148 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3109 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3109  cointegrate resolution protein S  100 
 
 		 319 aa  657    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00637573  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2976  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  91.22 
 
 		 319 aa  604  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0607408  normal  0.0219571 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2926  Phage integrase  78.41 
 
 		 312 aa  503  1e-141  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0537176  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25710  cointegrate resolution protein S  68.47 
 
 		 325 aa  437  1e-121  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.602375  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2981  Tn4652, cointegrate resolution protein S  67 
 
 		 323 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0457753 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35820  cointegrate resolution protein S  62.62 
 
 		 323 aa  418  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000225241  decreased coverage  6.17783e-20 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2249  phage integrase family protein  64.24 
 
 		 319 aa  418  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.020372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3058  cointegrate resolution protein S  62.62 
 
 		 323 aa  418  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2680  integrase family protein  62.63 
 
 		 316 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3181  phage integrase family site specific recombinase  61.95 
 
 		 316 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2535  phage integrase family protein  61.95 
 
 		 326 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2669  integrase family protein  61.95 
 
 		 316 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.261954  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5281  integrase family protein  58.8 
 
 		 320 aa  377  1e-103  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1640  integrase family protein  58.8 
 
 		 320 aa  377  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2511  phage integrase  57.72 
 
 		 448 aa  366  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.133481 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2105  integrase family protein  57.33 
 
 		 313 aa  360  1e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2392  integrase family protein  57.33 
 
 		 313 aa  360  1e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0530338  normal  0.472164 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1987  phage integrase family protein  56.08 
 
 		 319 aa  347  1e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00624  cointegrase  59.14 
 
 		 322 aa  345  4e-94  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.281729  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5342  putative cointegrate resolution protein S / recombinase  58.52 
 
 		 277 aa  336  2.9999999999999997e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2276  integrase family protein  51.01 
 
 		 311 aa  305  7e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00370914  hitchhiker  0.000967634 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3964  phage integrase family protein  34.41 
 
 		 380 aa  186  4e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00221994  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1698  Phage integrase  39.32 
 
 		 328 aa  185  1.0000000000000001e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.265406  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3041  cointegrase  36.33 
 
 		 291 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1382  Phage integrase  38.18 
 
 		 335 aa  175  9.999999999999999e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1962  AP endonuclease  33 
 
 		 326 aa  174  1.9999999999999998e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3968  phage integrase family protein  35.71 
 
 		 347 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4367  phage integrase family protein  35.15 
 
 		 335 aa  170  2e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0008  DNA integration/recombination/inversion protein  36.18 
 
 		 314 aa  170  3e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.856285  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02951  Phage integrase  34.59 
 
 		 336 aa  166  2.9999999999999998e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.203842  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4316  phage integrase family protein  32.43 
 
 		 340 aa  160  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0918  integrase family protein  33.56 
 
 		 329 aa  146  5e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.512331  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2995  integrase family protein  29.94 
 
 		 323 aa  125  1e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.941848  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0046  putative integrase  40 
 
 		 189 aa  121  1.9999999999999998e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6146  integrase family protein  29.62 
 
 		 311 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2466  integrase family protein  30.7 
 
 		 342 aa  113  5e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0580014  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1996  phage integrase family protein  28.85 
 
 		 369 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0736379 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1943  phage integrase family protein  28.53 
 
 		 369 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.171548  normal  0.0940691 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0031  DNA integration/recombination/inversion protein  41.18 
 
 		 163 aa  108  1e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.976428  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2033  phage integrase family protein  28.53 
 
 		 369 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.294731 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2384  phage integrase family site specific recombinase  27.48 
 
 		 369 aa  103  3e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1908  phage integrase family protein  30.49 
 
 		 338 aa  101  1e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.454202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2304  phage integrase  32.23 
 
 		 362 aa  101  2e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0327568  normal  0.0181167 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4297  integrase family protein  28.03 
 
 		 394 aa  99  9e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2382  integrase family protein  24.77 
 
 		 354 aa  95.1  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0941885  normal  0.501513 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2244  phage integrase family protein  25.15 
 
 		 380 aa  94.4  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.111867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2094  integrase family protein  24.59 
 
 		 400 aa  94.4  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000349759  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2870  integrase family protein  35.17 
 
 		 322 aa  90.1  5e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00943332  normal  0.0896073 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2082  integrase family protein  25.8 
 
 		 371 aa  89  9e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.024543  hitchhiker  0.000210845 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2380  phage integrase family protein  25.48 
 
