185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_6124 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_6124  PadR-like family transcriptional regulator  100 
 
 		 253 aa  502  1e-141  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.372402  normal  0.877049 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3549  transcriptional regulator, PadR-like family  42.8 
 
 		 232 aa  174  9.999999999999999e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.353373 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3223  transcriptional regulator, PadR-like family  41.58 
 
 		 215 aa  159  3e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.465508 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1487  transcriptional regulator, PadR-like family  50.28 
 
 		 198 aa  159  6e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.241527  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2708  PadR family transcriptional regulator  52.58 
 
 		 209 aa  157  2e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1121  transcriptional regulator, PadR-like family  44.21 
 
 		 202 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4580  transcriptional regulator, PadR-like family  40.93 
 
 		 203 aa  149  6e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.282947 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5813  PadR-like family transcriptional regulator  46.56 
 
 		 198 aa  143  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0793449  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0887  transcriptional regulator, PadR-like family  42.53 
 
 		 206 aa  125  9e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.84074  normal  0.410025 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4389  PadR family transcriptional regulator  42.54 
 
 		 220 aa  122  8e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3685  transcriptional regulator, PadR-like family  40.53 
 
 		 201 aa  118  9e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.389985 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0957  transcriptional regulator, PadR-like family  41.05 
 
 		 204 aa  117  9.999999999999999e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0586102  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3285  PadR-like family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 180 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.400255 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2974  PadR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 213 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.412017  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0152  putative PadR transcriptional regulator  37.84 
 
 		 218 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.762671  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3335  PadR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 213 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1565  PadR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 213 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3948  PadR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 213 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4021  PadR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 213 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3036  PadR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 213 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0121  PadR-like family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 190 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3292  PadR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 210 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4876  transcriptional regulator, PadR-like family  38.17 
 
 		 226 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2933  PadR-like family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 190 aa  109  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.568859  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0122  PadR-like family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 190 aa  109  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.166129  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0136  PadR-like family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 190 aa  109  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3302  PadR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 190 aa  106  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0122  PadR-like family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 190 aa  102  5e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.270668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0112  PadR-like family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 190 aa  102  6e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8807  transcriptional regulator, PadR-like family  34.41 
 
 		 215 aa  102  8e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0098  transcriptional regulator, PadR family  39.2 
 
 		 203 aa  94.4  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.846374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1887  transcriptional regulator PadR family protein  34.48 
 
 		 232 aa  93.6  3e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0813  transcriptional regulator, PadR-like family  42.45 
 
 		 201 aa  90.9  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4892  PadR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 218 aa  86.3  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.428823  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4755  transcriptional regulator, PadR-like family  35.57 
 
 		 196 aa  85.5  8e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.208471  hitchhiker  0.00173659 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3006  PadR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 187 aa  84.3  0.000000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.536861  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5591  transcriptional regulator, PadR-like family  32.07 
 
 		 210 aa  78.6  0.00000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3170  transcriptional regulator, PadR family domain protein  27.27 
 
 		 193 aa  68.6  0.00000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3185  transcriptional regulator  26.74 
 
 		 193 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0506611  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4125  hypothetical protein  28.14 
 
 		 185 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0396692  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4052  hypothetical protein  28.14 
 
 		 185 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.166884  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3759  transcriptional regulator  27.54 
 
 		 185 aa  66.2  0.0000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.779947  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3830  PadR-like family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 185 aa  66.2  0.0000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.037852  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4106  transcriptional repressor PadR  29.6 
 
 		 185 aa  65.9  0.0000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.322832  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1133  transcriptional repressor PadR  29.6 
 
 		 185 aa  65.9  0.0000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.53987  normal  0.874315 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4689  transcriptional regulator  36.84 
 
 		 177 aa  63.2  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.284032  normal  0.787552 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3743  transcriptional regulator  26.95 
 
 		 185 aa  62.4  0.000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000898433  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4019  hypothetical protein  26.95 
 
 		 185 aa  62.4  0.000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3911  hypothetical protein  26.95 
 
 		 185 aa  62.4  0.000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000121326  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4217  hypothetical protein  26.95 
 
