More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2955 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009429  Rsph17025_3951  histidyl-tRNA synthetase  75.1 
 
 		 494 aa  746    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0501682 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2955  histidyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 497 aa  999    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.48972  normal  0.0224984 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3551  histidyl-tRNA synthetase  76.11 
 
 		 494 aa  759    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.340591  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0945  histidyl-tRNA synthetase  74.56 
 
 		 505 aa  753    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.151243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0503  histidyl-tRNA synthetase  69.82 
 
 		 500 aa  702    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.315875 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1925  histidyl-tRNA synthetase  70.6 
 
 		 494 aa  704    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0968692  normal  0.0771917 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3234  histidyl-tRNA synthetase  69.43 
 
 		 543 aa  729    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4935  histidyl-tRNA synthetase  56.67 
 
 		 508 aa  521  1e-147  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.158251  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2647  histidyl-tRNA synthetase  57.2 
 
 		 532 aa  519  1e-146  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.708997  normal  0.141234 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0464  histidyl-tRNA synthetase  56.91 
 
 		 507 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.469042  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0509  histidyl-tRNA synthetase  56.71 
 
 		 506 aa  502  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0149047 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0893  histidyl-tRNA synthetase  54.28 
 
 		 519 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.200439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1216  histidyl-tRNA synthetase  55.4 
 
 		 509 aa  498  1e-140  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1740  histidyl-tRNA synthetase  52.5 
 
 		 544 aa  498  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.965854  normal  0.114975 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0598  histidyl-tRNA synthetase  53.95 
 
 		 506 aa  501  1e-140  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569659 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4290  histidyl-tRNA synthetase  54.95 
 
 		 515 aa  497  1e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0425698 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1776  histidyl-tRNA synthetase  54.06 
 
 		 500 aa  496  1e-139  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.375411  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1686  histidyl-tRNA synthetase  54.8 
 
 		 503 aa  492  9.999999999999999e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.685076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1369  histidyl-tRNA synthetase  52.48 
 
 		 509 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0999423  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0403  histidyl-tRNA synthetase  55.33 
 
 		 507 aa  491  1e-137  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.326468  normal  0.0636459 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0422  histidyl-tRNA synthetase  53.55 
 
 		 503 aa  488  1e-136  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00502968  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0599  histidyl-tRNA synthetase  54.23 
 
 		 492 aa  487  1e-136  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0139702 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1555  histidyl-tRNA synthetase  54.2 
 
 		 503 aa  484  1e-135  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.84291 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1834  histidyl-tRNA synthetase  54.2 
 
 		 503 aa  484  1e-135  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.848692 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0805  histidyl-tRNA synthetase  53.36 
 
 		 501 aa  483  1e-135  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0510234 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1289  histidyl-tRNA synthetase  51.8 
 
 		 531 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.219331 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3154  histidyl-tRNA synthetase  51.34 
 
 		 526 aa  483  1e-135  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.447073  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1185  histidyl-tRNA synthetase  53.36 
 
 		 526 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.445744  normal  0.165943 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2533  histidyl-tRNA synthetase  52.32 
 
 		 547 aa  468  9.999999999999999e-131  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.749366 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0187  histidyl-tRNA synthetase  54.34 
 
 		 502 aa  464  1e-129  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4681  histidyl-tRNA synthetase  51.31 
 
 		 498 aa  464  1e-129  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.892356 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0169  histidyl-tRNA synthetase  54.34 
 
 		 502 aa  464  1e-129  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.101592  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1178  histidyl-tRNA synthetase  52.83 
 
 		 496 aa  462  1e-129  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.534741  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5801  histidyl-tRNA synthetase  48.9 
 
 		 550 aa  450  1e-125  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3017  histidyl-tRNA synthetase  50.67 
 
 		 529 aa  439  9.999999999999999e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0025  histidyl-tRNA synthetase  35.96 
 
 		 444 aa  260  4e-68  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.320028  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4574  histidyl-tRNA synthetase  34.81 
 
 		 457 aa  256  8e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.819707  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1240  histidyl-tRNA synthetase  35.81 
 
 		 439 aa  255  1.0000000000000001e-66  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23400  histidyl-tRNA synthetase  36.2 
 
 		 432 aa  252  1e-65  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.879527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0257  histidyl-tRNA synthetase  35 
 
 		 458 aa  249  1e-64  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.828616 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0121  histidyl-tRNA synthetase  34.2 
 
 		 454 aa  249  1e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2673  histidyl-tRNA synthetase  33.4 
 
 		 453 aa  245  1.9999999999999999e-63  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00827  histidyl-tRNA synthetase  36.36 
 
 		 470 aa  243  6e-63  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00186389  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1947  histidyl-tRNA synthetase  32.4 
 
 		 442 aa  242  1e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0287  histidyl-tRNA synthetase  37.09 
 
 		 439 aa  239  8e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1143  histidyl-tRNA synthetase  32.7 
 
 		 453 aa  236  7e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.8111  normal  0.0102442 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5052  histidyl-tRNA synthetase  31.72 
 
 		 475 aa  236  1.0000000000000001e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.504123  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0758  histidyl-tRNA synthetase  34.17 
 
 		 467 aa  236  1.0000000000000001e-60  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7026  histidyl-tRNA synthetase  34.88 
 
 		 449 aa  229  1e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2008  histidyl-tRNA synthetase  32.28 
 
 		 454 aa  229  1e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0284  histidyl-tRNA synthetase  32.49 
 