 		 371 aa  89  9e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.503709  normal  0.032696 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6128  integrase family protein  27.84 
 
 		 353 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.440777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2263  phage integrase family protein  25.16 
 
 		 371 aa  87.8  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00650578  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3359  integrase family protein  30.74 
 
 		 307 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9008  phage integrase family protein  30.85 
 
 		 377 aa  86.7  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4027  integrase family protein  29.21 
 
 		 372 aa  86.7  5e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.461361  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7902  integrase family protein  26.89 
 
 		 353 aa  85.9  8e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.356547  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6972  integrase family protein  26.39 
 
 		 329 aa  85.5  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0164563  normal  0.0336098 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8481  integrase family protein  26.89 
 
 		 353 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383754  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4792  integrase family protein  30.95 
 
 		 363 aa  85.5  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00356022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5646  integrase family protein  28.18 
 
 		 353 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.575287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4548  phage integrase  29.59 
 
 		 421 aa  84  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.832393  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4157  integrase domain-containing protein  29.1 
 
 		 366 aa  84  0.000000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.118927  normal  0.593362 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4579  phage integrase  29.79 
 
 		 406 aa  81.3  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.18624  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2185  integrase family protein  27.87 
 
 		 413 aa  81.3  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0291516  hitchhiker  0.00000847111 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8553  integrase family protein  29.59 
 
 		 424 aa  80.1  0.00000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.453986  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4576  phage integrase  30.27 
 
 		 357 aa  80.1  0.00000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3277  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  29.02 
 
 		 375 aa  79.3  0.00000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4820  phage integrase family protein  28.57 
 
 		 356 aa  79.3  0.00000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4358  phage integrase  29.25 
 
 		 408 aa  79  0.00000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.245213  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2092  phage integrase family protein  25.5 
 
 		 406 aa  79.3  0.00000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8006  integrase protein  29.15 
 
 		 378 aa  78.6  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3434  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  28.71 
 
 		 375 aa  77.8  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4516  phage integrase  27.54 
 
 		 422 aa  77  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7008  phage integrase family protein  27.95 
 
 		 387 aa  77.4  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4195  phage integrase  28.91 
 
 		 408 aa  77  0.0000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0564405  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1883  site-specific recombinase XerD-like  25.74 
 
 		 649 aa  74.7  0.000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3751  integrase family protein  28.77 
 
 		 369 aa  74.7  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.542126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5150  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  27.63 
 
 		 399 aa  73.6  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.384118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3780  integrase family protein  26.8 
 
 		 383 aa  73.2  0.000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.325182  normal  0.557184 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2480  integrase family protein  29.45 
 
 		 354 aa  72.4  0.000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.608661 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4680  integrase family protein  26.26 
 
 		 346 aa  72  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4524  phage integrase family protein  28.02 
 
 		 380 aa  70.5  0.00000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1972  integrase family protein  26.64 
 
 		 359 aa  69.7  0.00000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.713568  normal  0.0793814 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4511  phage integrase  30.04 
 
 		 369 aa  68.6  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.694348  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3773  integrase family protein  30.41 
 
 		 390 aa  67.8  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1553  putative integrase/recombinase  28 
 
 		 343 aa  66.6  0.0000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6851  integrase family protein  24.22 
 
 		 323 aa  66.6  0.0000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.100628  normal  0.271303 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4716  phage integrase family protein  26.15 
 
 		 379 aa  65.1  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6280  integrase family protein  28.41 
 
 		 335 aa  64.7  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.737923 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2261  phage integrase  26.02 
 
 		 353 aa  64.3  0.000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.245925  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6311  integrase family protein  24.38 
 
 		 380 aa  63.9  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.692197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2722  phage integrase family protein  24.34 
 
 		 367 aa  63.9  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.907602  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5471  integrase family protein  25.94 
 
 		 382 aa  63.9  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9510  phage-related integrase  30.46 
 
 		 370 aa  63.5  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0464246  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5431  phage integrase family protein  27.27 
 
 		 391 aa  63.5  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.606096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4239  hypothetical protein  28.68 
 
 		 365 aa  62  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0653636  normal  0.519885 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6161  integrase family protein  28.41 
 
 		 382 aa  61.2  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.365462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0500  integrase family protein  29.35 
 
 		 188 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1674  phage integrase family protein  22.43 
 
 		 330 aa  59.3  0.00000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.198845 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1932  tyrosine recombinase XerD  29.56 
 
 		 310 aa  57.8  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>