More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1289 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1369  histidyl-tRNA synthetase  73.55 
 
 		 509 aa  767    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0999423  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2533  histidyl-tRNA synthetase  75 
 
 		 547 aa  775    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.749366 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1185  histidyl-tRNA synthetase  72.83 
 
 		 526 aa  756    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.445744  normal  0.165943 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0893  histidyl-tRNA synthetase  72.52 
 
 		 519 aa  753    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.200439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1289  histidyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 531 aa  1077    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.219331 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3154  histidyl-tRNA synthetase  68.84 
 
 		 526 aa  703    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.447073  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1740  histidyl-tRNA synthetase  70.51 
 
 		 544 aa  745    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.965854  normal  0.114975 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0805  histidyl-tRNA synthetase  60.49 
 
 		 501 aa  595  1e-169  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0510234 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1216  histidyl-tRNA synthetase  61.33 
 
 		 509 aa  597  1e-169  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1776  histidyl-tRNA synthetase  60.49 
 
 		 500 aa  597  1e-169  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.375411  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2647  histidyl-tRNA synthetase  62.43 
 
 		 532 aa  595  1e-169  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.708997  normal  0.141234 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4935  histidyl-tRNA synthetase  61.52 
 
 		 508 aa  592  1e-168  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.158251  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0422  histidyl-tRNA synthetase  60.27 
 
 		 503 aa  569  1e-161  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00502968  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4290  histidyl-tRNA synthetase  58.48 
 
 		 515 aa  556  1e-157  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0425698 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0403  histidyl-tRNA synthetase  59.25 
 
 		 507 aa  550  1e-155  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.326468  normal  0.0636459 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0187  histidyl-tRNA synthetase  59.23 
 
 		 502 aa  549  1e-155  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0509  histidyl-tRNA synthetase  58.68 
 
 		 506 aa  548  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0149047 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0169  histidyl-tRNA synthetase  59.04 
 
 		 502 aa  547  1e-154  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.101592  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3017  histidyl-tRNA synthetase  57.77 
 
 		 529 aa  546  1e-154  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0464  histidyl-tRNA synthetase  58.49 
 
 		 507 aa  546  1e-154  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.469042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0598  histidyl-tRNA synthetase  55.64 
 
 		 506 aa  543  1e-153  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569659 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1686  histidyl-tRNA synthetase  57.25 
 
 		 503 aa  538  9.999999999999999e-153  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.685076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1178  histidyl-tRNA synthetase  55.34 
 
 		 496 aa  535  1e-151  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.534741  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1555  histidyl-tRNA synthetase  57.82 
 
 		 503 aa  536  1e-151  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.84291 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1834  histidyl-tRNA synthetase  57.82 
 
 		 503 aa  536  1e-151  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.848692 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5801  histidyl-tRNA synthetase  55.94 
 
 		 550 aa  526  1e-148  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0945  histidyl-tRNA synthetase  53.54 
 
 		 505 aa  503  1e-141  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.151243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2955  histidyl-tRNA synthetase  51.8 
 
 		 497 aa  483  1e-135  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.48972  normal  0.0224984 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0503  histidyl-tRNA synthetase  51.23 
 
 		 500 aa  475  1e-132  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.315875 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3234  histidyl-tRNA synthetase  49.55 
 
 		 543 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3551  histidyl-tRNA synthetase  50 
 
 		 494 aa  462  1e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.340591  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3951  histidyl-tRNA synthetase  49.81 
 
 		 494 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0501682 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1925  histidyl-tRNA synthetase  48.87 
 
 		 494 aa  446  1.0000000000000001e-124  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0968692  normal  0.0771917 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4681  histidyl-tRNA synthetase  48.76 
 
 		 498 aa  444  1e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.892356 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0599  histidyl-tRNA synthetase  49.33 
 
 		 492 aa  444  1e-123  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0139702 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2673  histidyl-tRNA synthetase  31.53 
 
 		 453 aa  222  9.999999999999999e-57  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4574  histidyl-tRNA synthetase  31.71 
 
 		 457 aa  222  9.999999999999999e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.819707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0121  histidyl-tRNA synthetase  32.11 
 
 		 454 aa  220  3.9999999999999997e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0025  histidyl-tRNA synthetase  32.78 
 
 		 444 aa  217  2.9999999999999998e-55  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.320028  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1143  histidyl-tRNA synthetase  31.39 
 
 		 453 aa  215  9.999999999999999e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.8111  normal  0.0102442 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1240  histidyl-tRNA synthetase  32.85 
 
 		 439 aa  214  3.9999999999999995e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0257  histidyl-tRNA synthetase  31.6 
 
 		 458 aa  211  2e-53  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.828616 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1947  histidyl-tRNA synthetase  30.48 
 
 		 442 aa  205  1e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2008  histidyl-tRNA synthetase  30.24 
 
 		 454 aa  201  3e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5052  histidyl-tRNA synthetase  28.17 
 
 		 475 aa  197  3e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.504123  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1422  histidyl-tRNA synthetase  32.11 
 
 		 466 aa  197  3e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1355  histidyl-tRNA synthetase  32.31 
 
 		 466 aa  196  1e-48  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00827  histidyl-tRNA synthetase  31.11 
 
 		 470 aa  191  2e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00186389  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0758  histidyl-tRNA synthetase  29.39 
 
 		 467 aa  191  2.9999999999999997e-47  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0284  histidyl-tRNA synthetase  29.8 
 
