213 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3780 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3780  integrase family protein  100 
 
 		 383 aa  781    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.325182  normal  0.557184 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2261  phage integrase  70.95 
 
 		 353 aa  481  1e-134  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.245925  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1991  phage integrase family protein  65.34 
 
 		 358 aa  433  1e-120  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1972  integrase family protein  56.97 
 
 		 359 aa  357  2.9999999999999997e-97  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.713568  normal  0.0793814 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1804  integrase family protein  57.95 
 
 		 401 aa  357  2.9999999999999997e-97  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000010936 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3042  phage integrase  49.22 
 
 		 366 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6161  integrase family protein  34.91 
 
 		 382 aa  161  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.365462  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5471  integrase family protein  33.53 
 
 		 382 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4524  phage integrase family protein  34.49 
 
 		 380 aa  155  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6311  integrase family protein  35.86 
 
 		 380 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.692197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8553  integrase family protein  36.78 
 
 		 424 aa  150  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.453986  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2722  phage integrase family protein  34 
 
 		 367 aa  149  7e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.907602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9510  phage-related integrase  33.91 
 
 		 370 aa  149  9e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0464246  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5431  phage integrase family protein  34.58 
 
 		 391 aa  146  6e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.606096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4716  phage integrase family protein  32.75 
 
 		 379 aa  145  9e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3773  integrase family protein  33.43 
 
 		 390 aa  145  1e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4516  phage integrase  33.33 
 
 		 422 aa  139  7.999999999999999e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2995  integrase family protein  32.22 
 
 		 323 aa  114  4.0000000000000004e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.941848  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0918  integrase family protein  37.8 
 
 		 329 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.512331  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4367  phage integrase family protein  28.07 
 
 		 335 aa  99.4  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2304  phage integrase  33.56 
 
 		 362 aa  97.8  3e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0327568  normal  0.0181167 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1962  AP endonuclease  27.78 
 
 		 326 aa  97.8  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3968  phage integrase family protein  26.39 
 
 		 347 aa  97.4  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0008  DNA integration/recombination/inversion protein  33.6 
 
 		 314 aa  95.5  1e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.856285  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25710  cointegrate resolution protein S  27.45 
 
 		 325 aa  94  4e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.602375  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02951  Phage integrase  26.7 
 
 		 336 aa  93.6  5e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.203842  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2249  phage integrase family protein  25.63 
 
 		 319 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.020372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35820  cointegrate resolution protein S  26.69 
 
 		 323 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000225241  decreased coverage  6.17783e-20 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3058  cointegrate resolution protein S  26.69 
 
 		 323 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1698  Phage integrase  28.79 
 
 		 328 aa  91.3  3e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.265406  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3277  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  30.67 
 
 		 375 aa  90.1  6e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1382  Phage integrase  29.31 
 
 		 335 aa  89.4  1e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4157  integrase domain-containing protein  29.21 
 
 		 366 aa  89  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.118927  normal  0.593362 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9008  phage integrase family protein  30 
 
 		 377 aa  88.2  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4316  phage integrase family protein  26.26 
 
 		 340 aa  87.8  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3434  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  30.67 
 
 		 375 aa  87.4  4e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6280  integrase family protein  34.83 
 
 		 335 aa  85.1  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.737923 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4820  phage integrase family protein  28.71 
 
 		 356 aa  84  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2380  phage integrase family protein  26.74 
 
 		 371 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.503709  normal  0.032696 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2466  integrase family protein  29.28 
 
 		 342 aa  83.2  0.000000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0580014  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2082  integrase family protein  26.69 
 
 		 371 aa  83.2  0.000000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.024543  hitchhiker  0.000210845 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2276  integrase family protein  30.49 
 
 		 311 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00370914  hitchhiker  0.000967634 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2263  phage integrase family protein  26.69 
 
 		 371 aa  82  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00650578  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2981  Tn4652, cointegrate resolution protein S  25 
 
 		 323 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0457753 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2511  phage integrase  26.24 
 
 		 448 aa  81.3  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.133481 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1996  phage integrase family protein  26.87 
 
 		 369 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0736379 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3359  integrase family protein  29.66 
 
 		 307 aa  80.5  0.00000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1908  phage integrase family protein  31.09 
 
 		 338 aa  80.5  0.00000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.454202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2033  phage integrase family protein  26.87 
 
 		 369 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.294731 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7008  phage integrase family protein  28.62 
 
