181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2384 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2384  phage integrase family site specific recombinase  100 
 
 		 369 aa  770    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1943  phage integrase family protein  83.74 
 
 		 369 aa  647    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.171548  normal  0.0940691 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2033  phage integrase family protein  84.01 
 
 		 369 aa  650    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.294731 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1996  phage integrase family protein  83.74 
 
 		 369 aa  646    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0736379 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2082  integrase family protein  77.25 
 
 		 371 aa  543  1e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.024543  hitchhiker  0.000210845 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2263  phage integrase family protein  76.65 
 
 		 371 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00650578  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2380  phage integrase family protein  76.65 
 
 		 371 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.503709  normal  0.032696 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2244  phage integrase family protein  67.91 
 
 		 380 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.111867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2382  integrase family protein  67.44 
 
 		 354 aa  498  1e-140  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0941885  normal  0.501513 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2092  phage integrase family protein  75.33 
 
 		 406 aa  477  1e-133  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2094  integrase family protein  64.76 
 
 		 400 aa  477  1e-133  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000349759  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2995  integrase family protein  28.23 
 
 		 323 aa  136  7.000000000000001e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.941848  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6146  integrase family protein  26.67 
 
 		 311 aa  116  7.999999999999999e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0918  integrase family protein  29.17 
 
 		 329 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.512331  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2976  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  26.73 
 
 		 319 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0607408  normal  0.0219571 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3359  integrase family protein  27.08 
 
 		 307 aa  110  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1908  phage integrase family protein  27.18 
 
 		 338 aa  109  9.000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.454202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3434  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  28.72 
 
 		 375 aa  107  4e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2926  Phage integrase  27.07 
 
 		 312 aa  106  6e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0537176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3277  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  28.72 
 
 		 375 aa  106  6e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2249  phage integrase family protein  27.16 
 
 		 319 aa  106  7e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.020372  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3181  phage integrase family site specific recombinase  26.52 
 
 		 316 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1640  integrase family protein  26.98 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5281  integrase family protein  26.98 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35820  cointegrate resolution protein S  27.07 
 
 		 323 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000225241  decreased coverage  6.17783e-20 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2680  integrase family protein  29.17 
 
 		 316 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2535  phage integrase family protein  26.52 
 
 		 326 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3058  cointegrate resolution protein S  27.07 
 
 		 323 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3109  cointegrate resolution protein S  27.48 
 
 		 319 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00637573  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25710  cointegrate resolution protein S  28.21 
 
 		 325 aa  102  9e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.602375  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1962  AP endonuclease  27.54 
 
 		 326 aa  102  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1382  Phage integrase  29.32 
 
 		 335 aa  101  3e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2669  integrase family protein  26.52 
 
 		 316 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.261954  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4367  phage integrase family protein  28.31 
 
 		 335 aa  99  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2981  Tn4652, cointegrate resolution protein S  26.67 
 
 		 323 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0457753 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2870  integrase family protein  30.04 
 
 		 322 aa  97.1  4e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00943332  normal  0.0896073 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6972  integrase family protein  25.4 
 
 		 329 aa  94.4  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0164563  normal  0.0336098 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1698  Phage integrase  27.85 
 
 		 328 aa  94  4e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.265406  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0008  DNA integration/recombination/inversion protein  27.33 
 
 		 314 aa  94  4e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.856285  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7008  phage integrase family protein  22.81 
 
 		 387 aa  93.2  7e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5342  putative cointegrate resolution protein S / recombinase  26.76 
 
 		 277 aa  92  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4297  integrase family protein  25.98 
 
 		 394 aa  92  1e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4358  phage integrase  23.72 
 
 		 408 aa  91.7  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.245213  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4579  phage integrase  23.28 
 
 		 406 aa  92  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.18624  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2276  integrase family protein  26.83 
 
 		 311 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00370914  hitchhiker  0.000967634 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2185  integrase family protein  26.7 
 
 		 413 aa  90.5  4e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0291516  hitchhiker  0.00000847111 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2752  integrase domain protein SAM domain protein  26.68 
 
 		 362 aa  90.1  5e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00014768  normal  0.023237 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4680  integrase family protein  27.44 
 
 		 346 aa  90.1  6e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3968  phage integrase family protein  26.41 
 
 		 347 aa  89.7  6e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02951  Phage integrase  28.14 
 
 		 336 aa  89.7  6e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.203842  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1883  site-specific recombinase XerD-like  26.67 
 
