118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2249 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2249  phage integrase family protein  100 
 
 		 319 aa  650    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.020372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2926  Phage integrase  69.15 
 
 		 312 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0537176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35820  cointegrate resolution protein S  70.76 
 
 		 323 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000225241  decreased coverage  6.17783e-20 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3058  cointegrate resolution protein S  70.76 
 
 		 323 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2981  Tn4652, cointegrate resolution protein S  69.44 
 
 		 323 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0457753 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25710  cointegrate resolution protein S  68.67 
 
 		 325 aa  429  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.602375  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2976  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  65.76 
 
 		 319 aa  424  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0607408  normal  0.0219571 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3109  cointegrate resolution protein S  64.24 
 
 		 319 aa  418  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00637573  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2680  integrase family protein  62.17 
 
 		 316 aa  384  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2535  phage integrase family protein  61.51 
 
 		 326 aa  381  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2669  integrase family protein  61.51 
 
 		 316 aa  381  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.261954  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3181  phage integrase family site specific recombinase  61.51 
 
 		 316 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5281  integrase family protein  58.1 
 
 		 320 aa  372  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1640  integrase family protein  58.1 
 
 		 320 aa  372  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2511  phage integrase  57.29 
 
 		 448 aa  356  3.9999999999999996e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.133481 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00624  cointegrase  59.93 
 
 		 322 aa  351  1e-95  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.281729  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1987  phage integrase family protein  52.68 
 
 		 319 aa  347  2e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2105  integrase family protein  55.45 
 
 		 313 aa  344  1e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2392  integrase family protein  55.45 
 
 		 313 aa  344  1e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0530338  normal  0.472164 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5342  putative cointegrate resolution protein S / recombinase  60.22 
 
 		 277 aa  331  9e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2276  integrase family protein  54.73 
 
 		 311 aa  331  1e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00370914  hitchhiker  0.000967634 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1698  Phage integrase  39.46 
 
 		 328 aa  199  6e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.265406  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3041  cointegrase  38.57 
 
 		 291 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4367  phage integrase family protein  39.26 
 
 		 335 aa  192  7e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3968  phage integrase family protein  37.04 
 
 		 347 aa  191  1e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0008  DNA integration/recombination/inversion protein  39.67 
 
 		 314 aa  185  8e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.856285  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1382  Phage integrase  38.22 
 
 		 335 aa  183  3e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4316  phage integrase family protein  36.36 
 
 		 340 aa  179  4e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02951  Phage integrase  36.03 
 
 		 336 aa  178  9e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.203842  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1962  AP endonuclease  34.68 
 
 		 326 aa  175  8e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3964  phage integrase family protein  32.49 
 
 		 380 aa  167  2.9999999999999998e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00221994  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0918  integrase family protein  33.44 
 
 		 329 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.512331  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2995  integrase family protein  28.12 
 
 		 323 aa  119  7e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.941848  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0046  putative integrase  39.01 
 
 		 189 aa  118  1.9999999999999998e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6146  integrase family protein  31.38 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1996  phage integrase family protein  27.16 
 
 		 369 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0736379 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1943  phage integrase family protein  27.01 
 
 		 369 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.171548  normal  0.0940691 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2033  phage integrase family protein  26.52 
 
 		 369 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.294731 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0031  DNA integration/recombination/inversion protein  38.75 
 
 		 163 aa  107  2e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.976428  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2384  phage integrase family site specific recombinase  27.16 
 
 		 369 aa  106  5e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2466  integrase family protein  30.27 
 
 		 342 aa  103  6e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0580014  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2082  integrase family protein  26.2 
 
 		 371 aa  102  7e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.024543  hitchhiker  0.000210845 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2380  phage integrase family protein  26.2 
 
 		 371 aa  102  8e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.503709  normal  0.032696 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2382  integrase family protein  25.96 
 
 		 354 aa  102  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0941885  normal  0.501513 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2263  phage integrase family protein  25.88 
 
 		 371 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00650578  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4157  integrase domain-containing protein  28.57 
 
 		 366 aa  100  4e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.118927  normal  0.593362 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2094  integrase family protein  24.43 
 
 		 400 aa  99.4  7e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000349759  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2304  phage integrase  30.39 
 
 		 362 aa  98.6  1e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0327568  normal  0.0181167 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2092  phage integrase family protein  26.06 
 
 		 406 aa  95.9  7e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2244  phage integrase family protein  26.38 
 
