121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_4316 on replicon NC_008573
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008573  Shewana3_4316  phage integrase family protein  100 
 
 
340 aa  704    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02951  Phage integrase  76.95 
 
 
336 aa  545  1e-154  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.203842  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4367  phage integrase family protein  75.08 
 
 
335 aa  521  1e-147  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3968  phage integrase family protein  71.6 
 
 
347 aa  505  9.999999999999999e-143  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1962  AP endonuclease  69.64 
 
 
326 aa  454  1.0000000000000001e-126  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1698  Phage integrase  51.52 
 
 
328 aa  320  1.9999999999999998e-86  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.265406  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1382  Phage integrase  47.59 
 
 
335 aa  297  2e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0008  DNA integration/recombination/inversion protein  40.72 
 
 
314 aa  229  6e-59  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.856285  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5281  integrase family protein  36.67 
 
 
320 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1640  integrase family protein  36.67 
 
 
320 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0918  integrase family protein  36.45 
 
 
329 aa  182  9.000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.512331  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2249  phage integrase family protein  36.36 
 
 
319 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.020372  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2680  integrase family protein  34.97 
 
 
316 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2276  integrase family protein  35.99 
 
 
311 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00370914  hitchhiker  0.000967634 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2105  integrase family protein  35.19 
 
 
313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2392  integrase family protein  35.19 
 
 
313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0530338  normal  0.472164 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25710  cointegrate resolution protein S  35.69 
 
 
325 aa  172  5e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.602375  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2511  phage integrase  34.35 
 
 
448 aa  171  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.133481 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2669  integrase family protein  34.31 
 
 
316 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.261954  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2926  Phage integrase  34.93 
 
 
312 aa  170  4e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0537176  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3181  phage integrase family site specific recombinase  33.99 
 
 
316 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2535  phage integrase family protein  34.97 
 
 
326 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2981  Tn4652, cointegrate resolution protein S  33.65 
 
 
323 aa  166  8e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0457753 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00624  cointegrase  35 
 
 
322 aa  165  9e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.281729  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2976  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  32.67 
 
 
319 aa  162  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0607408  normal  0.0219571 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35820  cointegrate resolution protein S  33.78 
 
 
323 aa  162  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000225241  decreased coverage  6.17783e-20 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3058  cointegrate resolution protein S  33.78 
 
 
323 aa  162  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3109  cointegrate resolution protein S  32.43 
 
 
319 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00637573  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5342  putative cointegrate resolution protein S / recombinase  36.6 
 
 
277 aa  159  7e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1987  phage integrase family protein  32.12 
 
 
319 aa  154  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0046  putative integrase  44.51 
 
 
189 aa  151  2e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2304  phage integrase  34.41 
 
 
362 aa  149  8e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0327568  normal  0.0181167 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2995  integrase family protein  32.77 
 
 
323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.941848  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0031  DNA integration/recombination/inversion protein  48.08 
 
 
163 aa  140  3.9999999999999997e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.976428  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3359  integrase family protein  34.8 
 
 
307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6146  integrase family protein  30.67 
 
 
311 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3964  phage integrase family protein  29.71 
 
 
380 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00221994  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4157  integrase domain-containing protein  31.09 
 
 
366 aa  120  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.118927  normal  0.593362 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3434  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  31.35 
 
 
375 aa  119  7.999999999999999e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3277  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  31.35 
 
 
375 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2466  integrase family protein  32.32 
 
 
342 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0580014  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4680  integrase family protein  28.57 
 
 
346 aa  109  6e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2752  integrase domain protein SAM domain protein  31.33 
 
 
362 aa  109  6e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00014768  normal  0.023237 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1908  phage integrase family protein  31.05 
 
 
338 aa  107  3e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.454202  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1553  putative integrase/recombinase  31.91 
 
 
343 aa  107  4e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6972  integrase family protein  29.31 
 
 
329 aa  106  5e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0164563  normal  0.0336098 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6851  integrase family protein  28.57 
 
 
323 aa  106  5e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.100628  normal  0.271303 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6128  integrase family protein  27.45 
 
 
353 aa  102  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.440777  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7008  phage integrase family protein  29.15 
 
 
387 aa  102  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4358  phage integrase  29.97 
 
 
408 aa  99.8  5e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.245213  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4792  integrase family protein  28.53 
 
