More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_240 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_240  site-specific recombinase, phage integrase family  100 
 
 		 231 aa  473  1e-132  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0195  phage integrase family protein  74.46 
 
 		 231 aa  369  1e-101  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0157  phage integrase family site specific recombinase  59.82 
 
 		 234 aa  272  3e-72  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1915  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.48 
 
 		 345 aa  84.7  0.000000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.279776  hitchhiker  0.00138491 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4062  tyrosine recombinase XerD  30.37 
 
 		 353 aa  83.6  0.000000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.159612  normal  0.47475 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  29.15 
 
 		 317 aa  82.8  0.000000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  30.09 
 
 		 306 aa  81.6  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1924  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.52 
 
 		 325 aa  80.9  0.00000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.239497 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15290  tyrosine recombinase XerD subunit  28.17 
 
 		 332 aa  80.5  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.203953  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  27.88 
 
 		 324 aa  79  0.00000000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  27.51 
 
 		 311 aa  78.6  0.00000000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2994  tyrosine recombinase XerD  33.83 
 
 		 315 aa  77  0.0000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2821  tyrosine recombinase XerD  27.88 
 
 		 313 aa  76.6  0.0000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.346068  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25380  tyrosine recombinase XerD subunit  27.62 
 
 		 311 aa  76.3  0.0000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.732719 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1932  tyrosine recombinase XerD  29.13 
 
 		 310 aa  75.9  0.0000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1201  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.07 
 
 		 321 aa  75.5  0.0000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731595  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1450  integrase family protein  29.61 
 
 		 299 aa  75.5  0.0000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00858396  normal  0.734684 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  26.41 
 
 		 295 aa  75.1  0.0000000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1266  tyrosine recombinase XerD  30 
 
 		 310 aa  74.7  0.000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  28.5 
 
 		 310 aa  74.7  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2957  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.06 
 
 		 318 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.271721  normal  0.636956 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3153  tyrosine recombinase XerD  30.56 
 
 		 443 aa  73.9  0.000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.408525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3281  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.06 
 
 		 317 aa  73.9  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  27.16 
 
 		 309 aa  73.6  0.000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0602  phage integrase family protein  28.38 
 
 		 317 aa  73.6  0.000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00243284  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0817  tyrosine recombinase XerD  31.5 
 
 		 305 aa  73.2  0.000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.763193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1560  tyrosine recombinase XerD  29 
 
 		 331 aa  72.8  0.000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.736869  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2942  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.61 
 
 		 318 aa  72.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2986  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.61 
 
 		 318 aa  72.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3500  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.61 
 
 		 314 aa  72  0.000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.385537  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2992  tyrosine recombinase XerD  27.19 
 
 		 308 aa  72  0.000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  27.16 
 
 		 295 aa  72  0.000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1555  tyrosine recombinase XerD  26.42 
 
 		 290 aa  71.6  0.000000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  28.22 
 
 		 302 aa  71.6  0.00000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  28.22 
 
 		 302 aa  71.2  0.00000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0235  Integrase  28.26 
 
 		 308 aa  70.5  0.00000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.386202  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  28.44 
 
 		 305 aa  70.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1489  tyrosine recombinase XerD  28.1 
 
 		 313 aa  70.5  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.966498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  27.35 
 
 		 295 aa  70.9  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11716  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.06 
 
 		 311 aa  70.5  0.00000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.162629 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  29.15 
 
 		 302 aa  69.7  0.00000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1023  tyrosine recombinase XerC subunit  27.19 
 
 		 307 aa  70.1  0.00000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.554982  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4583  tyrosine recombinase XerD  27.16 
 
 		 317 aa  70.1  0.00000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.422443 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  27.23 
 
 		 302 aa  69.3  0.00000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2489  tyrosine recombinase XerD  28.64 
 
 		 318 aa  69.3  0.00000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.189208  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1786  tyrosine recombinase XerD  25.97 
 
 		 291 aa  69.3  0.00000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0596225  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.34 
 
 		 302 aa  68.9  0.00000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  27.43 
 
 		 295 aa  68.6  0.00000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1337  tyrosine recombinase XerC  26.22 
 
 		 298 aa  68.6  0.00000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0149085  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.36 
 
 		 305 aa  68.6  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1312  tyrosine recombinase XerC  26.22 
 
 		 298 aa  68.6  0.00000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.199373  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1521  tyrosine recombinase XerD  26.87 
 
 		 346 aa  68.6  0.00000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2860  tyrosine recombinase XerC subunit  30.66 
 
 		 300 aa  68.2  0.00000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  26.34 
 
 		 295 aa  68.6  0.00000000009  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  25.89 
 
 		 295 aa  68.2  0.0000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1520  tyrosine recombinase XerD  28.19 
 
 		 362 aa  68.2  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000383292 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  27.8 
 
 		 277 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  27.09 
 
 		 294 aa  67.8  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0787  formylmethanofuran dehydrogenase subunit E-like protein  25.33 
 
 		 320 aa  67.8  0.0000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  decreased coverage  0.00453269  unclonable  0.000000000000100471 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5431  tyrosine recombinase XerD  30.13 
 
 		 299 aa  67  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.060431  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1536  phage integrase  26.87 
 
 		 201 aa  67.4  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.26915 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.59 
 
 		 299 aa  67  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  27.94 
 
 		 299 aa  67  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  26.34 
 
 		 299 aa  67.8  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.45 
 
 		 299 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  27.11 
 
 		 301 aa  66.6  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  25.71 
 
 		 296 aa  66.6  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.54 
 
 		 298 aa  66.2  0.0000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.45 
 
 		 299 aa  66.2  0.0000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  26.54 
 
 		 298 aa  66.2  0.0000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.54 
 
 		 298 aa  66.2  0.0000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.54 
 
 		 298 aa  66.2  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3012  tyrosine recombinase XerD subunit  27.15 
 
 		 295 aa  66.2  0.0000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146868  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.54 
 
 		 298 aa  66.2  0.0000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.54 
 
 		 298 aa  66.2  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  26.54 
 
 		 298 aa  66.2  0.0000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.54 
 
 		 298 aa  66.2  0.0000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.54 
 
 		 298 aa  65.9  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.54 
 
 		 298 aa  65.9  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.54 
 
 		 298 aa  65.9  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.54 
 
 		 298 aa  65.9  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.54 
 
 		 298 aa  65.9  0.0000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.54 
 
 		 298 aa  65.9  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.07 
 
 		 298 aa  65.5  0.0000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1344  integrase family protein  27.56 
 
 		 292 aa  65.5  0.0000000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000678444  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1163  phage integrase family protein  28.85 
 
 		 472 aa  65.5  0.0000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.562087  normal  0.524123 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  27.27 
 
 		 320 aa  65.1  0.0000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.79 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.79 
 
 		 299 aa  64.3  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.34 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0251  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.03 
 
 		 355 aa  64.7  0.000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00631913  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  28.02 
 
 		 294 aa  65.1  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.12 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.12 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.12 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  25.96 
 
 		 317 aa  64.7  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  25.55 
 
 		 297 aa  64.7  0.000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  30.18 
 
 		 298 aa  64.3  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.79 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  26.83 
 
 		 308 aa  65.1  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>