More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_0542 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_0542  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  598  1e-170  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.851726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0518  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  598  1e-170  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.689346  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3699  IclR family transcriptional regulator  97.99 
 
 		 299 aa  588  1e-167  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.258779  normal  0.616719 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0585  IclR family transcriptional regulator  97.66 
 
 		 299 aa  585  1e-166  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0767296  normal  0.0114736 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0134  IclR family transcriptional regulator  97.66 
 
 		 365 aa  585  1e-166  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.102301  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0617  IclR family transcriptional regulator  97.66 
 
 		 299 aa  585  1e-166  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.558444  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2768  IclR family transcriptional regulator  95.99 
 
 		 299 aa  580  1e-164  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.538606  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2490  IclR family transcriptional regulator  86.23 
 
 		 305 aa  521  1e-147  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3489  transcriptional regulator  86.23 
 
 		 350 aa  520  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1175  IclR family transcriptional regulator  85.9 
 
 		 350 aa  519  1e-146  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1270  IclR family transcriptional regulator  86.23 
 
 		 324 aa  520  1e-146  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3452  IclR family transcriptional regulator  86.23 
 
 		 324 aa  520  1e-146  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.880887  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3490  IclR family transcriptional regulator  86.23 
 
 		 324 aa  520  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0410  IclR family transcriptional regulator  90.39 
 
 		 300 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.616756  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3295  IclR family transcriptional regulator  90.39 
 
 		 300 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0542  IclR family transcriptional regulator  85 
 
 		 290 aa  473  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3415  transcriptional regulator, IclR family  85.56 
 
 		 330 aa  473  1e-132  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.257423  normal  0.172483 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2619  IclR family transcriptional regulator  83.21 
 
 		 317 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.471262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4121  IclR family transcriptional regulator  59.84 
 
 		 267 aa  288  7e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.101535  normal  0.932917 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51350  transcriptional regulator protein DgoR  58.57 
 
 		 261 aa  282  4.0000000000000003e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2181  transcriptional regulator, IclR family  58 
 
 		 269 aa  282  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.169308  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1991  regulatory proteins, IclR  55.85 
 
 		 269 aa  281  1e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0527624  normal  0.0427076 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03724  putative transcriptional regulator  54.3 
 
 		 255 aa  272  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03673  hypothetical protein  54.3 
 
 		 284 aa  272  5.000000000000001e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4214  IclR family transcriptional regulator  54.3 
 
 		 284 aa  272  5.000000000000001e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00389286 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4923  regulatory proteins, IclR  51.92 
 
 		 266 aa  268  1e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.877822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6621  transcriptional regulator, IclR family  53.85 
 
 		 273 aa  261  1e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.104953  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0393  transcriptional regulator, IclR family  53.39 
 
 		 261 aa  242  6e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.701286  normal  0.393158 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4911  IclR family transcriptional regulator  56.22 
 
 		 276 aa  241  2e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.406508  normal  0.192345 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0541  transcriptional regulator, IclR family  51.22 
 
 		 261 aa  215  8e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.765211  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5822  IclR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  33.99 
 
 		 256 aa  140  3e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 268 aa  139  3.9999999999999997e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0724  transcriptional regulator, IclR family  37.05 
 
 		 246 aa  138  1e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0508551 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  34.52 
 
 		 261 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  36.94 
 
 		 254 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  35.68 
 
 		 259 aa  128  1.0000000000000001e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  32.68 
 
 		 277 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3702  transcriptional regulator, IclR family  30.43 
 
 		 252 aa  125  6e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0140  IclR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 282 aa  124  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0136  transcriptional regulator, IclR family  32.56 
 
 		 282 aa  124  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  32.33 
 
 		 263 aa  125  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2208  transcriptional regulator, IclR family  32.95 
 
 		 290 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3778  IclR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 270 aa  124  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3897  IclR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 282 aa  124  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03426  predicted DNA-binding transcriptional repressor  32.56 
 