 		 649 aa  89.4  8e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4027  integrase family protein  24.44 
 
 		 372 aa  89.4  9e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.461361  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9008  phage integrase family protein  22.08 
 
 		 377 aa  88.6  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4792  integrase family protein  23.81 
 
 		 363 aa  89.4  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00356022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6280  integrase family protein  29.86 
 
 		 335 aa  87.8  3e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.737923 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4195  phage integrase  22.61 
 
 		 408 aa  86.7  6e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0564405  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4316  phage integrase family protein  25.25 
 
 		 340 aa  86.7  6e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8006  integrase protein  22.04 
 
 		 378 aa  86.3  7e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2105  integrase family protein  27.1 
 
 		 313 aa  85.1  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2392  integrase family protein  27.1 
 
 		 313 aa  85.1  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0530338  normal  0.472164 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1553  putative integrase/recombinase  26.85 
 
 		 343 aa  84.3  0.000000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2511  phage integrase  25.84 
 
 		 448 aa  83.6  0.000000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.133481 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4511  phage integrase  23.57 
 
 		 369 aa  83.6  0.000000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.694348  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4548  phage integrase  22.51 
 
 		 421 aa  83.6  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.832393  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4820  phage integrase family protein  21.41 
 
 		 356 aa  82.8  0.000000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4239  hypothetical protein  24.26 
 
 		 365 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0653636  normal  0.519885 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2304  phage integrase  27.7 
 
 		 362 aa  80.5  0.00000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0327568  normal  0.0181167 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4576  phage integrase  23.03 
 
 		 357 aa  80.1  0.00000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2480  integrase family protein  24.67 
 
 		 354 aa  79.7  0.00000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.608661 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00624  cointegrase  26.33 
 
 		 322 aa  78.6  0.0000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.281729  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0046  putative integrase  29.38 
 
 		 189 aa  78.6  0.0000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1987  phage integrase family protein  23.82 
 
 		 319 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7902  integrase family protein  23.08 
 
 		 353 aa  77.4  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.356547  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3780  integrase family protein  26.35 
 
 		 383 aa  76.6  0.0000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.325182  normal  0.557184 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3751  integrase family protein  23.75 
 
 		 369 aa  76.3  0.0000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.542126  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2466  integrase family protein  25.8 
 
 		 342 aa  75.9  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0580014  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8481  integrase family protein  22.76 
 
 		 353 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383754  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6128  integrase family protein  22.85 
 
 		 353 aa  73.6  0.000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.440777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1972  integrase family protein  30.43 
 
 		 359 aa  72.4  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.713568  normal  0.0793814 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2261  phage integrase  28.23 
 
 		 353 aa  72.4  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.245925  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6851  integrase family protein  25 
 
 		 323 aa  71.2  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.100628  normal  0.271303 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4377  phage integrase family protein  25.51 
 
 		 371 aa  70.1  0.00000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.53808 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4157  integrase domain-containing protein  25.6 
 
 		 366 aa  69.7  0.00000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.118927  normal  0.593362 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5150  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  24.09 
 
 		 399 aa  69.7  0.00000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.384118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3773  integrase family protein  27.6 
 
 		 390 aa  65.5  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0237  phage integrase family protein  26.72 
 
 		 331 aa  65.9  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02045  Site-specific recombinase XerD-like protein  25.23 
 
 		 424 aa  65.1  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.317068  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3041  cointegrase  26.14 
 
 		 291 aa  63.5  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1674  phage integrase family protein  22.26 
 
 		 330 aa  63.2  0.000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.198845 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3964  phage integrase family protein  22.55 
 
 		 380 aa  60.5  0.00000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00221994  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0031  DNA integration/recombination/inversion protein  27.96 
 
 		 163 aa  60.5  0.00000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.976428  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1804  integrase family protein  27.17 
 
 		 401 aa  58.9  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000010936 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2722  phage integrase family protein  27.5 
 
 		 367 aa  58.5  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.907602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4524  phage integrase family protein  23.44 
 
 		 380 aa  58.2  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5646  integrase family protein  23.91 
 
 		 353 aa  57.8  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.575287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1991  phage integrase family protein  26.83 
 
 		 358 aa  55.8  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3404  putative integrase  24.63 
 
 		 291 aa  55.5  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.25041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0638  putative phage recombinase  25.71 
 
 		 305 aa  55.1  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0874979  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  28.14 
 
 		 294 aa  54.3  0.000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4716  phage integrase family protein  24.84 
 
 		 379 aa  53.5  0.000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>