 
363 aa  97.8  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00356022  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8006  integrase protein  29.35 
 
 
378 aa  97.8  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4195  phage integrase  29.75 
 
 
408 aa  97.4  3e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0564405  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3041  cointegrase  28.21 
 
 
291 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4576  phage integrase  28.95 
 
 
357 aa  96.3  6e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4297  integrase family protein  25.63 
 
 
394 aa  96.7  6e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2870  integrase family protein  29.15 
 
 
322 aa  95.9  8e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00943332  normal  0.0896073 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5646  integrase family protein  27.78 
 
 
353 aa  95.9  8e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.575287  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1883  site-specific recombinase XerD-like  30.03 
 
 
649 aa  95.1  1e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9008  phage integrase family protein  27.72 
 
 
377 aa  95.1  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4548  phage integrase  28.48 
 
 
421 aa  94.7  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.832393  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6280  integrase family protein  30.07 
 
 
335 aa  95.1  2e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.737923 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4511  phage integrase  29.33 
 
 
369 aa  94  3e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.694348  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4579  phage integrase  28.34 
 
 
406 aa  93.6  5e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.18624  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4820  phage integrase family protein  28.29 
 
 
356 aa  91.3  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2244  phage integrase family protein  30.08 
 
 
380 aa  91.7  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.111867  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8481  integrase family protein  26.69 
 
 
353 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383754  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2382  integrase family protein  29.63 
 
 
354 aa  90.9  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0941885  normal  0.501513 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2033  phage integrase family protein  25.57 
 
 
369 aa  90.5  4e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.294731 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7902  integrase family protein  26.69 
 
 
353 aa  90.5  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.356547  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1996  phage integrase family protein  25.57 
 
 
369 aa  88.6  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0736379 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2185  integrase family protein  27.56 
 
 
413 aa  87.8  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0291516  hitchhiker  0.00000847111 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3780  integrase family protein  26.26 
 
 
383 aa  87.8  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.325182  normal  0.557184 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1674  phage integrase family protein  26.33 
 
 
330 aa  87.8  3e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.198845 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2384  phage integrase family site specific recombinase  25.25 
 
 
369 aa  86.7  6e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1943  phage integrase family protein  26.23 
 
 
369 aa  86.3  7e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.171548  normal  0.0940691 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2082  integrase family protein  26.07 
 
 
371 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.024543  hitchhiker  0.000210845 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2094  integrase family protein  25.08 
 
 
400 aa  84  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000349759  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2380  phage integrase family protein  25.46 
 
 
371 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.503709  normal  0.032696 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2263  phage integrase family protein  24.54 
 
 
371 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00650578  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2480  integrase family protein  25.65 
 
 
354 aa  82.8  0.000000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.608661 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2092  phage integrase family protein  28.93 
 
 
406 aa  82  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3773  integrase family protein  28.3 
 
 
390 aa  80.5  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3751  integrase family protein  27.91 
 
 
369 aa  80.1  0.00000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.542126  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4027  integrase family protein  27.16 
 
 
372 aa  80.1  0.00000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.461361  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4239  hypothetical protein  27.45 
 
 
365 aa  75.1  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0653636  normal  0.519885 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4516  phage integrase  28.69 
 
 
422 aa  72.4  0.00000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6311  integrase family protein  23.14 
 
 
380 aa  71.6  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.692197  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4524  phage integrase family protein  25.67 
 
 
380 aa  71.2  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9510  phage-related integrase  26.43 
 
 
370 aa  71.2  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0464246  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5431  phage integrase family protein  27.27 
 
 
391 aa  70.5  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.606096  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6161  integrase family protein  25.97 
 
 
382 aa  70.1  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.365462  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1972  integrase family protein  26.46 
 
 
359 aa  68.9  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.713568  normal  0.0793814 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2261  phage integrase  25.08 
 
 
353 aa  68.2  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.245925  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5471  integrase family protein  23.89 
 
 
382 aa  65.9  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8553  integrase family protein  31.19 
 
 
424 aa  65.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.453986  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0237  phage integrase family protein  24.73 
 
 
331 aa  64.7  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2722  phage integrase family protein  27.89 
 
 
367 aa  63.5  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.907602  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5150  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  25 
 
 
399 aa  62.8  0.000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.384118  normal 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2840  integrase family protein  24.8 
 
 
322 aa  62.8  0.000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0238888  normal  0.278729 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>