 		 185 aa  62.4  0.000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000647114  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1578  PadR-like family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 185 aa  60.8  0.00000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.59882  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0184  PadR-like family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 179 aa  61.2  0.00000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4233  PadR-like family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 181 aa  60.5  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0876  PadR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 179 aa  59.7  0.00000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.184962  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2179  PadR-like family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 186 aa  58.5  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00487663 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02430  transcriptional regulator, PadR family  33.55 
 
 		 174 aa  57.4  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.467679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0379  transcriptional regulator, PadR-like family  28.96 
 
 		 177 aa  57.8  0.0000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4387  transcriptional regulator  35.56 
 
 		 175 aa  57  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0173311  normal  0.0793988 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0871  PadR-like family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 168 aa  54.7  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.138524  normal  0.0913911 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0503  transcriptional regulator, PadR-like family  26.35 
 
 		 179 aa  54.7  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000100232  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1727  PadR-like family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 179 aa  54.3  0.000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.765397 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1627  transcriptional regulator protein-like protein  29.75 
 
 		 168 aa  54.3  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155416 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4677  PadR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 203 aa  53.5  0.000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8023  transcriptional regulator protein-like protein  34.68 
 
 		 178 aa  53.5  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0779  transcriptional regulator, PadR-like family  21.86 
 
 		 184 aa  53.5  0.000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.125594  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3845  transcriptional regulator, PadR-like family  29.5 
 
 		 174 aa  52.4  0.000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3472  transcriptional regulator, PadR-like family  33.09 
 
 		 174 aa  52.4  0.000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.287641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1267  transcriptional regulator, PadR-like family  29.9 
 
 		 185 aa  52.4  0.000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6781  transcriptional regulator, PadR-like family  36.36 
 
 		 174 aa  52  0.000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0301  transcriptional regulator, PadR-like family  36.47 
 
 		 176 aa  52  0.000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0680  PadR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 179 aa  52  0.000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2175  transcriptional regulator, PadR-like family  35.63 
 
 		 114 aa  51.2  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000935551  normal  0.0245277 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0117  PadR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 204 aa  50.4  0.00003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.219562  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2053  transcriptional regulator, PadR-like family  44 
 
 		 180 aa  50.4  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000846941 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7926  transcriptional regulator, PadR-like family  29.75 
 
 		 178 aa  50.4  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1163  transcriptional regulator, PadR-like family  26.02 
 
 		 191 aa  50.1  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.984047 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2628  transcriptional regulator, PadR-like family  32.18 
 
 		 183 aa  49.7  0.00004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1313  transcriptional regulator, PadR-like family  31.76 
 
 		 113 aa  49.7  0.00004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.107904  normal  0.0202461 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1531  transcriptional regulator PadR family protein  31.25 
 
 		 218 aa  50.1  0.00004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3967  PadR-like family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 152 aa  49.7  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.641404 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0701  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 		 242 aa  49.7  0.00005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1371  transcriptional regulator, PadR-like family  31.07 
 
 		 182 aa  49.3  0.00005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0218081  normal  0.0807721 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1695  transcriptional regulator, PadR-like family  30.77 
 
 		 195 aa  49.3  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000619842 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1415  transcriptional regulator, PadR-like family  36.96 
 
 		 194 aa  49.3  0.00006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0975835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1284  PadR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 121 aa  49.3  0.00007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.865226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1493  PadR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 204 aa  48.9  0.00007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.170448  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7317  PadR-like family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 229 aa  48.9  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.939389  normal  0.16375 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3827  transcriptional regulator, PadR-like family  33.75 
 
 		 179 aa  48.9  0.00008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.207978  normal  0.108117 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2234  PadR-like family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 174 aa  48.9  0.00008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.156481  decreased coverage  0.00573263 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4957  transcriptional regulator, PadR-like family  29.61 
 
 		 212 aa  48.5  0.00009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0062  PadR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 113 aa  48.1  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1448  PadR-like family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 124 aa  48.1  0.0001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0784  transcriptional regulator, PadR-like family  28.8 
 
 		 222 aa  48.5  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2658  PadR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 113 aa  47.4  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1891  PadR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 134 aa  47.8  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.240691  normal  0.0316492 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3295  PadR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 113 aa  47.4  0.0002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.937453  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1832  PadR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 113 aa  47.4  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0063  PadR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 113 aa  47.4  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2720  PadR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 113 aa  47.4  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8052  transcriptional regulator protein-like protein  31.52 
 
 		 175 aa  47.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.440354  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>