137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3404 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3404  putative integrase  100 
 
 		 291 aa  595  1e-169  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.25041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4027  integrase family protein  53.45 
 
 		 372 aa  305  4.0000000000000004e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.461361  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3751  integrase family protein  50.74 
 
 		 369 aa  276  3e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.542126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4239  hypothetical protein  44.16 
 
 		 365 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0653636  normal  0.519885 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4792  integrase family protein  41.72 
 
 		 363 aa  219  6e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00356022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9008  phage integrase family protein  41.43 
 
 		 377 aa  218  6e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4820  phage integrase family protein  41.49 
 
 		 356 aa  217  2e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7008  phage integrase family protein  41.05 
 
 		 387 aa  214  9.999999999999999e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4576  phage integrase  41.13 
 
 		 357 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4579  phage integrase  39.58 
 
 		 406 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.18624  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4548  phage integrase  40 
 
 		 421 aa  212  5.999999999999999e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.832393  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4358  phage integrase  39.29 
 
 		 408 aa  210  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.245213  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4195  phage integrase  38.93 
 
 		 408 aa  208  8e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0564405  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8006  integrase protein  40.64 
 
 		 378 aa  208  1e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2480  integrase family protein  41.39 
 
 		 354 aa  207  1e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.608661 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4511  phage integrase  38.19 
 
 		 369 aa  200  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.694348  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2995  integrase family protein  30.07 
 
 		 323 aa  113  5e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.941848  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1908  phage integrase family protein  32.01 
 
 		 338 aa  100  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.454202  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4680  integrase family protein  29.27 
 
 		 346 aa  89  9e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3359  integrase family protein  28.06 
 
 		 307 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3277  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  31.65 
 
 		 375 aa  82.4  0.000000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3434  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  31.19 
 
 		 375 aa  80.9  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6972  integrase family protein  27.76 
 
 		 329 aa  79.7  0.00000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0164563  normal  0.0336098 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6146  integrase family protein  26.69 
 
 		 311 aa  79.3  0.00000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6851  integrase family protein  27.08 
 
 		 323 aa  79.3  0.00000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.100628  normal  0.271303 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2304  phage integrase  29.55 
 
 		 362 aa  77.4  0.0000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0327568  normal  0.0181167 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1553  putative integrase/recombinase  27.06 
 
 		 343 aa  76.3  0.0000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2870  integrase family protein  28.45 
 
 		 322 aa  76.3  0.0000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00943332  normal  0.0896073 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2466  integrase family protein  29.05 
 
 		 342 aa  73.2  0.000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0580014  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4157  integrase domain-containing protein  27.93 
 
 		 366 aa  73.2  0.000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.118927  normal  0.593362 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0918  integrase family protein  26.43 
 
 		 329 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.512331  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2380  phage integrase family protein  24.82 
 
 		 371 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.503709  normal  0.032696 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1883  site-specific recombinase XerD-like  25.95 
 
 		 649 aa  69.7  0.00000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2263  phage integrase family protein  25.18 
 
 		 371 aa  69.3  0.00000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00650578  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2082  integrase family protein  24.82 
 
 		 371 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.024543  hitchhiker  0.000210845 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2244  phage integrase family protein  25.86 
 
 		 380 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.111867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1698  Phage integrase  25 
 
 		 328 aa  68.2  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.265406  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2092  phage integrase family protein  24.82 
 
 		 406 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6280  integrase family protein  29 
 
 		 335 aa  68.2  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.737923 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2276  integrase family protein  26.92 
 
 		 311 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00370914  hitchhiker  0.000967634 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1674  phage integrase family protein  27.38 
 
 		 330 aa  67  0.0000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.198845 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2384  phage integrase family site specific recombinase  24.63 
 
 		 369 aa  65.5  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2382  integrase family protein  26.5 
 
 		 354 aa  65.1  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0941885  normal  0.501513 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2669  integrase family protein  27.56 
 
 		 316 aa  62.4  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.261954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2680  integrase family protein  28.07 
 
 		 316 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2535  phage integrase family protein  25.35 
 
 		 326 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3181  phage integrase family site specific recombinase  26.41 
 
 		 316 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1943  phage integrase family protein  24.44 
 
 		 369 aa  59.7  0.00000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.171548  normal  0.0940691 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1996  phage integrase family protein  25 
 
 		 369 aa  58.2  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0736379 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4524  phage integrase family protein  27.96 
 
 		 380 aa  58.2  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5471  integrase family protein  31.76 
 