 		 282 aa  124  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03377  hypothetical protein  32.56 
 
 		 282 aa  124  2e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3948  transcriptional regulator, IclR family  32.56 
 
 		 270 aa  123  3e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4383  IclR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 269 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0499083 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.95 
 
 		 263 aa  122  7e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  31.95 
 
 		 263 aa  122  7e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0779  transcriptional regulator IclR  30.71 
 
 		 278 aa  122  7e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  31.95 
 
 		 263 aa  122  7e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 263 aa  122  7e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  31.95 
 
 		 263 aa  122  7e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4071  IclR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 270 aa  122  7e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2559  transcriptional regulator KdgR  31.95 
 
 		 263 aa  122  7e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  31.95 
 
 		 263 aa  122  7e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  31.1 
 
 		 265 aa  122  9e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2043  transcriptional regulator KdgR  31.84 
 
 		 263 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1289  transcriptional regulator KdgR  31.84 
 
 		 263 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000107384  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1985  transcriptional regulator KdgR  31.84 
 
 		 263 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1473  transcriptional regulator KdgR  31.84 
 
 		 263 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115946  normal  0.370857 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1981  transcriptional regulator KdgR  31.84 
 
 		 263 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.0913734 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3009  transcriptional regulator, IclR family  34.39 
 
 		 248 aa  120  3.9999999999999996e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.592723  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2031  IclR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 273 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000924  transcriptional regulator KdgR KDG operon repressor  30.04 
 
 		 265 aa  119  6e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  30.43 
 
 		 257 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 254 aa  118  9.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0516  transcriptional regulator, IclR family  33.09 
 
 		 272 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 267 aa  117  3e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4531  IclR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 283 aa  116  3.9999999999999997e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.924227  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 272 aa  116  5e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  29.96 
 
 		 263 aa  115  6e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 260 aa  115  6e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2653  transcriptional regulator  31.2 
 
 		 263 aa  116  6e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.618751  normal  0.01576 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  30.83 
 
 		 263 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1949  transcriptional regulator, IclR family  31.58 
 
 		 263 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00482853  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4604  regulatory proteins, IclR  32.94 
 
 		 251 aa  115  8.999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5758  IclR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 292 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1683  transcriptional regulator  31.2 
 
 		 263 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 276 aa  115  1.0000000000000001e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1793  IclR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 263 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  28.19 
 
 		 257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1885  transcriptional regulator, IclR family  31.2 
 
 		 263 aa  113  3e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0160572  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0458  regulatory protein, IclR  33.18 
 
 		 252 aa  113  5e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0309456 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0066  IclR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 284 aa  112  6e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3881  hth-type tranScriptional regulator yiaj  30.62 
 
 		 266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4051  HTH-type transcriptional regulator YiaJ  30.62 
 
 		 266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.726111 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3990  hth-type tranScriptional regulator yiaj  30.62 
 
 		 266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.776659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3945  HTH-type transcriptional regulator YiaJ  30.23 
 
 		 266 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.650339 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2177  transcriptional regulator, IclR family  30.83 
 
 		 263 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00508287  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0453  transcriptional repressor IclR  32.82 
 
 		 277 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0122119  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0198  Transcriptional regulator IclR  34.42 
 
 		 265 aa  110  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.101079  normal  0.134776 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3333  transcriptional regulator, IclR family  30 
 
 		 252 aa  110  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.950577  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3776  transcriptional repressor IclR  31.4 
 
 		 276 aa  110  3e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3865  HTH-type transcriptional regulator  30.23 
 
 		 266 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3952  transcriptional repressor IclR  30.98 
 
 		 277 aa  109  5e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.398782  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5478  transcriptional regulator, IclR family  33.2 
 
 		 249 aa  108  7.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0043  transcriptional regulator, IclR family  33.96 
 
 		 268 aa  108  8.000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>