More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2707 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_0425  methionyl-tRNA synthetase  81.26 
 
 		 572 aa  987    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.00326727  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2081  methionyl-tRNA synthetase  81.26 
 
 		 572 aa  987    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.203552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3145  methionyl-tRNA synthetase  80.39 
 
 		 570 aa  955    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.433587 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2349  methionyl-tRNA synthetase  81.79 
 
 		 572 aa  989    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2197  methionyl-tRNA synthetase  82.84 
 
 		 573 aa  991    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1747  methionyl-tRNA synthetase  61.65 
 
 		 569 aa  708    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.733283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1827  methionyl-tRNA synthetase  59.34 
 
 		 572 aa  692    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.612028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2707  methionyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 572 aa  1179    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2045  methionyl-tRNA synthetase  81.09 
 
 		 572 aa  977    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605667 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1838  methionyl-tRNA synthetase  53.44 
 
 		 557 aa  617  1e-175  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.894587  normal  0.204358 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1568  methionyl-tRNA synthetase  39.44 
 
 		 699 aa  412  1e-113  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01380  methionyl-tRNA synthetase (AFU_orthologue; AFUA_1G09010)  36.9 
 
 		 658 aa  406  1.0000000000000001e-112  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_76328  methionyl tRNA synthetase  37.78 
 
 		 757 aa  404  1e-111  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006686  CND04250  conserved hypothetical protein  37.8 
 
 		 724 aa  400  9.999999999999999e-111  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.396797  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1317  methionyl-tRNA synthetase  37.13 
 
 		 570 aa  399  1e-109  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.0492827  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04125  methionyl-tRNA synthetase  36.72 
 
 		 690 aa  392  1e-108  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0255166  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1063  methionyl-tRNA synthetase  39.85 
 
 		 793 aa  390  1e-107  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0094  methionyl-tRNA synthetase  37.5 
 
 		 734 aa  392  1e-107  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.168493  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1159  methionyl-tRNA synthetase  38.77 
 
 		 570 aa  387  1e-106  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1779  methionyl-tRNA synthetase  37.5 
 
 		 565 aa  382  1e-105  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.368344  normal  0.651092 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1834  methionyl-tRNA synthetase  37.11 
 
 		 688 aa  382  1e-105  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.726687  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0346  methionyl-tRNA synthetase  38.26 
 
 		 567 aa  381  1e-104  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0170  methionyl-tRNA synthetase  37.94 
 
 		 680 aa  379  1e-103  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1186  methionyl-tRNA synthetase  37.91 
 
 		 702 aa  371  1e-101  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.304835 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1197  methionyl-tRNA synthetase  36 
 
 		 700 aa  371  1e-101  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2630  methionyl-tRNA synthetase  39.89 
 
 		 577 aa  370  1e-101  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.285635  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0600  methionyl-tRNA synthetase  34.21 
 
 		 734 aa  369  1e-101  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.801197  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0615  methionyl-tRNA synthetase  36.89 
 
 		 565 aa  369  1e-101  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0301  methionyl-tRNA synthetase  38.72 
 
 		 550 aa  368  1e-100  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0520884  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0857  methionyl-tRNA synthetase  35.82 
 
 		 711 aa  364  3e-99  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.318688  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1113  methionyl-tRNA synthetase  36.66 
 
 		 703 aa  363  4e-99  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2689  methionyl-tRNA synthetase  35.18 
 
 		 689 aa  362  1e-98  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.404037 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1277  hypothetical protein  36.2 
 
 		 557 aa  361  2e-98  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0125783 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0083  methionyl-tRNA synthetase  34.41 
 
 		 702 aa  361  2e-98  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.158203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1403  methionyl-tRNA synthetase  37.34 
 
 		 705 aa  357  1.9999999999999998e-97  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.349899  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0136  methionyl-tRNA synthetase  35.55 
 
 		 582 aa  356  5.999999999999999e-97  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1011  methionyl-tRNA synthetase  36.11 
 
 		 702 aa  356  6.999999999999999e-97  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.493296  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1190  methionyl-tRNA synthetase  35.88 
 
 		 702 aa  355  1e-96  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.975612  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1367  methionyl-tRNA synthetase  36.03 
 
 		 704 aa  355  1e-96  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00459582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1471  methionyl-tRNA synthetase  36.19 
 
 		 682 aa  354  2.9999999999999997e-96  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.282843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2037  methionyl-tRNA synthetase  37.27 
 
 		 592 aa  346  6e-94  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.509449  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3011  methionyl-tRNA synthetase  36.59 
 
 		 592 aa  344  2e-93  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.980202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0976  methionyl-tRNA synthetase  36.61 
 
 		 600 aa  341  2e-92  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000127359  normal  0.0415567 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2956  methionyl-tRNA synthetase  34.21 
 
 		 691 aa  340  2.9999999999999998e-92  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.570356 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1626  methionyl-tRNA synthetase  33.33 
 
 		 573 aa  334  2e-90  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.246166  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0388  methionyl-tRNA synthetase  35.47 
 
 		 553 aa  334  3e-90  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0335428  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0368  methionyl-tRNA synthetase  35.59 
 
 		 553 aa  333  5e-90  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000165751  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5716  methionyl-tRNA synthetase  35.06 
 
 		 597 aa  332  8e-90  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_331  methionyl-tRNA synthetase  35.29 
 
 		 553 aa  332  1e-89  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00222615  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7066  methionyl-tRNA synthetase  34.88 
 
 		 693 aa  330  3e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.842095  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0971  methionyl-tRNA synthetase  36.35 
 
