More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4027 on replicon NC_009957
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009957  Dshi_4027  integrase family protein  100 
 
 		 372 aa  758    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.461361  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3751  integrase family protein  75.56 
 
 		 369 aa  541  1e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.542126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4239  hypothetical protein  68.68 
 
 		 365 aa  499  1e-140  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0653636  normal  0.519885 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4358  phage integrase  59.31 
 
 		 408 aa  432  1e-120  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.245213  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4195  phage integrase  63.1 
 
 		 408 aa  426  1e-118  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0564405  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4548  phage integrase  63.1 
 
 		 421 aa  424  1e-117  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.832393  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4579  phage integrase  59.13 
 
 		 406 aa  422  1e-117  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.18624  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9008  phage integrase family protein  59.63 
 
 		 377 aa  412  1e-114  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7008  phage integrase family protein  63.83 
 
 		 387 aa  404  1.0000000000000001e-112  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4792  integrase family protein  63.39 
 
 		 363 aa  407  1.0000000000000001e-112  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00356022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4820  phage integrase family protein  63.61 
 
 		 356 aa  403  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8006  integrase protein  62.3 
 
 		 378 aa  402  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2480  integrase family protein  58.77 
 
 		 354 aa  392  1e-108  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.608661 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4576  phage integrase  63.39 
 
 		 357 aa  393  1e-108  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4511  phage integrase  51.98 
 
 		 369 aa  349  5e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.694348  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3404  putative integrase  53.45 
 
 		 291 aa  294  2e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.25041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2995  integrase family protein  39.7 
 
 		 323 aa  196  8.000000000000001e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.941848  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1908  phage integrase family protein  35.15 
 
 		 338 aa  150  4e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.454202  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6972  integrase family protein  30.82 
 
 		 329 aa  130  4.0000000000000003e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0164563  normal  0.0336098 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6146  integrase family protein  31.49 
 
 		 311 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2304  phage integrase  33.53 
 
 		 362 aa  123  4e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0327568  normal  0.0181167 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0918  integrase family protein  34.09 
 
 		 329 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.512331  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2870  integrase family protein  33.72 
 
 		 322 aa  119  7e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00943332  normal  0.0896073 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6851  integrase family protein  29.69 
 
 		 323 aa  111  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.100628  normal  0.271303 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4157  integrase domain-containing protein  31.61 
 
 		 366 aa  110  6e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.118927  normal  0.593362 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3359  integrase family protein  32.39 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2466  integrase family protein  31.4 
 
 		 342 aa  103  5e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0580014  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0008  DNA integration/recombination/inversion protein  30.93 
 
 		 314 aa  103  7e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.856285  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2276  integrase family protein  30.95 
 
 		 311 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00370914  hitchhiker  0.000967634 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2680  integrase family protein  30.43 
 
 		 316 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2535  phage integrase family protein  31.27 
 
 		 326 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1698  Phage integrase  29.33 
 
 		 328 aa  97.8  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.265406  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3181  phage integrase family site specific recombinase  30.96 
 
 		 316 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2669  integrase family protein  30.96 
 
 		 316 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.261954  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2752  integrase domain protein SAM domain protein  26.78 
 
 		 362 aa  92.8  9e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00014768  normal  0.023237 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2976  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  29.9 
 
 		 319 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0607408  normal  0.0219571 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2384  phage integrase family site specific recombinase  24.46 
 
 		 369 aa  91.3  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3277  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  29.07 
 
 		 375 aa  90.5  4e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2511  phage integrase  28.48 
 
 		 448 aa  90.5  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.133481 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1382  Phage integrase  31.25 
 
 		 335 aa  90.1  5e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3434  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  29.07 
 
 		 375 aa  89.4  1e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1962  AP endonuclease  28.3 
 
 		 326 aa  89  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1943  phage integrase family protein  25.23 
 
 		 369 aa  88.2  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.171548  normal  0.0940691 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2926  Phage integrase  29.11 
 
 		 312 aa  87  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0537176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1996  phage integrase family protein  24.69 
 
 		 369 aa  86.7  6e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0736379 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3109  cointegrate resolution protein S  29.21 
 
 		 319 aa  86.3  8e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00637573  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2380  phage integrase family protein  22.77 
 
