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2768  IclR family transcriptional regulator  50.77 
 
 		 299 aa  265  4e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.538606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2619  IclR family transcriptional regulator  50 
 
 		 317 aa  262  3e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.471262  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2490  IclR family transcriptional regulator  50.38 
 
 		 305 aa  262  3e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1175  IclR family transcriptional regulator  50.38 
 
 		 350 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0410  IclR family transcriptional regulator  50.38 
 
 		 300 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.616756  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3295  IclR family transcriptional regulator  50.38 
 
 		 300 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3452  IclR family transcriptional regulator  50.38 
 
 		 324 aa  261  6e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.880887  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3490  IclR family transcriptional regulator  50.38 
 
 		 324 aa  261  6e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1270  IclR family transcriptional regulator  50.38 
 
 		 324 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3489  transcriptional regulator  50.38 
 
 		 350 aa  261  8e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0542  IclR family transcriptional regulator  50 
 
 		 290 aa  258  9e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3415  transcriptional regulator, IclR family  49.62 
 
 		 330 aa  256  2e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.257423  normal  0.172483 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0542  IclR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 299 aa  248  1e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.851726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0518  IclR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 299 aa  248  1e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.689346  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51350  transcriptional regulator protein DgoR  47.08 
 
 		 261 aa  238  1e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2181  transcriptional regulator, IclR family  46.59 
 
 		 269 aa  227  2e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.169308  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1991  regulatory proteins, IclR  45.67 
 
 		 269 aa  226  3e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0527624  normal  0.0427076 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03724  putative transcriptional regulator  45.38 
 
 		 255 aa  216  2e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4121  IclR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 267 aa  217  2e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.101535  normal  0.932917 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4214  IclR family transcriptional regulator  45.38 
 
 		 284 aa  216  4e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00389286 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03673  hypothetical protein  45.38 
 
 		 284 aa  216  4e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6621  transcriptional regulator, IclR family  41.09 
 
 		 273 aa  199  3e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.104953  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0393  transcriptional regulator, IclR family  41.77 
 
 		 261 aa  189  5e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.701286  normal  0.393158 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4911  IclR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 276 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.406508  normal  0.192345 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5822  IclR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0541  transcriptional regulator, IclR family  39.06 
 
 		 261 aa  171  2e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.765211  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  34.5 
 
 		 259 aa  137  1e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3687  transcriptional regulator, IclR family  33.09 
 
 		 272 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  32 
 
 		 268 aa  130  2.0000000000000002e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3884  transcriptional regulator, IclR family  32.72 
 
 		 272 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3928  IclR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 272 aa  129  6e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  31.6 
 
 		 256 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0516  transcriptional regulator, IclR family  32.97 
 
 		 272 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  34.13 
 
 		 256 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  30.2 
 
 		 261 aa  125  6e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0859  transcriptional regulator IclR-like protein  30.04 
 
 		 246 aa  125  6e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0882  IclR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 246 aa  125  6e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3009  transcriptional regulator, IclR family  33.46 
 
 		 248 aa  125  9e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.592723  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2760  IclR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 261 aa  123  4e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5478  transcriptional regulator, IclR family  34 
 
 		 249 aa  122  7e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0136  transcriptional regulator, IclR family  32.08 
 
 		 282 aa  120  3e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0849  regulatory proteins, IclR  32.92 
 
 		 276 aa  120  3e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0140  IclR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 282 aa  120  3e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 254 aa  120  3e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0712  transcriptional regulator, IclR family  34.14 
 
 		 265 aa  119  3e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.93668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3897  IclR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 282 aa  120  3e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03426  predicted DNA-binding transcriptional repressor  32.08 
 
 		 282 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2064  IclR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 259 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.740052 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0779  transcriptional regulator IclR  30.35 
 
 		 278 aa  119  3.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03377  hypothetical protein  32.08 
 
 		 282 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 260 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  32.16 
 
 		 254 aa  119  6e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 272 aa  118  7.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3778  IclR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 270 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2240  regulatory protein, IclR  32.81 
 
 		 262 aa  117  9.999999999999999e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3881  hth-type tranScriptional regulator yiaj  30.8 
 
 		 266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3865  HTH-type transcriptional regulator  30.45 
 
 		 266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  28.29 
 
 		 257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3990  hth-type tranScriptional regulator yiaj  30.8 
 
 		 266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.776659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4051  HTH-type transcriptional regulator YiaJ  30.8 
 
 		 266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.726111 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  31.27 
 
 		 265 aa  116  3e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3534  transcriptional regulator, IclR family  34.63 
 
 		 248 aa  115  6e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.40867  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4071  IclR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 270 aa  115  6e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 276 aa  115  6.9999999999999995e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3945  HTH-type transcriptional regulator YiaJ  30.42 
 
 		 266 aa  115  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.650339 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2503  regulatory proteins, IclR  31.3 
 
 		 262 aa  114  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3948  transcriptional regulator, IclR family  31.44 
 
 		 270 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0066  IclR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0724  transcriptional regulator, IclR family  32.66 
 
 		 246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0508551 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3702  transcriptional regulator, IclR family  26.95 
 
 		 252 aa  113  3e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2510  transcriptional regulator, IclR family  32.75 
 
 		 308 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00153166  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2466  IclR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 262 aa  113  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2511  regulatory proteins, IclR  31.3 
 
 		 262 aa  113  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.433919 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2718  transcriptional regulator, IclR family  28.69 
 
 		 265 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0547  transcriptional regulator, IclR family  31.1 
 
 		 265 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.244078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4383  IclR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 269 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0499083 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4531  IclR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 283 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.924227  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000924  transcriptional regulator KdgR KDG operon repressor  27.24 
 
 		 265 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4762  transcriptional regulator, IclR family  32.77 
 
 		 248 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3839  IclR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 264 aa  110  3e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4797  transcriptional regulator, IclR family  34.11 
 
 		 258 aa  108  6e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  30.65 
 
 		 277 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 267 aa  108  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  30.27 
 
 		 263 aa  108  1e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08220  transcriptional regulator, IclR family  30.62 
 
 		 257 aa  107  1e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3210  transcriptional regulator, IclR family  31.52 
 
 		 251 aa  107  1e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3670  IclR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 267 aa  108  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 262 aa  107  2e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0368  transcriptional repressor IclR  28.41 
 
 		 277 aa  107  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2031  IclR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 273 aa  107  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4491  transcriptional repressor IclR  28.63 
 
 		 276 aa  107  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.880691  normal  0.328338 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13060  transcriptional regulator, IclR family  29.76 
 
 		 264 aa  106  3e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3545  transcriptional regulator, IclR family  34.9 
 
 		 254 aa  107  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0480157  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2257  IclR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 259 aa  106  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3644  regulatory protein, IclR  27.56 
 
 		 260 aa  107  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000806492  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>