 		 614 aa  330  4e-89  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0325311 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0389  methionyl-tRNA synthetase  35.56 
 
 		 606 aa  330  5.0000000000000004e-89  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4561  methionyl-tRNA synthetase  35.21 
 
 		 611 aa  327  5e-88  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2785  methionyl-tRNA synthetase  34.42 
 
 		 574 aa  326  7e-88  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0013223  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4070  methionyl-tRNA synthetase  35 
 
 		 605 aa  325  1e-87  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.310796  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0586  methionyl-tRNA synthetase  33.79 
 
 		 605 aa  322  1.9999999999999998e-86  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1913  methionyl-tRNA synthetase  32.73 
 
 		 568 aa  321  1.9999999999999998e-86  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.626919  normal  0.494976 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1042  methionyl-tRNA synthetase  34.14 
 
 		 600 aa  320  5e-86  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0685254  normal  0.461054 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5898  methionyl-tRNA synthetase  36.19 
 
 		 565 aa  320  6e-86  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.41818 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0722  methionyl-tRNA synthetase  34.58 
 
 		 600 aa  319  9e-86  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000318448 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0850  methionyl-tRNA synthetase  34.48 
 
 		 595 aa  318  1e-85  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.13207  normal  0.94417 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32490  methionyl-tRNA synthetase  35.09 
 
 		 595 aa  318  2e-85  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.84169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0726  methionyl-tRNA synthetase  34.57 
 
 		 673 aa  315  9.999999999999999e-85  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.295956  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0642  methionyl-tRNA synthetase  34.86 
 
 		 596 aa  313  5.999999999999999e-84  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.114108  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0780  methionyl-tRNA synthetase  33.69 
 
 		 603 aa  311  2e-83  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.207529  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0902  methionyl-tRNA synthetase  34.16 
 
 		 597 aa  309  1.0000000000000001e-82  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.320514  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1386  methionyl-tRNA synthetase  33.04 
 
 		 595 aa  309  1.0000000000000001e-82  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.693312  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03320  methionyl-tRNA synthetase  34.39 
 
 		 600 aa  306  5.0000000000000004e-82  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0695  methionyl-tRNA synthetase  34.28 
 
 		 663 aa  306  9.000000000000001e-82  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.708898 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8622  tRNA synthetase class I (I, L, M and V)  34.26 
 
 		 593 aa  305  1.0000000000000001e-81  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17560  methionyl-tRNA synthetase  33.16 
 
 		 599 aa  304  3.0000000000000004e-81  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0814812  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1328  methionyl-tRNA synthetase  31.15 
 
 		 663 aa  303  6.000000000000001e-81  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1347  methionyl-tRNA synthetase  30.97 
 
 		 663 aa  303  8.000000000000001e-81  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.511485  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0820  methionyl-tRNA synthetase  35.19 
 
 		 662 aa  300  3e-80  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.816271 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0625  methionyl-tRNA synthetase  30.8 
 
 		 663 aa  299  8e-80  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.997771  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1256  methionine--tRNA ligase  33.33 
 
 		 625 aa  298  2e-79  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000206162 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2825  methionyl-tRNA synthetase  32.09 
 
 		 690 aa  295  2e-78  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.23951 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0979  methionyl-tRNA synthetase  34.27 
 
 		 599 aa  294  3e-78  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.625182  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1531  methionyl-tRNA synthetase  31.7 
 
 		 617 aa  291  3e-77  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0743167  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05440  methionyl-tRNA synthetase  31.46 
 
 		 540 aa  290  3e-77  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.220303  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1337  methionyl-tRNA synthetase  29.98 
 
 		 663 aa  289  1e-76  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4862  methionyl-tRNA synthetase  33.46 
 
 		 544 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0888  methionyl-tRNA synthetase  30.94 
 
 		 669 aa  285  2.0000000000000002e-75  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0543  methionyl-tRNA synthetase  31.52 
 
 		 710 aa  281  2e-74  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5183  methionyl-tRNA synthetase  33.15 
 
 		 544 aa  281  2e-74  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5147  methionyl-tRNA synthetase  31.94 
 
 		 544 aa  281  3e-74  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0808  methionyl-tRNA synthetase  32.99 
 
 		 705 aa  281  3e-74  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4747  methionyl-tRNA synthetase  31.94 
 
 		 544 aa  280  5e-74  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0619  methionyl-tRNA synthetase  30.09 
 
 		 672 aa  279  1e-73  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5192  methionyl-tRNA synthetase  31.24 
 
 		 544 aa  279  1e-73  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5177  methionyl-tRNA synthetase  32.08 
 
 		 544 aa  278  2e-73  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2013  methionyl-tRNA synthetase  33.04 
 
 		 664 aa  278  3e-73  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4903  methionyl-tRNA synthetase  31.76 
 
 		 544 aa  277  4e-73  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5278  methionyl-tRNA synthetase  31.76 
 
 		 544 aa  277  4e-73  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2601  methionyl-tRNA synthetase  32.11 
 
 		 717 aa  274  4.0000000000000004e-72  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0067  methionyl-tRNA synthetase  32.65 
 
 		 544 aa  273  5.000000000000001e-72  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0447  methionyl-tRNA synthetase  31.35 
 
 		 714 aa  271  2e-71  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.381782 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0963  methionyl-tRNA synthetase  29.82 
 
 		 551 aa  271  2.9999999999999997e-71  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000994373 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1936  methionyl-tRNA synthetase  29.95 
 
 		 684 aa  271  2.9999999999999997e-71  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0206169  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1037  methionyl-tRNA synthetase  33.15 
 
 		 680 aa  269  1e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>