200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2304 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2304  phage integrase  100 
 
 		 362 aa  702    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0327568  normal  0.0181167 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4157  integrase domain-containing protein  76.45 
 
 		 366 aa  474  1e-132  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.118927  normal  0.593362 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2995  integrase family protein  46.93 
 
 		 323 aa  253  3e-66  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.941848  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1908  phage integrase family protein  47.35 
 
 		 338 aa  209  4e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.454202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0918  integrase family protein  44.48 
 
 		 329 aa  206  6e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.512331  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3359  integrase family protein  45.08 
 
 		 307 aa  184  3e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0008  DNA integration/recombination/inversion protein  38.49 
 
 		 314 aa  173  5e-42  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.856285  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1962  AP endonuclease  37 
 
 		 326 aa  172  7.999999999999999e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1698  Phage integrase  38.51 
 
 		 328 aa  172  9e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.265406  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2466  integrase family protein  40.59 
 
 		 342 aa  170  4e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0580014  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6146  integrase family protein  39.05 
 
 		 311 aa  168  1e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4367  phage integrase family protein  37.71 
 
 		 335 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3968  phage integrase family protein  36.7 
 
 		 347 aa  166  8e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6851  integrase family protein  35.29 
 
 		 323 aa  165  1.0000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.100628  normal  0.271303 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02951  Phage integrase  36.99 
 
 		 336 aa  160  2e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.203842  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4316  phage integrase family protein  34.41 
 
 		 340 aa  159  5e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1553  putative integrase/recombinase  38.19 
 
 		 343 aa  158  2e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4680  integrase family protein  37.7 
 
 		 346 aa  157  3e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1382  Phage integrase  37.29 
 
 		 335 aa  154  2e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3434  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  38.13 
 
 		 375 aa  153  4e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3277  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  37.46 
 
 		 375 aa  152  7e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4792  integrase family protein  37.99 
 
 		 363 aa  152  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00356022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2480  integrase family protein  39.66 
 
 		 354 aa  149  7e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.608661 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6280  integrase family protein  41.38 
 
 		 335 aa  148  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.737923 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2870  integrase family protein  36.56 
 
 		 322 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00943332  normal  0.0896073 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1883  site-specific recombinase XerD-like  33.11 
 
 		 649 aa  145  1e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6972  integrase family protein  32.43 
 
 		 329 aa  144  3e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0164563  normal  0.0336098 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7008  phage integrase family protein  35.12 
 
 		 387 aa  143  6e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4511  phage integrase  39.52 
 
 		 369 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.694348  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4358  phage integrase  36.92 
 
 		 408 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.245213  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4820  phage integrase family protein  36.31 
 
 		 356 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9008  phage integrase family protein  34.86 
 
 		 377 aa  138  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2752  integrase domain protein SAM domain protein  36.72 
 
 		 362 aa  137  2e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00014768  normal  0.023237 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8006  integrase protein  37.25 
 
 		 378 aa  137  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4579  phage integrase  34.08 
 
 		 406 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.18624  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2185  integrase family protein  36.64 
 
 		 413 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0291516  hitchhiker  0.00000847111 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4576  phage integrase  36.7 
 
 		 357 aa  136  6.0000000000000005e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4195  phage integrase  36.24 
 
 		 408 aa  135  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0564405  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4239  hypothetical protein  37.89 
 
 		 365 aa  133  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0653636  normal  0.519885 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4548  phage integrase  33.98 
 
 		 421 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.832393  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4027  integrase family protein  33.33 
 
 		 372 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.461361  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1972  integrase family protein  35.37 
 
 		 359 aa  127  2.0000000000000002e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.713568  normal  0.0793814 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3751  integrase family protein  36.15 
 
 		 369 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.542126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2535  phage integrase family protein  33.22 
 
 		 326 aa  123  6e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2669  integrase family protein  33.22 
 
 		 316 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.261954  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3181  phage integrase family site specific recombinase  32.9 
 
 		 316 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6128  integrase family protein  32.92 
 
 		 353 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.440777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9510  phage-related integrase  31.69 
 
 		 370 aa  120  3.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0464246  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4516  phage integrase  32.05 
 
 		 422 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1674  phage integrase family protein  33.1 
 