 		 458 aa  190  5e-47  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0449199  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7026  histidyl-tRNA synthetase  29.52 
 
 		 449 aa  189  8e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10378  histidyl-tRNA synthetase  28.49 
 
 		 456 aa  187  3e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.549064  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0287  histidyl-tRNA synthetase  31.21 
 
 		 439 aa  185  2.0000000000000003e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1753  histidyl-tRNA synthetase  31.63 
 
 		 465 aa  182  2e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.058114 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0646  histidyl-tRNA synthetase  31.92 
 
 		 417 aa  179  1e-43  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.234157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1621  histidyl-tRNA synthetase  30.95 
 
 		 421 aa  179  1e-43  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1442  histidyl-tRNA synthetase  29.22 
 
 		 448 aa  178  2e-43  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1363  histidyl-tRNA synthetase  29.2 
 
 		 428 aa  177  4e-43  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000622801  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2602  histidyl-tRNA synthetase  29.48 
 
 		 462 aa  177  4e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2246  histidyl-tRNA synthetase  30.51 
 
 		 434 aa  176  8e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000301109  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0658  histidyl-tRNA synthetase  29.79 
 
 		 419 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1819  histidyl-tRNA synthetase  31.55 
 
 		 442 aa  174  3.9999999999999995e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.425645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2260  histidyl-tRNA synthetase  28.68 
 
 		 462 aa  173  5.999999999999999e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0658  histidyl-tRNA synthetase  30.3 
 
 		 427 aa  173  6.999999999999999e-42  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.269942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3329  histidyl-tRNA synthetase  28.27 
 
 		 425 aa  171  2e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2062  histidyl-tRNA synthetase  26.61 
 
 		 454 aa  171  3e-41  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0759  histidyl-tRNA synthetase  30.32 
 
 		 438 aa  171  3e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3348  histidyl-tRNA synthetase  28.63 
 
 		 436 aa  170  5e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.650464  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1902  histidyl-tRNA synthetase  28.42 
 
 		 425 aa  170  6e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0173  histidyl-tRNA synthetase  27.22 
 
 		 462 aa  170  7e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3130  histidyl-tRNA synthetase  28.27 
 
 		 425 aa  168  2e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0130948  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3376  histidyl-tRNA synthetase  28.27 
 
 		 425 aa  168  2e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3354  histidyl-tRNA synthetase  28.27 
 
 		 426 aa  168  2e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.786132  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0659  histidyl-tRNA synthetase  29.86 
 
 		 431 aa  168  2e-40  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3117  histidyl-tRNA synthetase  28.07 
 
 		 425 aa  167  5.9999999999999996e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.375001  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_70094  histidine tRNA synthetase  28.96 
 
 		 536 aa  166  6.9999999999999995e-40  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.768048  normal  0.208592 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3351  histidyl-tRNA synthetase  28.07 
 
 		 426 aa  166  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3024  histidyl-tRNA synthetase  28 
 
 		 425 aa  164  3e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.49218  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1194  histidyl-tRNA synthetase  30.21 
 
 		 459 aa  164  3e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0221904  normal  0.0754692 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3548  histidyl-tRNA synthetase  31.12 
 
 		 440 aa  162  1e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.458882  normal  0.233684 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1809  histidyl-tRNA synthetase  30.41 
 
 		 440 aa  161  3e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.796045  hitchhiker  0.000022389 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0784  histidine--tRNA ligase  31.17 
 
 		 482 aa  159  2e-37  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3054  histidyl-tRNA synthetase  28.04 
 
 		 431 aa  158  3e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.968962  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00046  histidyl-tRNA synthetase, mitochondrial precursor (AFU_orthologue; AFUA_4G12920)  29.46 
 
 		 549 aa  157  4e-37  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.361819  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0135  histidyl-tRNA synthetase  26.1 
 
 		 456 aa  157  5.0000000000000005e-37  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1794  histidyl-tRNA synthetase  27.16 
 
 		 418 aa  156  1e-36  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0528  histidyl-tRNA synthetase  29.26 
 
 		 421 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0054  histidyl-tRNA synthetase  29.72 
 
 		 415 aa  154  4e-36  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011698  PHATRDRAFT_16944  predicted protein  27.03 
 
 		 438 aa  154  4e-36  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.994947  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1986  histidyl-tRNA synthetase  29.67 
 
 		 434 aa  153  5.9999999999999996e-36  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0082  Histidine--tRNA ligase  30.75 
 
 		 425 aa  151  3e-35  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1677  histidyl-tRNA synthetase  29.14 
 
 		 423 aa  150  6e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0038851 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0862  histidyl-tRNA synthetase  27.52 
 
 		 418 aa  150  7e-35  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.393397  hitchhiker  0.0052458 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3608  histidyl-tRNA synthetase  28.51 
 
 		 444 aa  149  2.0000000000000003e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0299  histidyl-tRNA synthetase  30.38 
 
 		 428 aa  148  2.0000000000000003e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0532706 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2023  histidyl-tRNA synthetase  30.58 
 
 		 457 aa  149  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000257055 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1055  histidyl-tRNA synthetase  27.31 
 
 		 418 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0924  histidyl-tRNA synthetase  26.9 
 
 		 418 aa  148  3e-34  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09630  histidyl-tRNA synthetase  28.16 
 
 		 481 aa  147  6e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0725744  normal  0.181312 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0030  histidyl-tRNA synthetase  26.76 
 
 		 418 aa  146  8.000000000000001e-34  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.289573  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>