 		 458 aa  227  3e-58  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0449199  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2062  histidyl-tRNA synthetase  31.29 
 
 		 454 aa  223  4e-57  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1422  histidyl-tRNA synthetase  34.69 
 
 		 466 aa  224  4e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2602  histidyl-tRNA synthetase  33.93 
 
 		 462 aa  223  9e-57  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1442  histidyl-tRNA synthetase  31.94 
 
 		 448 aa  222  9.999999999999999e-57  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2260  histidyl-tRNA synthetase  33 
 
 		 462 aa  222  9.999999999999999e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0173  histidyl-tRNA synthetase  31.47 
 
 		 462 aa  222  9.999999999999999e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1355  histidyl-tRNA synthetase  34.69 
 
 		 466 aa  221  1.9999999999999999e-56  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10378  histidyl-tRNA synthetase  31.86 
 
 		 456 aa  221  1.9999999999999999e-56  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.549064  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1753  histidyl-tRNA synthetase  34.51 
 
 		 465 aa  219  1e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.058114 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2246  histidyl-tRNA synthetase  35.28 
 
 		 434 aa  217  4e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000301109  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14040  histidyl-tRNA synthetase  33.2 
 
 		 460 aa  199  1.0000000000000001e-49  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_70094  histidine tRNA synthetase  31.15 
 
 		 536 aa  195  2e-48  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.768048  normal  0.208592 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0659  histidyl-tRNA synthetase  32.53 
 
 		 431 aa  193  6e-48  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1363  histidyl-tRNA synthetase  31.74 
 
 		 428 aa  191  2.9999999999999997e-47  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000622801  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12810  histidyl-tRNA synthetase  33.27 
 
 		 458 aa  190  5e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0759  histidyl-tRNA synthetase  32.74 
 
 		 438 aa  185  2.0000000000000003e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09630  histidyl-tRNA synthetase  29.38 
 
 		 481 aa  184  3e-45  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0725744  normal  0.181312 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1194  histidyl-tRNA synthetase  32.72 
 
 		 459 aa  181  2e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0221904  normal  0.0754692 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0784  histidine--tRNA ligase  31.81 
 
 		 482 aa  179  9e-44  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2023  histidyl-tRNA synthetase  32.24 
 
 		 457 aa  179  1e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000257055 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1819  histidyl-tRNA synthetase  32.99 
 
 		 442 aa  177  3e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.425645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2293  histidyl-tRNA synthetase  32.65 
 
 		 447 aa  177  3e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.129733  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3608  histidyl-tRNA synthetase  33.56 
 
 		 444 aa  177  4e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0646  histidyl-tRNA synthetase  32.45 
 
 		 417 aa  176  6e-43  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.234157  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00046  histidyl-tRNA synthetase, mitochondrial precursor (AFU_orthologue; AFUA_4G12920)  29.35 
 
 		 549 aa  174  2.9999999999999996e-42  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.361819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1621  histidyl-tRNA synthetase  32.53 
 
 		 421 aa  173  5.999999999999999e-42  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0658  histidyl-tRNA synthetase  31.47 
 
 		 427 aa  172  1e-41  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.269942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1809  histidyl-tRNA synthetase  32.52 
 
 		 440 aa  172  1e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.796045  hitchhiker  0.000022389 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0658  histidyl-tRNA synthetase  31.13 
 
 		 419 aa  172  1e-41  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3548  histidyl-tRNA synthetase  32.47 
 
 		 440 aa  172  2e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.458882  normal  0.233684 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3329  histidyl-tRNA synthetase  30.22 
 
 		 425 aa  171  3e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0135  histidyl-tRNA synthetase  29.07 
 
 		 456 aa  169  1e-40  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3348  histidyl-tRNA synthetase  30.22 
 
 		 436 aa  169  2e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.650464  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3130  histidyl-tRNA synthetase  29.78 
 
 		 425 aa  168  2e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0130948  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1009  histidine--tRNA ligase  33.16 
 
 		 413 aa  168  2e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3376  histidyl-tRNA synthetase  29.78 
 
 		 425 aa  168  2e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3489  histidyl-tRNA synthetase  31.39 
 
 		 434 aa  167  2.9999999999999998e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3817  histidyl-tRNA synthetase  30.39 
 
 		 445 aa  167  4e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0218982 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3117  histidyl-tRNA synthetase  30 
 
 		 425 aa  167  5e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.375001  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1360  histidyl-tRNA synthetase  31.65 
 
 		 459 aa  167  5e-40  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.606926  normal  0.473517 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1335  histidyl-tRNA synthetase  31.14 
 
 		 441 aa  166  1.0000000000000001e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.452029 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1902  histidyl-tRNA synthetase  29.56 
 
 		 425 aa  164  3e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1986  histidyl-tRNA synthetase  30.9 
 
 		 434 aa  164  5.0000000000000005e-39  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3354  histidyl-tRNA synthetase  29.56 
 
 		 426 aa  163  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.786132  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1794  histidyl-tRNA synthetase  28.22 
 
 		 418 aa  162  9e-39  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3024  histidyl-tRNA synthetase  29.56 
 
 		 425 aa  162  2e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.49218  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0528  histidyl-tRNA synthetase  30.41 
 
 		 421 aa  160  5e-38  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3351  histidyl-tRNA synthetase  29.33 
 
 		 426 aa  160  5e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0299  histidyl-tRNA synthetase  33.24 
 
 		 428 aa  160  7e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0532706 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>