 		 330 aa  118  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.198845 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2680  integrase family protein  33.22 
 
 		 316 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2511  phage integrase  31.92 
 
 		 448 aa  117  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.133481 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3773  integrase family protein  30.99 
 
 		 390 aa  117  3.9999999999999997e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2276  integrase family protein  31.86 
 
 		 311 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00370914  hitchhiker  0.000967634 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2926  Phage integrase  30.42 
 
 		 312 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0537176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8481  integrase family protein  33 
 
 		 353 aa  110  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383754  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2105  integrase family protein  31.72 
 
 		 313 aa  111  3e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2392  integrase family protein  31.72 
 
 		 313 aa  111  3e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0530338  normal  0.472164 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1640  integrase family protein  31.73 
 
 		 320 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7902  integrase family protein  33 
 
 		 353 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.356547  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5281  integrase family protein  31.73 
 
 		 320 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6311  integrase family protein  35.9 
 
 		 380 aa  109  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.692197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2249  phage integrase family protein  30.39 
 
 		 319 aa  109  6e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.020372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2976  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  31.82 
 
 		 319 aa  109  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0607408  normal  0.0219571 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2261  phage integrase  31.69 
 
 		 353 aa  108  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.245925  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5471  integrase family protein  33.44 
 
 		 382 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2981  Tn4652, cointegrate resolution protein S  30.23 
 
 		 323 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0457753 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3109  cointegrate resolution protein S  32.23 
 
 		 319 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00637573  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00624  cointegrase  34.08 
 
 		 322 aa  107  2e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.281729  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35820  cointegrate resolution protein S  31 
 
 		 323 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000225241  decreased coverage  6.17783e-20 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4297  integrase family protein  31.32 
 
 		 394 aa  108  2e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3058  cointegrate resolution protein S  31 
 
 		 323 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3780  integrase family protein  33.33 
 
 		 383 aa  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.325182  normal  0.557184 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1991  phage integrase family protein  34.31 
 
 		 358 aa  105  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25710  cointegrate resolution protein S  32.03 
 
 		 325 aa  104  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.602375  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5342  putative cointegrate resolution protein S / recombinase  32.62 
 
 		 277 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4524  phage integrase family protein  31.25 
 
 		 380 aa  104  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5431  phage integrase family protein  29.36 
 
 		 391 aa  102  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.606096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5646  integrase family protein  32.5 
 
 		 353 aa  101  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.575287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1987  phage integrase family protein  28.34 
 
 		 319 aa  101  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0046  putative integrase  38.8 
 
 		 189 aa  99.4  8e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4716  phage integrase family protein  35.68 
 
 		 379 aa  97.4  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8553  integrase family protein  31.36 
 
 		 424 aa  96.3  7e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.453986  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6161  integrase family protein  33.12 
 
 		 382 aa  95.1  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.365462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0031  DNA integration/recombination/inversion protein  40.62 
 
 		 163 aa  91.3  2e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.976428  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3041  cointegrase  30.83 
 
 		 291 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0638  putative phage recombinase  24.17 
 
 		 305 aa  85.9  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0874979  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3964  phage integrase family protein  26.81 
 
 		 380 aa  84.3  0.000000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00221994  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1804  integrase family protein  33.24 
 
 		 401 aa  83.6  0.000000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000010936 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1279  integrase family protein  28.3 
 
 		 335 aa  82.8  0.000000000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2094  integrase family protein  25.77 
 
 		 400 aa  82.8  0.000000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000349759  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2384  phage integrase family site specific recombinase  27.76 
 
 		 369 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2382  integrase family protein  26.46 
 
 		 354 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0941885  normal  0.501513 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2033  phage integrase family protein  26.28 
 
 		 369 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.294731 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3042  phage integrase  33.85 
 
 		 366 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2244  phage integrase family protein  24.78 
 
 		 380 aa  79  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.111867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1996  phage integrase family protein  26.87 
 
 		 369 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0736379 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4377  phage integrase family protein  26.17 
 
 		 371 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.53808 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1943  phage integrase family protein  27.05 
 
 		 369 aa  76.6  0.0000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.171548  normal  0.0940691 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5150  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  30.58 
 
 		 399 aa  75.5  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.384118  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>