 		 371 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.503709  normal  0.032696 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4367  phage integrase family protein  28.53 
 
 		 335 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2082  integrase family protein  22.46 
 
 		 371 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.024543  hitchhiker  0.000210845 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2033  phage integrase family protein  24.06 
 
 		 369 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.294731 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1553  putative integrase/recombinase  29.76 
 
 		 343 aa  84  0.000000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2263  phage integrase family protein  22.46 
 
 		 371 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00650578  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4680  integrase family protein  29.93 
 
 		 346 aa  83.6  0.000000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4316  phage integrase family protein  27.19 
 
 		 340 aa  82.8  0.000000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2249  phage integrase family protein  28.34 
 
 		 319 aa  82.8  0.000000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.020372  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2981  Tn4652, cointegrate resolution protein S  28.86 
 
 		 323 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0457753 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2244  phage integrase family protein  21.78 
 
 		 380 aa  82  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.111867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0046  putative integrase  33 
 
 		 189 aa  81.6  0.00000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0031  DNA integration/recombination/inversion protein  34.97 
 
 		 163 aa  80.9  0.00000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.976428  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3968  phage integrase family protein  28.38 
 
 		 347 aa  80.1  0.00000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2382  integrase family protein  23.68 
 
 		 354 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0941885  normal  0.501513 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1674  phage integrase family protein  25.65 
 
 		 330 aa  78.6  0.0000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.198845 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6280  integrase family protein  27.11 
 
 		 335 aa  78.2  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.737923 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2094  integrase family protein  23.49 
 
 		 400 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000349759  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3058  cointegrate resolution protein S  28.33 
 
 		 323 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35820  cointegrate resolution protein S  28.33 
 
 		 323 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000225241  decreased coverage  6.17783e-20 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25710  cointegrate resolution protein S  27.44 
 
 		 325 aa  76.6  0.0000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.602375  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2092  phage integrase family protein  23.1 
 
 		 406 aa  76.6  0.0000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8481  integrase family protein  28.3 
 
 		 353 aa  76.6  0.0000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383754  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7902  integrase family protein  28.19 
 
 		 353 aa  76.3  0.0000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.356547  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02951  Phage integrase  27.51 
 
 		 336 aa  76.3  0.0000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.203842  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5281  integrase family protein  25.16 
 
 		 320 aa  73.9  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1640  integrase family protein  25.16 
 
 		 320 aa  73.9  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4297  integrase family protein  33.18 
 
 		 394 aa  73.6  0.000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2185  integrase family protein  25.82 
 
 		 413 aa  73.2  0.000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0291516  hitchhiker  0.00000847111 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4524  phage integrase family protein  30 
 
 		 380 aa  71.6  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5342  putative cointegrate resolution protein S / recombinase  25.61 
 
 		 277 aa  72  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1987  phage integrase family protein  24.53 
 
 		 319 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9510  phage-related integrase  29.5 
 
 		 370 aa  70.9  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0464246  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6128  integrase family protein  28.14 
 
 		 353 aa  71.2  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.440777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3104  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.88 
 
 		 306 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.494742 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3082  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.13 
 
 		 306 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.633641  normal  0.120316 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0057  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.42 
 
 		 369 aa  68.9  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.326798  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3133  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.14 
 
 		 306 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2996  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.14 
 
 		 306 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0374572 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2473  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.04 
 
 		 306 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5431  phage integrase family protein  29.54 
 
 		 391 aa  67.8  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.606096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3087  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.04 
 
 		 306 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2105  integrase family protein  27.15 
 
 		 313 aa  66.6  0.0000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2392  integrase family protein  27.15 
 
 		 313 aa  66.6  0.0000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0530338  normal  0.472164 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4516  phage integrase  29.19 
 
 		 422 aa  66.2  0.0000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3964  phage integrase family protein  26.52 
 
 		 380 aa  65.9  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00221994  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3780  integrase family protein  24.92 
 
 		 383 aa  65.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.325182  normal  0.557184 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8553  integrase family protein  28.44 
 
 		 424 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.453986  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6437  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.86 
 
 		 306 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.798094 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3258  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.74 
 
 		 310 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.706598  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2169  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.74 
 
 		 310 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126979  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0195  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.74 
 
 		 310 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.74 
 
 		 310 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3428  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.74 
 
 		 310 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>