 		 387 aa  79.7  0.00000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2752  integrase domain protein SAM domain protein  30.29 
 
 		 362 aa  79.7  0.00000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00014768  normal  0.023237 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1943  phage integrase family protein  28.57 
 
 		 369 aa  79.3  0.00000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.171548  normal  0.0940691 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1883  site-specific recombinase XerD-like  29.44 
 
 		 649 aa  78.2  0.0000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4358  phage integrase  29.29 
 
 		 408 aa  78.6  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.245213  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4792  integrase family protein  28.62 
 
 		 363 aa  78.2  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00356022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8006  integrase protein  29.93 
 
 		 378 aa  77.8  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2926  Phage integrase  25.23 
 
 		 312 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0537176  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4511  phage integrase  27.3 
 
 		 369 aa  78.2  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.694348  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2382  integrase family protein  25.83 
 
 		 354 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0941885  normal  0.501513 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6146  integrase family protein  32.23 
 
 		 311 aa  77  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2384  phage integrase family site specific recombinase  26.35 
 
 		 369 aa  77  0.0000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4548  phage integrase  28.79 
 
 		 421 aa  76.6  0.0000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.832393  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2094  integrase family protein  28.14 
 
 		 400 aa  77  0.0000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000349759  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4579  phage integrase  28.06 
 
 		 406 aa  75.5  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.18624  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2669  integrase family protein  25.07 
 
 		 316 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.261954  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2976  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  26.74 
 
 		 319 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0607408  normal  0.0219571 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4195  phage integrase  28.19 
 
 		 408 aa  74.7  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0564405  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2480  integrase family protein  28.57 
 
 		 354 aa  74.7  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.608661 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2244  phage integrase family protein  25.07 
 
 		 380 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.111867  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3109  cointegrate resolution protein S  26.8 
 
 		 319 aa  73.6  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00637573  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3181  phage integrase family site specific recombinase  25.44 
 
 		 316 aa  73.2  0.000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4297  integrase family protein  29.17 
 
 		 394 aa  72.8  0.00000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6972  integrase family protein  28.23 
 
 		 329 aa  72.4  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0164563  normal  0.0336098 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2092  phage integrase family protein  27.04 
 
 		 406 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4576  phage integrase  28.61 
 
 		 357 aa  71.2  0.00000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6851  integrase family protein  25.62 
 
 		 323 aa  70.5  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.100628  normal  0.271303 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2535  phage integrase family protein  25.15 
 
 		 326 aa  70.5  0.00000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00624  cointegrase  25.22 
 
 		 322 aa  69.7  0.00000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.281729  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2680  integrase family protein  25.44 
 
 		 316 aa  69.7  0.00000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0645  integrase family protein  31.15 
 
 		 328 aa  69.3  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000112195  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5342  putative cointegrate resolution protein S / recombinase  27.18 
 
 		 277 aa  67  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0180  phage integrase  33.65 
 
 		 336 aa  66.6  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0996549 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4027  integrase family protein  24.92 
 
 		 372 aa  66.2  0.0000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.461361  n/a   
 
 
-
 
NC_011732  PCC7424_5582  integrase family protein  29.56 
 
 		 313 aa  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1640  integrase family protein  24.63 
 
 		 320 aa  66.2  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5281  integrase family protein  24.63 
 
 		 320 aa  66.2  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1674  phage integrase family protein  28.15 
 
 		 330 aa  64.7  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.198845 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00295  site-specific recombinase, phage integrase family protein  26.59 
 
 		 297 aa  65.1  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2392  integrase family protein  29.47 
 
 		 313 aa  63.5  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0530338  normal  0.472164 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1553  putative integrase/recombinase  25.97 
 
 		 343 aa  63.5  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2105  integrase family protein  29.47 
 
 		 313 aa  63.5  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4680  integrase family protein  27.93 
 
 		 346 aa  63.2  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1987  phage integrase family protein  25.42 
 
 		 319 aa  63.2  0.000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4243  phage integrase  30.28 
 
 		 309 aa  62  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000426285 
 
 
-
 
NC_013163  Cyan8802_4591  integrase family protein  29.95 
 
 		 316 aa  60.1  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000000427706  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3104  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.33 
 
 		 306 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.494742 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2996  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.12 
 
 		 306 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0374572 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6437  site-specific tyrosine recombinase XerC  30 
 
 		 306 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.798094 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3133  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.12 
 
 		 306 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3087  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.1 
 
 		 306 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>