 		 382 aa  58.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2752  integrase domain protein SAM domain protein  28.92 
 
 		 362 aa  57.4  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00014768  normal  0.023237 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35820  cointegrate resolution protein S  26.74 
 
 		 323 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000225241  decreased coverage  6.17783e-20 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3058  cointegrate resolution protein S  26.74 
 
 		 323 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2033  phage integrase family protein  24.44 
 
 		 369 aa  57  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.294731 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2094  integrase family protein  23.41 
 
 		 400 aa  57  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000349759  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1382  Phage integrase  25.34 
 
 		 335 aa  55.1  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2695  tyrosine recombinase XerC  33.77 
 
 		 342 aa  55.5  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.400065  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2185  integrase family protein  27.87 
 
 		 413 aa  55.1  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0291516  hitchhiker  0.00000847111 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7902  integrase family protein  24.14 
 
 		 353 aa  54.7  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.356547  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8481  integrase family protein  24.14 
 
 		 353 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383754  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9510  phage-related integrase  26.35 
 
 		 370 aa  54.7  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0464246  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0008  DNA integration/recombination/inversion protein  26.23 
 
 		 314 aa  54.7  0.000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.856285  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2881  tyrosine recombinase XerC  28.52 
 
 		 343 aa  53.9  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.312354  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1972  integrase family protein  32.57 
 
 		 359 aa  53.9  0.000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.713568  normal  0.0793814 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3780  integrase family protein  29.48 
 
 		 383 aa  53.5  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.325182  normal  0.557184 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2788  tyrosine recombinase XerC  32.67 
 
 		 343 aa  53.5  0.000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0114244  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2981  Tn4652, cointegrate resolution protein S  24.91 
 
 		 323 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0457753 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1023  integrase family protein  29.19 
 
 		 297 aa  52.8  0.000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0854512  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8553  integrase family protein  27.63 
 
 		 424 aa  52.8  0.000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.453986  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3665  integrase family protein  29.7 
 
 		 313 aa  52.4  0.000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.211751 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  25.98 
 
 		 294 aa  52.4  0.000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1987  phage integrase family protein  25 
 
 		 319 aa  52  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5342  putative cointegrate resolution protein S / recombinase  25.42 
 
 		 277 aa  52  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1962  AP endonuclease  22.86 
 
 		 326 aa  51.2  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4316  phage integrase family protein  27.12 
 
 		 340 aa  51.2  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3968  phage integrase family protein  24.64 
 
 		 347 aa  51.2  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5281  integrase family protein  24.41 
 
 		 320 aa  50.8  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0645  integrase family protein  29.09 
 
 		 328 aa  50.4  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000112195  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1640  integrase family protein  24.41 
 
 		 320 aa  50.8  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4367  phage integrase family protein  31.73 
 
 		 335 aa  50.1  0.00004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2976  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  23.97 
 
 		 319 aa  50.1  0.00005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0607408  normal  0.0219571 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2261  phage integrase  27.91 
 
 		 353 aa  49.7  0.00006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.245925  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2511  phage integrase  23.4 
 
 		 448 aa  49.7  0.00006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.133481 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6311  integrase family protein  28.75 
 
 		 380 aa  49.3  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.692197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0229  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  23.38 
 
 		 362 aa  48.5  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0452  tyrosine recombinase XerC subunit  29.41 
 
 		 335 aa  47.8  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.577676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2392  integrase family protein  25.25 
 
 		 313 aa  48.1  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0530338  normal  0.472164 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2105  integrase family protein  25.25 
 
 		 313 aa  48.1  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  31.82 
 
 		 309 aa  47  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0478  integrase family protein  30.04 
 
 		 312 aa  47.4  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2689  tyrosine recombinase XerC  31.97 
 
 		 311 aa  47.4  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.147909 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0031  DNA integration/recombination/inversion protein  27.45 
 
 		 163 aa  47.4  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.976428  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0287  integrase domain protein SAM domain protein  23.38 
 
 		 362 aa  47.4  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  28.92 
 
 		 294 aa  47  0.0004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4716  phage integrase family protein  28.88 
 
 		 379 aa  47  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25710  cointegrate resolution protein S  23.16 
 
 		 325 aa  47  0.0004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.602375  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2249  phage integrase family protein  23.86 
 
 		 319 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.020372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0046  putative integrase  27.45 
 
 		 189 aa  46.2  0.0006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0638  putative phage recombinase  20.9 
 
 		 305 aa  46.2  0.0006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0874979  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>