 		 380 aa  95.1  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.111867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3277  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  30.72 
 
 		 375 aa  94.7  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1908  phage integrase family protein  30.24 
 
 		 338 aa  92.8  6e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.454202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3359  integrase family protein  30.43 
 
 		 307 aa  92  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3434  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  30.41 
 
 		 375 aa  91.7  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6972  integrase family protein  26.8 
 
 		 329 aa  90.5  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0164563  normal  0.0336098 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3780  integrase family protein  26.65 
 
 		 383 aa  90.5  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.325182  normal  0.557184 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4297  integrase family protein  27.93 
 
 		 394 aa  89  1e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1883  site-specific recombinase XerD-like  26.92 
 
 		 649 aa  86.7  5e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2870  integrase family protein  32.77 
 
 		 322 aa  86.7  5e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00943332  normal  0.0896073 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4680  integrase family protein  23.72 
 
 		 346 aa  86.3  7e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6128  integrase family protein  27.41 
 
 		 353 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.440777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7902  integrase family protein  28.73 
 
 		 353 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.356547  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8481  integrase family protein  28.73 
 
 		 353 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383754  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2752  integrase domain protein SAM domain protein  27.95 
 
 		 362 aa  83.6  0.000000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00014768  normal  0.023237 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6851  integrase family protein  29.45 
 
 		 323 aa  83.6  0.000000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.100628  normal  0.271303 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4576  phage integrase  29.39 
 
 		 357 aa  82.4  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4579  phage integrase  27.62 
 
 		 406 aa  81.6  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.18624  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9008  phage integrase family protein  27.99 
 
 		 377 aa  82  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4027  integrase family protein  29.41 
 
 		 372 aa  81.6  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.461361  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8553  integrase family protein  31.44 
 
 		 424 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.453986  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6280  integrase family protein  29.75 
 
 		 335 aa  80.5  0.00000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.737923 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4792  integrase family protein  28.81 
 
 		 363 aa  79.3  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00356022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7008  phage integrase family protein  27.12 
 
 		 387 aa  79  0.00000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2261  phage integrase  27.81 
 
 		 353 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.245925  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8006  integrase protein  28.23 
 
 		 378 aa  78.2  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4820  phage integrase family protein  25.51 
 
 		 356 aa  76.6  0.0000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4548  phage integrase  25.55 
 
 		 421 aa  76.3  0.0000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.832393  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4195  phage integrase  26.56 
 
 		 408 aa  75.5  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0564405  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4511  phage integrase  29.47 
 
 		 369 aa  74.3  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.694348  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2480  integrase family protein  28.52 
 
 		 354 aa  73.6  0.000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.608661 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4516  phage integrase  29.96 
 
 		 422 aa  73.2  0.000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2185  integrase family protein  24.86 
 
 		 413 aa  73.2  0.000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0291516  hitchhiker  0.00000847111 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4358  phage integrase  26.25 
 
 		 408 aa  72.8  0.000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.245213  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3773  integrase family protein  30.12 
 
 		 390 aa  72.8  0.000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4716  phage integrase family protein  28.47 
 
 		 379 aa  72  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1553  putative integrase/recombinase  30.97 
 
 		 343 aa  71.6  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5150  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  27.39 
 
 		 399 aa  71.2  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.384118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3751  integrase family protein  28.62 
 
 		 369 aa  71.2  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.542126  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5646  integrase family protein  25.96 
 
 		 353 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.575287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4524  phage integrase family protein  27.31 
 
 		 380 aa  70.9  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9510  phage-related integrase  36.13 
 
 		 370 aa  68.9  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0464246  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6311  integrase family protein  30.52 
 
 		 380 aa  68.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.692197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2722  phage integrase family protein  26.28 
 
 		 367 aa  68.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.907602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6161  integrase family protein  28.03 
 
 		 382 aa  67.4  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.365462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5431  phage integrase family protein  34.42 
 
 		 391 aa  66.6  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.606096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1674  phage integrase family protein  23.75 
 
 		 330 aa  64.3  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.198845 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1972  integrase family protein  25.23 
 
 		 359 aa  62.8  0.000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.713568  normal  0.0793814 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5471  integrase family protein  30.06 
 
 		 382 aa  60.5  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4239  hypothetical protein  26.33 
 
 		 365 aa  58.5  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0653636  normal  0.519885 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3042  phage integrase  30.42 
 
 		 366 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>